PDB-4x1j: X-ray crystal structure of the dimeric BMP antagonist NBL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x1j

タイトル

X-ray crystal structure of the dimeric BMP antagonist NBL1

要素

Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1

キーワード

BMP Binding Protein / BMP antagonist / DAN family / Cystine-knot

機能・相同性

機能・相同性情報

sequestering of BMP from receptor via BMP binding / sequestering of BMP in extracellular matrix / negative regulation of monocyte chemotaxis / determination of dorsal identity / morphogen activity / BMP binding / negative regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / neuron projection morphogenesis / nervous system development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Thompson, T.B. / Nolan, K. / Kattamuri, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure of Neuroblastoma Suppressor of Tumorigenicity 1 (NBL1): INSIGHTS FOR THE FUNCTIONAL VARIABILITY ACROSS BONE MORPHOGENETIC PROTEIN (BMP) ANTAGONISTS.
著者: Nolan, K. / Kattamuri, C. / Luedeke, D.M. / Angerman, E.B. / Rankin, S.A. / Stevens, M.L. / Zorn, A.M. / Thompson, T.B.

履歴

登録	2014年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.3	2016年8月17日	Group: Structure summary
改定 1.4	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.7	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x1j.cif.gz	89 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x1j.ent.gz	67.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jph
類似構造データ	5ufk-d 4hbq-2 5f44-2 5hdl-1 4nx9-d 5hdl-2 1c3g-d 5hbb-1 5j4m-2 4jph-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1

B: Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1

ヘテロ分子

25.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.665, 59.665, 145.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	29 - 124
2	0	1	0	B	29 - 124

#1: タンパク質

Neuroblastoma suppressor of tumorigenicity 1 / DAN domain family member 1 / Protein N03 / Zinc finger protein DAN

分子量: 12653.468 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 52-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NBL1, DAN, DAND1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41271

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD, 0.1 MES/imidazole (pH 6.5) and 0.02M of several amino acids (sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→55.18 Å / Num. obs: 9690 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 12.3 % / Net I/σ(I): 23.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.5→55.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.914 / SU B: 21.712 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27315	964	10 %	RANDOM
R_work	0.21576	-	-	-
obs	0.22175	8674	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 89.054 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.25 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→55.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1330	0	28	5	1363

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	1394
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.523	1.956	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.011	3	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.8	5	172
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.874	25.66	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.946	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.462	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.921	3.507	703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.921	3.504	702
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.017	5.173	870
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.013	5.176	871
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.385	4.769	691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	12.152	4.776	691
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	15.747	6.887	1017
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	16.68	29.775	1419
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	16.676	29.915	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.331	3	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free		5	3
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	43.6	5	2639

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3491 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.17 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	67	-
R_work	0.302	600	-
obs	-	-	96.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	13.1876	1.714	0.6252	10.6773	0.7218	18.465	0.3029	1.3818	0.927	-1.4753	0.4306	-1.172	0.0685	1.9211	-0.7335	0.6667	0.1816	-0.035	0.4448	-0.0484	0.5045	76.561	137.113	18.182
2	9.0639	-4.415	-5.9099	19.8592	10.8323	23.7725	0.5386	-0.9159	1.0829	0.455	-0.223	-0.0357	-0.2189	0.6499	-0.3156	0.4516	-0.0814	0.085	0.3368	-0.0614	0.2827	62.072	142.375	35.474
3	27.5656	-0.6116	10.8769	25.7287	7.0132	8.806	-2.2951	1.2947	2.9161	-1.1704	-1.439	3.4459	-1.3564	-0.5426	3.7341	0.7572	0.0751	-0.2458	1.2467	-0.7695	2.0317	46.635	149.922	42.59
4	3.6294	-0.2525	-5.2465	3.5001	1.5132	13.4457	-0.251	-0.3614	-0.0094	0.6064	-0.0842	0.4194	0.8459	0.1575	0.3353	0.2326	-0.0226	0.0219	0.1414	0.0212	0.2143	64.345	139.028	22.526
5	3.1005	-0.8477	-3.3781	5.5368	0.1752	22.199	-0.3887	0.2559	-0.0931	-0.2894	-0.0692	0.7613	1.5856	-1.0896	0.4578	0.2998	-0.1466	-0.0045	0.2187	-0.0914	0.5011	60.114	134.094	15.057
6	3.7934	-1.2428	-0.7603	3.6412	-3.7543	12.9331	-0.444	0.4008	0.3099	0.4966	0.9278	0.6832	-0.2458	-2.3113	-0.4838	0.985	-0.1603	0.6913	0.9794	0.0535	0.944	44.846	141.709	42.985
7	2.7839	2.8724	-5.3521	9.727	-0.1884	14.7012	0.1048	0.1143	0.3847	1.0975	-0.3638	1.61	0.848	-0.8494	0.2591	0.6473	-0.2601	0.292	0.4378	-0.0594	0.5061	58.437	133.821	26.031
8	15.9665	2.6758	5.4671	18.6738	9.755	17.469	0.4145	-1.488	-0.0185	1.5329	0.0718	-0.8164	0.5628	1.6181	-0.4862	0.2643	-0.0233	0.0136	0.9747	0.02	0.193	74.449	144.761	15.506
9	0.956	-0.3426	0.4802	1.6848	2.8331	10.391	0.1169	0.2173	-0.0787	-0.1377	0.0774	-0.0262	-0.1622	0.3127	-0.1943	0.2636	0.0201	-0.0278	0.1809	0.0068	0.2008	68.554	138.589	0.819
10	60.199	-47.9338	-19.7014	104.6813	-7.6775	14.6649	3.3843	-0.289	-1.0114	8.3307	-2.4096	3.7221	-5.0455	1.0951	-0.9747	5.1709	1.732	1.8356	4.372	0.6595	0.8163	51.119	144.006	27.311
11	1.1745	0.0359	4.1648	1.4475	1.09	17.9183	-0.0492	0.1789	0.0571	-0.3606	-0.1236	0.2578	-0.8683	0.0756	0.1728	0.3285	0.0861	-0.0111	0.2842	-0.0178	0.2163	62.748	145.847	3.644
12	8.9548	-1.0098	3.1957	11.145	10.2474	24.0364	0.4019	1.0275	-0.4936	-0.4494	-0.4348	0.392	0.7545	-0.365	0.0329	0.2972	0.078	-0.0588	0.278	-0.0015	0.2088	62.944	135.7	-21.183
13	2.3656	-1.0993	-1.435	4.0314	0.9828	13.5121	0.1459	0.3107	-0.0918	-0.2653	-0.2309	0.1076	-0.7729	-0.1883	0.085	0.3539	0.0216	-0.0578	0.2507	-0.0271	0.1549	65.705	146.845	4.33
14	16.3951	1.9605	11.0561	2.0677	-6.2404	41.0776	0.5383	0.3477	-0.5646	-0.0695	0.1809	-0.1992	0.5215	0.3276	-0.7191	0.6599	0.2788	0.0588	0.5271	-0.2188	0.45	58.089	145.946	3.211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	30 - 34
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	35 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 51
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	52 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	69 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	91 - 111
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	112 - 124
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	30 - 35
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	36 - 69
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	77 - 79
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	80 - 92
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	93 - 112
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	113 - 122
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	123 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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