PDB-4x14: JC Mad-1 polyomavirus VP1 in complex with GM1 oligosaccharide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x14

タイトル

JC Mad-1 polyomavirus VP1 in complex with GM1 oligosaccharide

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / beta-sandwich / jelly-roll / viral major capsid protein / glycan

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Stroh, L.J. / Stehle, T.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: The Greater Affinity of JC Polyomavirus Capsid for alpha 2,6-Linked Lactoseries Tetrasaccharide c than for Other Sialylated Glycans Is a Major Determinant of Infectivity.
著者: Stroh, L.J. / Maginnis, M.S. / Blaum, B.S. / Nelson, C.D. / Neu, U. / Gee, G.V. / O'Hara, B.A. / Motamedi, N. / DiMaio, D. / Atwood, W.J. / Stehle, T.

履歴

登録	2014年11月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月27日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x14.cif.gz	516.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x14.ent.gz	426.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x14.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x14 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x1/4x14	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x0yC 4x0zC 4x10C 4x11C 4x12C 4x13C 4x15C 4x16C 4x17C 3nxgS 3nxd S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4x15-d 4x0y-d 4x13-d 4x16-d 4wdz-d 4x12-d 4x11-d 4x0z-d 4x17-d 4jcf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Major capsid protein VP1

B: Major capsid protein VP1

C: Major capsid protein VP1

D: Major capsid protein VP1

E: Major capsid protein VP1

ヘテロ分子

155 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.450, 95.590, 129.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	24 - 288	7 - 271
2	1	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	24 - 288	7 - 271
1	2	GLU	GLU	VAL	VAL	A	A	25 - 287	8 - 270
2	2	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	25 - 287	8 - 270
1	3	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	24 - 288	7 - 271
2	3	VAL	VAL	LYS	LYS	D	D	24 - 288	7 - 271
1	4	VAL	VAL	LYS	LYS	A	A	24 - 288	7 - 271
2	4	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	24 - 288	7 - 271
1	5	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	25 - 288	8 - 271
2	5	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	25 - 288	8 - 271
1	6	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	24 - 288	7 - 271
2	6	VAL	VAL	LYS	LYS	D	D	24 - 288	7 - 271
1	7	VAL	VAL	LYS	LYS	B	B	24 - 288	7 - 271
2	7	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	24 - 288	7 - 271
1	8	GLU	GLU	VAL	VAL	C	C	25 - 287	8 - 270
2	8	GLU	GLU	VAL	VAL	D	D	25 - 287	8 - 270
1	9	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	25 - 288	8 - 271
2	9	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	25 - 288	8 - 271
1	10	VAL	VAL	LYS	LYS	D	D	24 - 288	7 - 271
2	10	VAL	VAL	LYS	LYS	E	E	24 - 288	7 - 271

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

-
タンパク質 , 1種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス) プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 836.744 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-1/a3-b2_a4-c1_c3-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[N-acetyl-alpha- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 998.885 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGalpNAcb1-4[DNeup5Aca2-3]DGalpb1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/4,5,4/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5NCC/3=O][a2112h-1b_1-5_2NCC/3=O]/1-2-3-4-2/a4-b1_b3-c2_b4-d1_d3-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}[(4+1)][b-D-GalpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 694分子

#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 669 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M KSCN, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月12日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 75740 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 31 Å² / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.3→2.36 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXG

3nxg

解像度: 2.3→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 11.564 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21119	3803	5 %	RANDOM
R_work	0.18672	-	-	-
obs	0.18797	71937	98.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	0 Å²	-0.31 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9948	0	288	669	10905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	10459
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	9695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.98	14212
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.068	3	22331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.517	5	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.992	24.22	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.085	15	1639
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.183	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.548	1.276	5140
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.548	1.276	5139
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.951	1.91	6409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.951	1.91	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.819	1.499	5319
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.819	1.499	5319
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.361	2.189	7801
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.611	11.232	11528
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.611	11.231	11528
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	13708	0.06
1	2	B	13708	0.06
2	1	A	13640	0.06
2	2	C	13640	0.06
3	1	A	13532	0.08
3	2	D	13532	0.08
4	1	A	13805	0.05
4	2	E	13805	0.05
5	1	B	13561	0.06
5	2	C	13561	0.06
6	1	B	13712	0.06
6	2	D	13712	0.06
7	1	B	13736	0.06
7	2	E	13736	0.06
8	1	C	13641	0.07
8	2	D	13641	0.07
9	1	C	13742	0.05
9	2	E	13742	0.05
10	1	D	13658	0.08
10	2	E	13658	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.301→2.36 Å /

	反射数	%反射
R_free	245	-
R_work	4852	-
obs	-	90.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4447	-0.2609	1.4471	0.4468	-0.1526	3.2784	-0.0996	0.2483	0.088	0.0493	0.034	-0.1454	-0.2207	0.2711	0.0655	0.1366	-0.0328	-0.0232	0.3151	0.0775	0.0834	60.2225	11.7272	18.6119
2	0.6387	-0.3749	0.2697	0.8281	0.073	0.8942	-0.039	0.1903	0.0525	-0.0019	-0.0205	-0.0656	-0.0257	0.1617	0.0595	0.0638	-0.0456	-0.0109	0.2682	0.0513	0.0174	58.0257	6.5346	19.6447
3	2.2697	0.4865	2.4594	0.4505	0.3521	4.1173	-0.181	-0.1707	0.2613	0.0999	0.0022	-0.024	-0.3837	-0.12	0.1788	0.2255	0.0529	-0.0738	0.1959	-0.0025	0.1215	34.459	29.689	35.4242
4	1.0449	-0.0127	0.1082	0.315	-0.2757	1.5045	-0.0785	-0.0037	0.1222	0.0389	-0.0228	-0.0385	-0.2022	0.0454	0.1014	0.1261	0.0068	-0.057	0.155	0.0483	0.0586	39.1374	24.952	28.7163
5	7.071	5.1272	5.1105	4.2369	5.5145	10.1139	0.0947	-0.3463	-0.005	0.1681	-0.1931	0.0071	0.2897	-0.1844	0.0984	0.2492	0.0791	-0.0652	0.2432	-0.0159	0.1546	22.258	5.4897	64.0765
6	0.5779	-0.0679	0.324	1.1128	-0.2135	0.7452	-0.0395	-0.025	0.0727	0.0587	0.0074	0.019	-0.0969	-0.1526	0.0321	0.0336	0.0302	-0.0245	0.2439	0.0011	0.0338	16.5575	9.9835	38.7473
7	0.1852	-0.18	0.6808	2.9721	3.6679	11.5868	-0.0247	-0.0633	-0.0807	0.0784	0.1374	-0.0398	0.1664	0.3886	-0.1128	0.168	-0.0174	-0.004	0.2425	0.0529	0.1521	35.8749	-25.0312	56.6568
8	1.0198	-0.2941	0.0683	0.4157	0.0191	1.0156	0.0276	-0.0475	-0.0474	-0.0261	0.0281	0.0857	0.1359	-0.1277	-0.0557	0.06	-0.0361	-0.0403	0.1865	-0.007	0.0457	22.7568	-17.4954	35.4444
9	1.7703	-0.2611	3.3228	0.6021	-1.6576	9.2386	0.0699	0.197	-0.0504	0.0402	-0.0241	-0.0823	0.1915	0.5502	-0.0459	0.1369	0.0915	0.0058	0.2033	-0.0543	0.1068	60.8758	-19.5722	29.4255
10	0.9255	0.2476	0.3657	0.6231	-0.0971	1.2473	0.0645	0.0761	-0.0416	-0.0404	-0.0415	0.0501	0.1528	0.084	-0.0231	0.0663	0.0398	-0.015	0.1915	-0.0344	0.0126	47.8746	-19.4594	23.5181

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	69 - 288
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	24 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	63 - 288
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	25 - 42
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	43 - 288
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	24 - 42
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	43 - 288
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	24 - 54
10	X-RAY DIFFRACTION	10	E	55 - 288

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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