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万見
- PDB-4wx3: pore-forming thermostable direct hemolysin from Grimontia hollisae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wx3
タイトルpore-forming thermostable direct hemolysin from Grimontia hollisae
要素Hemolysin, heat labile
キーワードTOXIN / thermostable direct hemolysin / TDH / tetramer / oligomeriation
機能・相同性
機能・相同性情報


hemolysis by symbiont of host erythrocytes / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Vibrio parahaemolyticus thermostable direct hemolysin / Thermostable direct haemolysin, vibrio / Thermostable direct haemolysin superfamily / Vibrio thermostable direct hemolysin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemolysin, heat labile
類似検索 - 構成要素
生物種Grimontia hollisae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Wang, Y.-K. / Wu, T.-K. / Li, T.-H.T.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science CouncilNSC101-2113-M-005-017-MY2 台湾
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Multiple pleomorphic tetramers of pore-forming thermostable direct hemolysin from Grimontia hollisae in exerting membrane binding and hemolytic activity
著者: Wang, Y.-K. / Huang, S.-C. / Huang, W.-T. / Chang, C.-Y. / Kuo, T.-M. / Yip, B.-S. / Wu, T.-K. / Li, T.-H.T.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemolysin, heat labile
B: Hemolysin, heat labile
C: Hemolysin, heat labile
D: Hemolysin, heat labile


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5744
ポリマ－74,5744
非ポリマー00
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5200 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area26030 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)105.297, 112.588, 60.803
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Hemolysin, heat labile


分子量: 18643.596 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Grimontia hollisae (バクテリア) / プラスミド: pCR2.1-TOPO / 詳細 (発現宿主): pCR2.1-TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)(pLysS) / 参照: UniProt: P14711
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE AUTHORS USED GRIMONTIA HOLLISAE STRAIN ATCC33564. THE AUTHORS ARE CONVINCED OF THIS SEQUENCE BY ...THE AUTHORS USED GRIMONTIA HOLLISAE STRAIN ATCC33564. THE AUTHORS ARE CONVINCED OF THIS SEQUENCE BY THE ELECTRON DENSITY MAP.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.73 % / 解説: thin flat plate
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 28%(v/v) PEG 400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Na-HEPES buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9789, 0.9790, 0.9639
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.9791
30.96391
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 73925 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 79.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: -0 Å / D res low: 0 Å / FOM : 0 / 反射: 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
SCALEPACK2000データ削減
PHENIX1.9-1692位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.701→23.848 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 31.5 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2336 1877 2.72 %Random selection
Rwork0.2011 ---
obs0.202 69101 86.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→23.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4759 0 0 240 4999
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8476736
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.591725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033743
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003880
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7006-1.74660.4024850.3133877X-RAY DIFFRACTION65
1.7466-1.7980.33131470.30844515X-RAY DIFFRACTION76
1.798-1.8560.34011390.27314844X-RAY DIFFRACTION82
1.856-1.92230.32381350.24725004X-RAY DIFFRACTION85
1.9223-1.99920.26161410.23285242X-RAY DIFFRACTION88
1.9992-2.09020.31671660.21785370X-RAY DIFFRACTION91
2.0902-2.20030.24411430.19935378X-RAY DIFFRACTION90
2.2003-2.3380.2271600.19735398X-RAY DIFFRACTION90
2.338-2.51840.2781400.19935439X-RAY DIFFRACTION91
2.5184-2.77150.2551600.20415509X-RAY DIFFRACTION92
2.7715-3.17170.22181510.19825521X-RAY DIFFRACTION92
3.1717-3.9930.20191570.17645563X-RAY DIFFRACTION91
3.993-23.85060.16071530.16785564X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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