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- PDB-4wx0: UndA complexed with beta-hydroxydodecanoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wx0
タイトルUndA complexed with beta-hydroxydodecanoic acid
要素TENA/THI-4 family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Non-heme iron dependent desaturase/decarboxylase / 1-Undecene biosynthesis / aliphatic medium-chain 1-alkene biosynthesis / metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Iron-containing redox enzyme / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / PEROXIDE ION / TENA/THI-4 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Li, X. / Cate, J.D.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Energy Biosciences Institute and National Cancer Institute 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Microbial biosynthesis of medium-chain 1-alkenes by a nonheme iron oxidase.
著者: Rui, Z. / Li, X. / Zhu, X. / Liu, J. / Domigan, B. / Barr, I. / Cate, J.H. / Zhang, W.
履歴
登録2014年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TENA/THI-4 family protein
B: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,08016
ポリマ－60,7032
非ポリマー1,37714
水10,142563
1
A: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子

A: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,08016
ポリマ－60,7032
非ポリマー1,37714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5680 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area22410 Å2
手法PISA
2
B: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子

B: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,08016
ポリマ－60,7032
非ポリマー1,37714
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area5670 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.410, 73.990, 142.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-405-

HOH

21A-443-

HOH

31B-402-

HOH

41B-405-

HOH

51B-421-

HOH

61B-437-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 256 / Label seq-ID: 5 - 258

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TENA/THI-4 family protein / UndA / oxygen-activating non-heme iron dependent desaturase/decarboxylase


分子量: 30351.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
遺伝子: PFL_4321 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K8M0

-
非ポリマー , 5種, 577分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-HXD / (3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / 3-OH-DODECANOATE / (R)-3-ヒドロキシドデカン酸


分子量: 216.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O3
#4: 化合物 ChemComp-PER / PEROXIDE ION


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M MES, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 mM iron(II) ammonium sulfate, pH 6.5-7.0
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月20日
放射モノクロメーター: double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→65.75 Å / Num. obs: 75678 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 70.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
精密化解像度: 1.7→65.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18454 3839 5.1 %RANDOM
Rwork0.13671 ---
obs0.13907 71841 95.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.927 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.44 Å2-0 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→65.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 0 76 563 4801
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.024057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.9375911
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.57839287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.265513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.66123.056216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07815726
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5731538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5932.6642052
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5812.662051
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8823.9892565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8893.9942566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7543.1792303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6283.1432285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5944.5463323
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.53223.7685897
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.13422.585521
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr16.55438410
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free40.0395139
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded16.33758739
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15675 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 214 -
Rwork0.351 3898 -
obs--70.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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