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- PDB-4wya: Crystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase (BioA) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wya
タイトルCrystal structure of 7,8-diaminopelargonic acid synthase (BioA) from Mycobacterium tuberculosis, complexed with a fragment hit
要素Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
キーワードtransferase/transferase inhibitor / Inhibitor Complex Transaminase PLP / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase / adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase activity / dethiobiotin synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain ...Adenosylmethionine--8-amino-7-oxononanoate aminotransferase BioA / : / Aminotransferases class-III pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(pyridin-2-yl)thiophene-2-carboxamide / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Finzel, B.C. / Dai, D. / Geders, T.W.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Fragment-Based Exploration of Binding Site Flexibility in Mycobacterium tuberculosis BioA.
著者: Dai, R. / Geders, T.W. / Liu, F. / Park, S.W. / Schnappinger, D. / Aldrich, C.C. / Finzel, B.C.
履歴
登録2014年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
C: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
D: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,54310
ポリマ－194,1464
非ポリマー1,3976
水2,054114
1
A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7725
ポリマ－97,0732
非ポリマー6993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10220 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
2
C: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
D: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7725
ポリマ－97,0732
非ポリマー6993
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area26480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.647, 65.672, 201.336
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase / 7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate ...7 / 8-diamino-pelargonic acid aminotransferase / DAPA aminotransferase / 8-diaminononanoate synthase / DANS / Diaminopelargonic acid synthase


分子量: 48536.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: bioA, Rv1568, MTCY336.35c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WQ81, adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate transaminase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-3VQ / 5-(pyridin-2-yl)thiophene-2-carboxamide / 5-(2-ピリジル)チオフェン-2-カルボアミド


分子量: 204.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H8N2OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein: 25 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP Reservoir:10% PEG 8000, 0.1M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5 Cryo: 15% PEG 400 in reservoir solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.866 Å / Num. obs: 50047 / % possible obs: 65 % / 冗長度: 1.92 % / Biso Wilson estimate: 38.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 136210 / Scaling rejects: 1022
反射 シェル最高解像度: 2.5 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
d*TREKデータ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TFT

3tft


解像度: 2.5→29.866 Å / FOM work R set: 0.6997 / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3065 2566 5.13 %
Rwork0.2236 47424 -
obs0.2279 49990 87.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 92.37 Å2 / Biso mean: 43.1 Å2 / Biso min: 21.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→29.866 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12480 0 88 114 12682
Biso mean--38.31 39.64 -
残基数----1675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00912893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32617625
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482027
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0674465
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5-2.54810.35951140.21182161227572
2.5481-2.60010.37951020.2372217231973
2.6001-2.65660.32881230.24592206232975
2.6566-2.71830.40111170.23332292240976
2.7183-2.78620.36331060.23722321242778
2.7862-2.86150.38041220.23842436255880
2.8615-2.94570.30421460.23612429257582
2.9457-3.04060.35761280.24262543267185
3.0406-3.14920.34211410.24872667280888
3.1492-3.27510.35261400.23862691283190
3.2751-3.4240.31321520.23452760291293
3.424-3.60420.32531700.22722892306296
3.6042-3.82960.32721640.23122954311898
3.8296-4.12460.33231540.24852964311898
4.1246-4.53840.27871950.22422946314198
4.5384-5.19210.26231640.21582929309397
5.1921-6.53030.31251670.20992977314497
6.5303-29.86780.23331610.18523039320097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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