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- PDB-4wzw: Crystal structure of human Puf-A in complex with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wzw
タイトルCrystal structure of human Puf-A in complex with DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
  • Pumilio domain-containing protein KIAA0020
キーワードDNA Binding Protein / RNA Binding Protein/DNA / Pumilio repeat protein / RNA Binding Protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein ADP-ribosylation / regulation of translation / chromosome / mRNA binding / nucleolus / endoplasmic reticulum / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
CPL domain / Pumilio homologue 3 / CPL (NUC119) domain / Pumilio homology domain / Pumilio homology domain (PUM-HD) profile. / Pumilio RNA-binding repeat profile. / Pumilio RNA-binding repeat / Pumilio-like repeats / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Pumilio homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9516 Å
データ登録者Qiu, C. / Hall, T.M.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: A divergent Pumilio repeat protein family for pre-rRNA processing and mRNA localization.
著者: Qiu, C. / McCann, K.L. / Wine, R.N. / Baserga, S.J. / Hall, T.M.
履歴
登録2014年11月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月14日Group: Database references
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pumilio domain-containing protein KIAA0020
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1963
ポリマ－68,1963
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.122, 69.122, 273.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 Pumilio domain-containing protein KIAA0020 / HBV X-transactivated gene 5 protein / HBV XAg-transactivated protein 5 / Minor histocompatibility ...HBV X-transactivated gene 5 protein / HBV XAg-transactivated protein 5 / Minor histocompatibility antigen HA-8 / HLA-HA8 / Puf-A


分子量: 59049.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIAA0020, XTP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15397
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 4563.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*CP*C)-3')


分子量: 4581.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
構成要素の詳細The actual DNA sequence used for crystallization is: Mol.B: 5'-AAGGGCATGTCCGGGCATGTCCAA and Mol.C: ...The actual DNA sequence used for crystallization is: Mol.B: 5'-AAGGGCATGTCCGGGCATGTCCAA and Mol.C: 5'-TTGGACATGCCCGGACATGCCCTT. The protein-DNA interactions are sequence non-specific and mediated through the DNA phosphate backbone. The authors have modeled polyG for one strand and polyC for the other strand due to poor electron density of bases.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 22.5% PEG3350, 0.2 M NH4OAc, 0.1 M bis-tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 14807 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2.95→3 Å / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WZR

4wzr


解像度: 2.9516→48.116 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 28.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2651 1443 10.02 %
Rwork0.221 --
obs0.2255 14395 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9516→48.116 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4029 612 0 0 4641
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6416562
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.9761868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041759
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9516-3.05710.40151260.32741107X-RAY DIFFRACTION85
3.0571-3.17950.33331320.30721204X-RAY DIFFRACTION93
3.1795-3.32420.36211390.25751264X-RAY DIFFRACTION97
3.3242-3.49940.33411440.2611284X-RAY DIFFRACTION98
3.4994-3.71850.27781420.23341290X-RAY DIFFRACTION99
3.7185-4.00550.30641460.21991300X-RAY DIFFRACTION99
4.0055-4.40840.23961490.21061329X-RAY DIFFRACTION99
4.4084-5.04570.23971480.19071330X-RAY DIFFRACTION99
5.0457-6.35470.27041530.23321382X-RAY DIFFRACTION100
6.3547-48.12250.21791640.19581462X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.7189-1.13771.57192.5674-0.91012.67040.22380.22070.3048-0.0668-0.33050.333-0.1157-0.57430.08490.38230.1416-0.06321.0454-0.00820.7055-26.265118.6553-15.1776
20.98680.48970.03330.794-1.13325.48990.02980.1624-0.0966-0.17-0.2954-0.23110.15080.78770.20630.3540.2641-0.00740.97710.05290.62079.290319.7955-34.3571
35.5704-0.59221.72025.6037-2.4048.2262-0.6181-0.44490.35031.1251-0.3006-0.9927-1.90251.33111.03581.2035-0.4649-0.29511.44490.24070.732117.92348.3437-59.1542
46.39211.136-1.84223.2721-1.26714.2701-0.35110.72221.9549-0.49980.49440.989-1.4266-0.2791-0.16891.3412-0.00890.10841.32820.232.9361-2.204737.7846-30.546
55.82232.26460.54271.5726-0.11291.6599-0.86260.272-0.703-0.1584-0.16460.35880.11720.33950.85621.61190.0920.25261.319-0.21341.7794-0.900235.8957-31.4412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 129 through 276 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 277 through 553 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 554 through 645 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 14 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 16 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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