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- PDB-4x33: Structure of the Elongator cofactor complex Kti11/Kti13 at 1.45A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x33
タイトルStructure of the Elongator cofactor complex Kti11/Kti13 at 1.45A
要素
  • Diphthamide biosynthesis protein 3
  • Protein ATS1
キーワードELECTRON TRANSPORT / Electron transfer / tRNA modification / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / iron chaperone activity / protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / ferrous iron binding / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process ...2-(3-amino-3-carboxypropyl)histidine synthase activity / oxidoreductase activity, acting on iron-sulfur proteins as donors / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / Synthesis of diphthamide-EEF2 / iron chaperone activity / protein histidyl modification to diphthamide / tRNA wobble uridine modification / ferrous iron binding / ubiquitin protein ligase activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / iron ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Microbial ribonuclease fold / DPH Zinc finger / DPH-type metal-binding domain / DPH-type metal-binding domain superfamily / CSL zinc finger / DPH-type metal-binding (MB) domain profile. / : / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat ...Microbial ribonuclease fold / DPH Zinc finger / DPH-type metal-binding domain / DPH-type metal-binding domain superfamily / CSL zinc finger / DPH-type metal-binding (MB) domain profile. / : / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation (RCC1) signature 2. / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat / Regulator of chromosome condensation, RCC1 / Regulator of chromosome condensation (RCC1) repeat profile. / Regulator of chromosome condensation 1/beta-lactamase-inhibitor protein II / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMETHOXYETHANE / : / Protein KTI13 / Diphthamide biosynthesis protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kolaj-Robin, O. / McEwen, A.G. / Cavarelli, J. / Seraphin, B.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
フランス
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Elongator cofactor complex Kti11/Kti13 provides insight into the role of Kti13 in Elongator-dependent tRNA modification.
著者: Kolaj-Robin, O. / McEwen, A.G. / Cavarelli, J. / Seraphin, B.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22015年3月11日Group: Database references
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphthamide biosynthesis protein 3
B: Protein ATS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,43513
ポリマ－43,9812
非ポリマー45411
水9,890549
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area17030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.790, 89.009, 163.530
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-258-

ARG

21A-215-

HOH

31B-595-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Diphthamide biosynthesis protein 3 / Kluyveromyces lactis toxin-insensitive protein 11


分子量: 7458.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: KTI11, DPH3, YBL071W-A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus(DES)-RIL / 参照: UniProt: Q3E840
#2: タンパク質 Protein ATS1 / Alpha-tubulin suppressor 1


分子量: 36522.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ATS1, YAL020C, FUN28, YAL006 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus(DES)-RIL / 参照: UniProt: P31386

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非ポリマー , 5種, 560分子

#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-DXE / 1,2-DIMETHOXYETHANE / 1,2-ジメトキシエタン


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 22.5% PEG 3350, 0.2 MgCl2 and 0.1M Tris pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→44.5 Å / Num. obs: 64706 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 431552
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.45-1.476.82.1450.82086330900.2750.87597.3
7.94-44.55.60.04635.625894640.9980.02198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
BUSTER-TNT2.10.1精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.45→21.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9728 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9688 / SU R Cruickshank DPI: 0.07 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.063 / SU Rfree Blow DPI: 0.064 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.062
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1762 3209 4.97 %RANDOM
Rwork0.1497 ---
obs0.1511 64580 99.81 %-
原子変位パラメータBiso max: 123.99 Å2 / Biso mean: 26.12 Å2 / Biso min: 3.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0225 Å20 Å20 Å2
2--0.3353 Å20 Å2
3----0.3578 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.169 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→21.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2996 0 20 571 3587
Biso mean--37.74 39.28 -
残基数----385
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1433SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes92HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1057HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6556HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion418SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7602SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6563HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg11843HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.27
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.04
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 204 4.39 %
Rwork0.231 4445 -
all0.2322 4649 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30191.2047-1.11410.8267-0.19781.4351-0.04380.2276-0.029-0.21590.0957-0.05770.05190.051-0.0519-0.00540.00350.0679-0.01910.04-0.038816.06739.442546.4033
21.5792-0.58680.19341.52750.3211.47870.06710.1491-0.2024-0.26570.01930.26420.1935-0.2325-0.0863-0.0012-0.041-0.0337-0.01120.0189-0.0268-7.634322.366554.963
31.6789-0.030.34822.1389-0.71880.72820.0440.0934-0.1942-0.3380.06980.12570.2727-0.0356-0.11380.0214-0.0113-0.0213-0.07440.0009-0.0363.738913.931157.247
40.5405-0.24350.42521.3932-0.61951.25690.06890.0891-0.0722-0.217-0.0669-0.1140.2520.1846-0.0020.01320.03660.0213-0.03170.0098-0.008816.055113.255761.8866
50.85520.11360.12381.0782-0.64621.54060.04940.0120.0603-0.0149-0.1007-0.1470.06470.23610.0513-0.06170.01480.00160.00260.02770.003522.191124.058467.0487
61.2358-0.5490.13121.3545-0.84971.6062-0.0073-0.02110.13960.1418-0.0514-0.1734-0.09610.1710.0586-0.0183-0.0232-0.008-0.02580.02090.018216.076133.74173.6802
71.28930.1384-0.25370.5863-0.11191.7220.0763-0.12230.13130.0959-0.01970.0215-0.21830.0568-0.05650.0003-0.0040.0168-0.0480.0080.00184.085639.087773.7915
81.32620.2749-0.27280.706-0.18432.20740.0551-0.01350.0564-0.020.00590.1036-0.0275-0.2157-0.061-0.050.00870.0155-0.02120.0335-0.0025-6.802234.526866.3286
91.2487-0.156-0.72220.81490.5731.09480.0035-0.1082-0.00880.03080.07390.06040.2051-0.0085-0.0774-0.0106-0.01270.00160.0140.0338-0.0156-4.280924.702765.6657
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|101 }A2 - 101
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|31 }B2 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|35 - B|88 }B35 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|89 - B|129 }B89 - 129
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|130 - B|179 }B130 - 179
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|180 - B|219 }B180 - 219
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|220 - B|260 }B220 - 260
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|261 - B|317 }B261 - 317
9X-RAY DIFFRACTION9{ B|318 - B|333 }B318 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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