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- PDB-4wws: Structure of Chlorite dismutase-like Protein from Listeria monocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wws
タイトルStructure of Chlorite dismutase-like Protein from Listeria monocytogenes
要素Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
キーワードOXIDOREDUCTASE / Ferredoxin-like fold / Chlorite dismutase-like protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, oxygen as acceptor / hydrogen peroxide-dependent heme synthase / heme B biosynthetic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Apc35880; domain 1 / Coproheme decarboxylase / Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Coproheme decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hagmueller, A. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2015
タイトル: Structure and heme-binding properties of HemQ (chlorite dismutase-like protein) from Listeria monocytogenes.
著者: Hofbauer, S. / Hagmuller, A. / Schaffner, I. / Mlynek, G. / Krutzler, M. / Stadlmayr, G. / Pirker, K.F. / Obinger, C. / Daims, H. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.42024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_source

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
B: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
C: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
D: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
E: Putative heme-dependent peroxidase lmo2113
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,25010
ポリマ－145,0545
非ポリマー1955
水18,3751020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17460 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area48770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.000, 128.320, 78.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.910, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Oligomeric assembly in solution is hexameric as determined by the method of SEC-MALS

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要素

#1: タンパク質
Putative heme-dependent peroxidase lmo2113 / UPF0447 protein lmo2113


分子量: 29010.854 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Listeria monocytogenes serovar 1/2a (バクテリア)
株: ATCC BAA-679 / EGD-e / 遺伝子: lmo2113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tuner
参照: UniProt: Q8Y5F1, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 % / 解説: twin l,-k,h
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.1 M Na K tartrate, 8% glycerol, 0.1 M TrisHCl, 1/10 Silver Bullets 52: Protamine Sulfate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンESRF ID14-110.91841
シンクロトロンESRF ID23-12
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.26
反射解像度: 2→48.76 Å / Num. obs: 99373 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.196 / Net I/σ(I): 6.77
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.9392 / Mean I/σ(I) obs: 1.59 / % possible all: 99.99

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NN1

3nn1


解像度: 2→48.758 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.4 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 1393 1.4 %Random
Rwork0.1975 97893 --
obs0.2015 99373 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.09 Å2 / Biso mean: 27.1019 Å2 / Biso min: 11.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→48.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9760 0 5 1020 10785
Biso mean--21.83 30.31 -
残基数----1198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310001
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59113511
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0261418
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8533666
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.07140.29241370.25849714985199
2.0714-2.15430.25241390.24189802994199
2.1543-2.25220.31891420.27819740988298
2.2522-2.37080.29331390.25489786992598
2.3708-2.51910.23951350.21769800993599
2.5191-2.71310.24641390.21099773991299
2.7131-2.98540.22431380.19999795993399
2.9854-3.41560.19931370.18429823996098
3.4156-4.29640.20091410.16269801994298
4.2964-20.19980.21071380.16739859999798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 89.6985 Å / Origin y: -0.2148 Å / Origin z: 23 Å
111213212223313233
T0.1882 Å2-0.0026 Å20.0233 Å2-0.048 Å2-0.0067 Å2--0.1575 Å2
L0.4169 °20.0246 °2-0.0473 °2-0.1553 °2-0.0148 °2--0.4094 °2
S0.006 Å °-0.0416 Å °0.0273 Å °0.0071 Å °-0.0073 Å °0.013 Å °0.0189 Å °0.0188 Å °0.0046 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA5 - 251
2X-RAY DIFFRACTION1allB7 - 251
3X-RAY DIFFRACTION1allC6 - 251
4X-RAY DIFFRACTION1allD7 - 251
5X-RAY DIFFRACTION1allE5 - 251
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 5
7X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1185

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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