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- PDB-4wuz: Crystal structure of lambda exonuclease in complex with DNA and Ca2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wuz
タイトルCrystal structure of lambda exonuclease in complex with DNA and Ca2+
要素
  • DNA (5'-D(*TP*T*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3')
  • Exonuclease
キーワードhydrolase/dna / exonuclease / type II restriction endonuclease / hydrolase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease (lambda-induced) / double-stranded DNA 5'-3' DNA exonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
YqaJ viral recombinase / YqaJ-like viral recombinase domain / Lambda Exonuclease; Chain A - #10 / Lambda Exonuclease; Chain A / PD-(D/E)XK endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / Exonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
synthetic (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Zhang, J. / Bell, C.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1021966 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of lambda Exonuclease in Complex with DNA and Ca(2+).
著者: Zhang, J. / Pan, X. / Bell, C.E.
履歴
登録2014年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月26日Group: Database references
改定 1.22014年12月3日Group: Database references
改定 1.32014年12月10日Group: Database references
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.52019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exonuclease
B: Exonuclease
C: Exonuclease
D: DNA (5'-D(*TP*T*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*G)-3')
E: DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,55410
ポリマ－87,2445
非ポリマー3105
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-111 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.038, 80.038, 241.596
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Exonuclease


分子量: 26222.859 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
遺伝子: exo, red-alpha, redX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (AI)
参照: UniProt: P03697, exodeoxyribonuclease (lambda-induced)

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*T*TP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*AP*GP*TP*AP*G)-3')


分子量: 4310.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*GP*CP*TP*AP*CP*TP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*A)-3')


分子量: 4264.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic (人工物)

-
非ポリマー , 3種, 241分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 23.4% PEG 3350, 0.3M sodium acetate, 0.1 M Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2010年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→69.34 Å / Num. obs: 33237 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.187 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.38→2.51 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 0.644 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOLREP位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化解像度: 2.38→69.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.857 / SU B: 10.441 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.479 / ESU R Free: 0.332 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31934 1754 5 %RANDOM
Rwork0.23471 ---
obs0.23894 33237 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.323 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.21 Å2-0.1 Å20 Å2
2---0.21 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→69.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5366 533 13 236 6148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0226106
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7512.0588381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6415674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01823.707259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61215912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8271535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214510
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8931.53367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67325400
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44432739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7844.52981
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.379→2.441 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 131 -
Rwork0.331 2448 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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