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- PDB-4wz2: Crystal structure of U-box 2 of LubX / LegU2 / Lpp2887 from Legio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wz2
タイトルCrystal structure of U-box 2 of LubX / LegU2 / Lpp2887 from Legionella pneumophila str. Paris, Ile175Met mutant
要素E3 ubiquitin-protein ligase LubX
キーワードLIGASE / alpha/beta protein / effector / structural genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to misfolded protein / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteolysis / RING-type E3 ubiquitin transferase / Z disc / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / host cell / protein-folding chaperone binding ...cellular response to misfolded protein / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteolysis / RING-type E3 ubiquitin transferase / Z disc / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / host cell / protein-folding chaperone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / extracellular region
類似検索 - 分子機能
U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / E3 ubiquitin-protein ligase LubX
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.408 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Qualie, A.T. / Skarina, T. / Nocek, B. / Di Leo, R. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-06CH11357 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular Characterization of LubX: Functional Divergence of the U-Box Fold by Legionella pneumophila.
著者: Quaile, A.T. / Urbanus, M.L. / Stogios, P.J. / Nocek, B. / Skarina, T. / Ensminger, A.W. / Savchenko, A.
履歴
登録2014年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22015年8月19日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
B: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
C: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0629
ポリマ－35,5183
非ポリマー5446
水43224
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9933
ポリマ－11,8391
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1944
ポリマ－11,8391
非ポリマー3553
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8752
ポリマ－11,8391
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.033, 160.033, 160.033
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-301-

CL

21C-402-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase LubX / Legionella U-box protein


分子量: 11839.427 Da / 分子数: 3 / 変異: I175M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Paris / 遺伝子: lubX, lpp2887 / プラスミド: p15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5X159, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15 mg/ml protein, 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES (pH 7.5) and 2% hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9790433 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9790433 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→40 Å / Num. obs: 9956 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 14.21
反射 シェル解像度: 3.4→3.46 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.408→37.72 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 18.7 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2156 948 10.08 %Random selection
Rwork0.1775 ---
obs0.1813 9409 93.17 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.408→37.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 0 34 24 1870
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051870
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5352511
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.758721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025290
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.408-3.58760.29331160.24351012X-RAY DIFFRACTION81
3.5876-3.81220.25121290.20131138X-RAY DIFFRACTION90
3.8122-4.10620.24351340.17991174X-RAY DIFFRACTION93
4.1062-4.51880.19591370.15231239X-RAY DIFFRACTION98
4.5188-5.17120.16571400.15251267X-RAY DIFFRACTION97
5.1712-6.50980.20881430.18761272X-RAY DIFFRACTION97
6.5098-37.72240.20481490.16921359X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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