PDB-4wwm: X-ray crystal structure of Sulfolobus solfataricus Urm1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wwm

タイトル

X-ray crystal structure of Sulfolobus solfataricus Urm1

要素

Uncharacterized protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Ubiquitin-like / Modifier / Archaea

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA thio-modification / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bray, S.M. / Anjum, S.R. / Blackwood, J.K. / Kilkenny, M.L. / Coelho, M.A. / Foster, B.M. / Pellegrini, L. / Robinson, N.P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Involvement of a eukaryotic-like ubiquitin-related modifier in the proteasome pathway of the archaeon Sulfolobus acidocaldarius.
著者: Anjum, R.S. / Bray, S.M. / Blackwood, J.K. / Kilkenny, M.L. / Coelho, M.A. / Foster, B.M. / Li, S. / Howard, J.A. / Pellegrini, L. / Albers, S.V. / Deery, M.J. / Robinson, N.P.

履歴

登録	2014年11月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年9月13日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wwm.cif.gz	113.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wwm.ent.gz	90.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wwm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wwm_validation.pdf.gz	431.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wwm_full_validation.pdf.gz	432 KB	表示
XML形式データ	4wwm_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4wwm_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/4wwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ww/4wwm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4fxi-1 3nfk-2 1mzu-2 3i1e-2 1yjj-d 4nj6-13 6cq7-d 5tzf-3 1gpx-d 6nid-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

21.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.494, 65.192, 109.358
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 10760.533 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: 98/2 / 遺伝子: Ssol_1261 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0KRX8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.84 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2 M ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→28 Å / Num. obs: 12034 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.71 % / B_iso Wilson estimate: 25.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.0642 / Net I/σ(I): 27.26
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 8.55 % / R_merge(I) obs: 0.3046 / Mean I/σ(I) obs: 6.05 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
PROTEUM PLUS		データ削減
PROTEUM PLUS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→28 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2278	574	4.77 %	Random selection
R_work	0.1933	-	-	-
obs	0.1949	12034	99.55 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1304	0	5	89	1398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1357
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.661	1835
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.069	543
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	216
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	228

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1968-2.4178	0.2543	148	0.2084	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4178-2.7674	0.2533	136	0.2066	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7674-3.4856	0.2636	140	0.1945	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4856-28.0007	0.194	150	0.184	2970	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5751	-3.9496	4.3731	4.3927	-4.8685	5.3975	0.2332	-0.0167	-0.5813	-0.2975	0.1572	0.4616	0.2902	-0.2594	-0.2373	0.1402	-0.005	0.0101	0.1286	-0.0467	0.1872	-4.4909	10.0253	-5.8693
2	3.8458	0.4391	0.0482	3.2957	-1.1394	6.1717	-0.0511	-0.2823	-0.0137	-0.3547	0.0392	-0.1498	0.2321	0.4863	0.0295	0.165	0.0157	0.0063	0.1391	-0.0025	0.161	4.3289	10.7353	1.012
3	8.4987	-0.6693	5.0115	4.8577	-0.072	3.8374	0.0189	-0.6333	-0.2667	0.3532	0.0699	-0.0531	0.3499	-0.4544	-0.3121	0.0871	-0.0354	0.042	0.2247	-0.0328	0.182	-6.0578	13.4675	-1.7387
4	4.1361	0.4208	-3.7577	5.0008	-2.2303	4.1042	-0.0096	0.369	0.5253	0.0891	0.2714	0.6067	-1.019	-0.3392	-0.2214	0.2746	0.0174	-0.0143	0.2734	-0.0194	0.2938	-6.732	19.8132	-14.6962
5	4.9291	1.4998	-0.0878	5.2763	0.9208	2.7962	-0.2666	0.4314	0.4778	-0.0054	0.1804	0.1991	-0.5852	-0.1947	-0.0404	0.1841	0.0031	-0.0334	0.1845	0.0067	0.1825	0.0405	19.442	-11.8753
6	3.8638	-2.0724	2.4452	1.3849	-2.2356	4.6716	-0.1497	-0.1927	1.3334	0.352	-0.1701	0.4421	-1.2451	-0.5294	-0.1708	0.3618	0.1102	-0.1008	0.2208	-0.0704	0.3702	6.5313	21.8928	-4.1753
7	6.592	3.4163	-3.4385	6.3267	-3.8429	2.7372	0.0018	0.8372	0.6321	0.0815	-0.3306	-0.6686	-0.3486	0.736	0.2593	0.222	-0.0956	-0.0391	0.3942	0.0876	0.3921	10.9511	18.6934	-9.0295
8	4.4094	-0.3994	2.2849	4.1461	-3.2565	3.4467	0.1029	0.9306	0.7137	-0.4091	-0.0816	-0.8558	0.1423	0.8323	0.3234	0.2811	-0.0728	0.069	0.5544	-0.0543	0.3496	10.4184	15.7706	-13.3065
9	7.685	0.5424	3.7271	2.7672	-1.4767	5.2517	0.0677	0.5768	-0.1103	-0.0927	-0.1402	-0.3859	0.2762	0.3322	-0.0157	0.2169	0.0603	0.0007	0.2226	-0.0982	0.2715	4.1531	6.9766	-11.9054
10	2.5204	-2.3706	-1.2385	5.0589	-2.8103	6.1978	0.2626	0.322	-0.1402	-0.682	0.0994	0.2045	0.414	-0.0103	0.4473	0.3068	-0.0154	0.0214	0.2698	-0.1581	0.1977	-0.7935	5.7875	-18.6749
11	5.0856	1.9159	0.4841	4.5127	-4.2343	6.9077	-0.2955	0.5312	-0.2615	-0.5938	0.0042	0.4783	0.2396	-0.5258	-0.2862	0.2431	-0.0297	-0.0487	0.2366	-0.0558	0.2231	-7.5598	13.1835	-19.7036
12	3.9455	-2.5988	0.4537	6.9366	-0.6988	6.5479	0.1287	-0.013	-0.5376	0.406	0.1691	-0.5135	0.8709	0.633	-0.0602	0.2637	0.0603	-0.0551	0.1165	-0.1183	0.2322	2.204	5.6833	-7.8762
13	5.2885	-0.6917	-0.12	6.5965	-0.8985	7.9378	-0.0576	-0.0057	0.0333	-0.5506	0.3385	0.1476	-0.2571	-0.0463	-0.1344	0.2493	-0.0895	-0.0303	0.1583	0.0911	0.2383	-5.8696	22.807	-25.7018
14	4.4839	0.1986	0.5955	4.1493	-1.88	4.9069	0.1404	0.5695	0.1433	-0.5747	0.2991	0.5487	0.2535	-0.6965	-0.1816	0.3691	-0.084	-0.0852	0.4066	0.1616	0.3611	-10.6656	25.7706	-33.7058

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 14 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 15 through 20 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 21 through 25 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 26 through 33 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 34 through 38 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 39 through 43 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 44 through 48 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 49 through 55 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 56 through 63 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 64 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 73 through 80 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 2 through 25 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 26 through 79 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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