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- PDB-4wza: Asymmetric Nucleotide Binding in the Nitrogenase Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wza
タイトルAsymmetric Nucleotide Binding in the Nitrogenase Complex
要素
  • (Nitrogenase molybdenum-iron protein ...) x 2
  • Nitrogenase iron protein 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / Nitrogenase / Nucleotide binding / Asymetry / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


molybdenum-iron nitrogenase complex / nitrogenase / nitrogenase activity / nitrogen fixation / iron-sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal ...Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4 / Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4 / Nitrogenase iron protein NifH / NifH/frxC family / NifH/chlL conserved site / 4Fe-4S iron sulfur cluster binding proteins, NifH/frxC family / NifH/frxC family signature 2. / NifH/frxC family signature 1. / NIFH_FRXC family profile. / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3364) / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Nitrogenase component 1, alpha chain / Nitrogenase component 1, conserved site / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 2. / Nitrogenases component 1 alpha and beta subunits signature 1. / Nitrogenase/oxidoreductase, component 1 / : / Nitrogenase component 1 type Oxidoreductase / Nitrogenase molybdenum iron protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / FE(8)-S(7) CLUSTER / : / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / Chem-ICS / IRON/SULFUR CLUSTER / Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Azotobacter vinelandii (窒素固定)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8995 Å
データ登録者Tezcan, F.A. / Kaiser, J.T. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM099813 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM045162 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Structural evidence for asymmetrical nucleotide interactions in nitrogenase.
著者: Tezcan, F.A. / Kaiser, J.T. / Howard, J.B. / Rees, D.C.
履歴
登録2014年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月28日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_nat / pdbx_audit_support ...entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_high / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
B: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
C: Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
D: Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
E: Nitrogenase iron protein 1
F: Nitrogenase iron protein 1
G: Nitrogenase iron protein 1
H: Nitrogenase iron protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,03026
ポリマ－346,9238
非ポリマー6,10718
水39,5972198
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area51770 Å2
ΔGint-419 kcal/mol
Surface area90310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.201, 120.412, 264.318
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Nitrogenase molybdenum-iron protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 53999.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07328, nitrogenase
#2: タンパク質 Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain / Dinitrogenase / Nitrogenase component I


分子量: 59404.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P07329, nitrogenase

-
タンパク質 , 1種, 4分子 EFGH

#3: タンパク質
Nitrogenase iron protein 1 / Nitrogenase Fe protein 1 / Nitrogenase component II / Nitrogenase reductase


分子量: 30028.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 参照: UniProt: P00459, nitrogenase

-
非ポリマー , 9種, 2216分子

#4: 化合物 ChemComp-HCA / 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID / (2R)-2-ヒドロキシ-1,2,4-ブタントリカルボン酸


分子量: 206.150 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O7
#5: 化合物 ChemComp-ICS / iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon


分子量: 787.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CFe7MoS9
#6: 化合物 ChemComp-CLF / FE(8)-S(7) CLUSTER


分子量: 671.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe8S7
#7: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#9: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#10: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#11: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.29 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 18-22% PEG 8000, 0-50 mM NaCl, 100 mM Tris pH 8.5, 10 mM sodium dithionite, 10 mM MgCl2, 5 mM AMPPCP, 5 mM ADP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8995→19.85 Å / Num. obs: 269523 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.048 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 972879
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.8995-1.932.70.591.931434115900.6410.486.6
10.41-19.853.20.02640504815820.9990.01685.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.2.14データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M1N, 1M34

1m1n

1m34


解像度: 1.8995→19.841 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1866 13599 5.05 %Random selection
Rwork0.145 255794 --
obs0.1471 269393 97.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 155.31 Å2 / Biso mean: 28.5776 Å2 / Biso min: 8.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8995→19.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24215 0 246 2184 26645
Biso mean--24.18 34.9 -
残基数----3086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125037
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.50134221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0513655
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0064350
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5519440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8995-1.92110.30323720.25326916728880
1.9211-1.94360.27213840.23357804818890
1.9436-1.96730.2784680.22798032850093
1.9673-1.99220.26444530.21088136858995
1.9922-2.01840.24964290.20418249867895
2.0184-2.0460.23614480.19578354880296
2.046-2.07520.2384480.18438420886897
2.0752-2.10610.23434940.17188503899799
2.1061-2.1390.21164400.16588552899299
2.139-2.1740.21394490.16558604905399
2.174-2.21150.21644490.15868552900199
2.2115-2.25160.2044560.15538614907099
2.2516-2.29490.20485030.14778563906699
2.2949-2.34170.1944410.14578620906199
2.3417-2.39250.19034390.14438621906099
2.3925-2.44810.19344550.13988655911099
2.4481-2.50920.19854300.13858660909099
2.5092-2.57690.18874610.13986149075100
2.5769-2.65250.18024470.13786709117100
2.6525-2.73790.19694560.141186929148100
2.7379-2.83550.19324680.146986769144100
2.8355-2.94870.18834630.143786929155100
2.9487-3.08240.19034940.146987169210100
3.0824-3.24430.17674470.141487359182100
3.2443-3.44660.19074530.140387599212100
3.4466-3.71110.16494210.130788069227100
3.7111-4.08160.14764840.114487859269100
4.0816-4.66550.14384870.109587969283100
4.6655-5.85290.14824540.123789119365100
5.8529-19.84230.15295060.13599087959399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3901-0.85630.14371.84040.30692.6657-0.0667-0.1879-0.61170.09080.0531-0.20450.59970.10210.03250.34720.00180.01990.20610.14430.5387-10.2108-54.729938.6853
21.05870.1348-0.3030.4822-0.14320.8611-0.03530.0601-0.1017-0.03970.06280.07720.0496-0.091-0.04220.1511-0.0278-0.01130.09940.01860.1151-25.0546-25.904119.4394
32.05030.1471-0.19791.2867-0.09921.8036-0.06070.1718-0.1625-0.23810.1350.16210.1076-0.3732-0.06280.2209-0.0537-0.03110.19560.01080.1804-34.6428-31.978116.9334
41.64630.064-0.38840.60910.18680.8899-0.0960.3239-0.2739-0.30460.0494-0.02270.0824-0.02080.04340.33-0.05390.02210.1679-0.0520.2177-15.3386-38.45774.6425
51.631-0.46820.03580.41360.17670.8348-0.09760.2015-0.6208-0.20520.063-0.03480.3039-0.02590.02430.3685-0.02790.05640.1517-0.05360.3305-10.0054-47.77437.997
61.43330.1108-0.14940.5777-0.12930.7753-0.08030.1456-0.4039-0.1510.0697-0.20310.24670.07020.00770.27640.03950.05690.1533-0.02770.33832.3185-44.544918.6142
72.6233-0.0594-0.34022.01790.33111.7809-0.0834-0.2645-0.46320.05650.0405-0.1950.11430.08770.04980.2580.01610.010.20620.12560.375-4.7403-47.337336.7131
81.35890.3537-0.13521.00210.2671.42990.0191-0.1597-0.32330.01850.0039-0.07290.01470.0127-0.02930.16880.03450.00810.13220.02930.2176-1.3215-33.620230.6071
91.3781.09462.13142.6244.50119.64980.1633-0.0414-0.2670.16670.056-0.2840.41330.1795-0.23490.17120.03670.01120.16630.04640.27549.0861-31.303531.0509
103.33740.88982.38751.56490.4593.6498-0.14630.4553-0.1413-0.34010.1461-0.23410.01540.2940.00090.2979-0.02730.09890.2282-0.0310.18911.3784-26.91035.4507
111.5174-0.0472-0.59111.27010.30922.5661-0.02640.2120.1076-0.29370.05550.1468-0.0801-0.0657-0.02680.164-0.0379-0.05150.12130.02740.1235-24.0155-11.81559.702
120.96440.2107-0.00030.4921-0.12420.54470.018-0.1445-0.16780.02730.00380.03710.1441-0.0076-0.02810.17880.007200.16620.07250.1718-22.6228-31.897941.5729
130.86080.21750.22722.13620.0870.35360.0459-0.4342-0.03180.2455-0.06240.07530.1354-0.10380.01640.1755-0.020.02920.27880.09730.1796-29.7491-26.700951.2188
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402.330.52830.18583.0037-0.73021.10970.1359-0.03980.59530.04220.0066-0.1928-0.16990.0452-0.1180.2744-0.02640.01980.13890.02430.343756.120839.798928.2207
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458.28970.58545.24433.2256-0.80467.61840.05450.27760.1007-0.2053-0.13510.00250.06640.15580.04970.17920.06480.04970.19260.01760.250976.603813.988830.6128
462.5443-0.71661.3851.4542-0.11382.8550.14010.0103-0.21110.03340.0066-0.02360.33870.1475-0.13610.17070.0247-0.0040.1604-0.00480.188755.08487.560343.0198
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 49 )A0
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 392 through 416 )A0
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11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 32 through 70 )B0
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14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 216 through 247 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 248 through 277 )B0
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 321 through 399 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 400 through 485 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 486 through 523 )B0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 4 through 49 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 50 through 275 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 276 through 346 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 347 through 451 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 452 through 480 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 2 through 70 )D0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 71 through 161 )D0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 162 through 247 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 248 through 277 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 278 through 362 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 363 through 485 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 486 through 523 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 1 through 74 )E0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 75 through 111 )E0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 112 through 154 )E0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 155 through 234 )E0
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 235 through 276 )E0
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 1 through 111 )F0
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 112 through 172 )F0
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 173 through 271 )F0
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 1 through 56 )G0
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 57 through 97 )G0
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 98 through 132 )G0
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 133 through 154 )G0
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46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 1 through 111 )H0
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 112 through 271 )H0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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