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Yorodumi- PDB-4wx4: Crystal structure of adenovirus 8 protease in complex with a nitr... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4wx4 | ||||||
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Title | Crystal structure of adenovirus 8 protease in complex with a nitrile inhibitor | ||||||
Components |
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Keywords | HYDROLASE / cysteine protease / inhibitor / cofactor | ||||||
Function / homology | Function and homology information adenain / virion component / cysteine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human adenovirus D serotype 8 synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Resolution: 1.03 Å | ||||||
Authors | Grosche, P. / Sirockin, F. / Mac Sweeney, A. / Ramage, P. / Erbel, P. / Melkko, S. / Bernardi, A. / Hughes, N. / Ellis, D. / Combrink, K. ...Grosche, P. / Sirockin, F. / Mac Sweeney, A. / Ramage, P. / Erbel, P. / Melkko, S. / Bernardi, A. / Hughes, N. / Ellis, D. / Combrink, K. / Jarousse, N. / Altmann, E. | ||||||
Citation | Journal: Bioorg.Med.Chem.Lett. / Year: 2015 Title: Structure-based design and optimization of potent inhibitors of the adenoviral protease. Authors: Grosche, P. / Sirockin, F. / Mac Sweeney, A. / Ramage, P. / Erbel, P. / Melkko, S. / Bernardi, A. / Hughes, N. / Ellis, D. / Combrink, K.D. / Jarousse, N. / Altmann, E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4wx4.cif.gz | 110.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4wx4.ent.gz | 88.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4wx4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4wx4_validation.pdf.gz | 729.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4wx4_full_validation.pdf.gz | 733.5 KB | Display | |
Data in XML | 4wx4_validation.xml.gz | 14 KB | Display | |
Data in CIF | 4wx4_validation.cif.gz | 20.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wx/4wx4 | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein / Protein/peptide , 2 types, 2 molecules AC
#1: Protein | Mass: 23124.508 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Human adenovirus D serotype 8 / References: UniProt: B9A5C1 |
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#2: Protein/peptide | Mass: 1313.639 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 4 types, 253 molecules
#3: Chemical | ChemComp-3VF / |
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#4: Chemical | ChemComp-EPE / |
#5: Chemical | ChemComp-GLY / |
#6: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Crystallization Reservoir Solution = 0.2M proline, 0.1M HEPES pH 7.5, 10% PEG3350 Crystallization Protein Solution = 5 mg/ml adenain in 20 mM Tris, 100 mM NaCl, pH 7.6. 5 mM inhibitor added. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 25, 2013 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.03→58.9 Å / Num. obs: 102036 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 11.29 Å2 / Rmerge F obs: 0.029 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Rrim(I) all: 0.029 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 26.93 / Num. measured all: 273190 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Resolution: 1.03→34.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / WRfactor Rfree: 0.3082 / WRfactor Rwork: 0.2413 / FOM work R set: 0.705 / SU B: 0.482 / SU ML: 0.012 / SU Rfree: 0.4 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.023 / ESU R Free: 0.024 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.37 Å2 / Biso mean: 12.065 Å2 / Biso min: 4.34 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.03→34.79 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.03→1.057 Å / Total num. of bins used: 20
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