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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wx5 | ||||||
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タイトル | pore-forming thermostable direct hemolysin from Grimontia hollisae | ||||||
要素 | Hemolysin, heat labile | ||||||
キーワード | TOXIN / thermostable direct hemolysin / TDH / oligomerization | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Grimontia hollisae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.302 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y.-K. / Wu, T.-K. / Li, T.-H.T. | ||||||
資金援助 | 台湾, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Multiple pleomorphic tetramers of pore-forming thermostable direct hemolysin from Grimontia hollisae in exerting membrane binding and hemolytic activity 著者: Wang, Y.-K. / Huang, S.-C. / Huang, W.-T. / Chang, C.-Y. / Kuo, T.-M. / Yip, B.-S. / Wu, T.-K. / Li, T.-H.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wx5.cif.gz | 129.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wx5.ent.gz | 105.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wx5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4wx5_validation.pdf.gz | 441.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4wx5_full_validation.pdf.gz | 442.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4wx5_validation.xml.gz | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4wx5_validation.cif.gz | 33.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18643.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grimontia hollisae (バクテリア) / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(pLysS) / 参照: UniProt: P14711 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE AUTHORS USED GRIMONTIA HOLLISAE STRAIN ATCC33564. THE AUTHORS ARE CONVINCED OF THIS SEQUENCE BY ...THE AUTHORS USED GRIMONTIA HOLLISAE STRAIN ATCC33564. THE AUTHORS ARE CONVINCED OF THIS SEQUENCE BY THE ELECTRON DENSITY MAP. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.38 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 28%(v/v) PEG 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Na-HEPES buffer |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.96379, 0.97904, 0.97920 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 32500 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 21.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 97.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.302→26.768 Å / FOM work R set: 0.7285 / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.48 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.31 Å2 / Biso mean: 31.36 Å2 / Biso min: 10.95 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.302→26.768 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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