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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4x0j | ||||||
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タイトル | Trypanosoma brucei haptoglobin-haemoglobin receptor | ||||||
![]() | Haptoglobin-hemoglobin receptor | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Trypanosoma brucei / Haptoglobin-haemoglobin receptor | ||||||
機能・相同性 | Ferritin - #80 / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Haptoglobin-hemoglobin receptor![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lane-Serff, H. / MacGregor, P. / Lowe, E.D. / Carrington, M. / Higgins, M.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for ligand and innate immunity factor uptake by the trypanosome haptoglobin-haemoglobin receptor. 著者: Lane-Serff, H. / MacGregor, P. / Lowe, E.D. / Carrington, M. / Higgins, M.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 114.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 88.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 37 - 296 / Label seq-ID: 3 - 262
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28502.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HpHbR / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.15 M KBr, 30 % w/v PEG 2000 MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→203.14 Å / Num. obs: 44672 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / % possible all: 96.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4X0I ![]() 4x0i 解像度: 1.85→203.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.942 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.564 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.85→203.14 Å
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拘束条件 |
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