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万見
- PDB-4wwj: UndA, an oxygen-activating, non-heme iron dependent desaturase/de... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wwj
タイトルUndA, an oxygen-activating, non-heme iron dependent desaturase/decarboxylase
要素TENA/THI-4 family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Non-heme iron dependent desaturase/decarboxylase / 1-Undecene biosynthesis / aliphatic medium-chain 1-alkenes biosynthesis / metalloenzyme
機能・相同性Iron-containing redox enzyme / Heme oxygenase-like / Heme Oxygenase; Chain A / Haem oxygenase-like, multi-helical / Up-down Bundle / Mainly Alpha / metal ion binding / : / TENA/THI-4 family protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, X. / Cate, J.D.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Microbial biosynthesis of medium-chain 1-alkenes by a nonheme iron oxidase.
著者: Rui, Z. / Li, X. / Zhu, X. / Liu, J. / Domigan, B. / Barr, I. / Cate, J.H. / Zhang, W.
履歴
登録2014年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TENA/THI-4 family protein
B: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,41621
ポリマ－60,7032
非ポリマー1,71319
水9,818545
1
A: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子

A: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,32020
ポリマ－60,7032
非ポリマー1,61718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area6480 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area22160 Å2
手法PISA
2
B: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子

B: TENA/THI-4 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,51222
ポリマ－60,7032
非ポリマー1,80920
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area6920 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area22190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.380, 218.440, 67.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

HOH

21A-434-

HOH

31B-407-

HOH

41B-429-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 TENA/THI-4 family protein / UndA / oxygen-activating non-heme iron dependent desaturase/decarboxylase


分子量: 30351.678 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas protegens Pf-5 (バクテリア)
遺伝子: PFL_4321 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4K8M0, 酸化還元酵素
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 545 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.27 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M MES, 1.8 M ammonium sulfate, 0.2 mM iron(II) ammonium sulfate, pH 6.5-7.0
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: ALS BL831
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日
放射モノクロメーター: double flat crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→118.69 Å / Num. all: 82394 / Num. obs: 82274 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 4.3 % / % possible all: 99.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3OQL

3oql


解像度: 1.9→118.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19577 4120 5 %RANDOM
Rwork0.14469 ---
obs0.14724 78154 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å2-0 Å2
2---0.06 Å2-0 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→118.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4170 0 95 545 4810
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0194389
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0520.024093
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9981.9425954
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03439368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6515518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.08123.148216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.51615736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5571538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021079
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7723.0292063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7613.0252062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.5464.5072581
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.5514.5132582
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.2333.6982326
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.143.6652306
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7035.2123343
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.86526.7595938
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.66525.865650
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.33638481
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free28.6215145
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.08158789
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 285 -
Rwork0.316 5753 -
obs--99.79 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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