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- PDB-4wut: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wut
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM AGROBACTERIUM VITIS (Avi_5133, TARGET EFI-511220) WITH BOUND D-FUCOSE
要素ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-fucopyranose / ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium vitis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF AN ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN (IPR025997) FROM AGROBACTERIUM VITIS (Avi_5133, TARGET EFI-511220) WITH BOUND D-FUCOSE
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity.pdbx_description / _entity.src_method ..._entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate binding protein (Ribose)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2057
ポリマ－33,8541
非ポリマー3516
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.188, 69.367, 92.434
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter substrate binding protein (Ribose)


分子量: 33854.102 Da / 分子数: 1 / 断片: ABC TRANSPORTER SOLUTE BINDING PROTEIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium vitis (バクテリア)
株: S4 / ATCC BAA-846 / 遺伝子: rbsB, Avi_5133 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B9K0B2
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 糖 ChemComp-FCB / beta-D-fucopyranose / beta-D-fucose / 6-deoxy-beta-D-galactopyranose / D-fucose / fucose / β-D-フコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
DFucpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein (29.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM D-Fucose); Reservoir (0.2 M Calcium Acetate 0.1 M MES pH 6.0, 20 %(w/v) PEG 8000 ); Cryoprotection (80% (50%) Peg 3350, 20% Reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月25日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→42.73 Å / Num. obs: 50200 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 17.46 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 606632 / Scaling rejects: 1353
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.5-1.5312.10.75732975924610.9260.222100
8.22-42.737.10.08322.916072260.9930.02958.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
Aimless0.1.27データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→26.929 Å / FOM work R set: 0.7636 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 2550 5.09 %
Rwork0.1842 47555 -
obs0.1854 50105 99.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 64.92 Å2 / Biso mean: 19.09 Å2 / Biso min: 6.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→26.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2159 0 16 368 2543
Biso mean--13.83 29.56 -
残基数----290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2623035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.92830
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5-1.52890.63021290.67826422771100
1.5289-1.56010.42821640.507925992763100
1.5601-1.5940.49061570.429125892746100
1.594-1.6310.37831360.370726122748100
1.631-1.67180.3591400.322826302770100
1.6718-1.7170.34871200.293126502770100
1.717-1.76750.30871440.265826252769100
1.7675-1.82460.20441460.207926062752100
1.8246-1.88980.18921410.180326452786100
1.8898-1.96540.19531400.177426322772100
1.9654-2.05480.20011400.172726582798100
2.0548-2.16310.14761480.15126422790100
2.1631-2.29860.17961460.144926462792100
2.2986-2.4760.17371070.147626992806100
2.476-2.72490.17611340.149826912825100
2.7249-3.11870.17641520.161926752827100
3.1187-3.92730.18521610.148627042865100
3.9273-26.93340.1821450.16622610275592
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7556-0.1564-0.77262.64910.38841.4133-0.00430.08660.6116-0.0134-0.0343-0.321-0.26340.08050.06250.13-0.0018-0.02160.10980.07230.252110.426642.61840.929
20.6135-1.15860.0982.3026-0.4110.9287-0.01160.01340.44370.1165-0.02230.0329-0.35080.04740.03240.2021-0.0019-0.02610.11640.03930.3437.822343.936945.9895
31.2086-0.0007-0.11921.9972-0.0341.7295-0.0231-0.05330.23710.17070.04960.0706-0.2431-0.1622-0.01380.11260.0384-0.00490.10110.00050.121-1.973438.198549.4432
42.4239-1.9436-1.5752.18990.58063.0995-0.06040.1562-0.4708-0.1204-0.10610.44820.1915-0.54480.08590.1014-0.0006-0.03290.21340.02180.1964-5.056332.871438.6794
51.2198-0.7614-0.40642.14191.09872.74190.02880.2715-0.1182-0.1071-0.04370.08610.11080.01260.00620.1125-0.0282-0.01160.1734-0.00240.110610.558617.485727.7343
60.6813-0.8025-0.35022.81332.98444.6489-0.03430.2428-0.19930.0482-0.20510.27730.1628-0.41260.17240.0891-0.0193-0.00340.1456-0.02370.09154.439817.942229.9031
71.1247-0.4790.12390.2504-0.29231.2968-0.07360.04730.02120.07550.0560.02470.0620.04150.02820.10.00210.0010.07970.00690.089817.374315.524738.1822
81.1976-0.9619-0.21911.8641-0.09181.06070.09510.28520.2094-0.1218-0.0851-0.3018-0.01740.0661-0.0010.08540.00220.01510.11910.03320.121521.260522.660830.2771
93.1511-1.3657-1.29671.27260.76681.690.04530.28430.254-0.2462-0.133-0.08-0.084-0.16370.0350.2090.0509-0.01380.17270.09810.23651.716745.919935.0284
103.2058-1.4069-0.81941.93930.69290.3969-0.00690.01270.1056-0.1588-0.05820.1825-0.1898-0.00780.04420.20160.0599-0.0080.25150.08870.1538-1.458739.328529.6858
110.352-0.0431-0.85081.25280.10712.07270.190.28510.0894-0.315-0.0727-0.1008-0.1156-0.16070.06030.22530.0710.09760.2480.17860.207617.916835.259121.5186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 24 through 51 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 52 through 67 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 113 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 132 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 133 through 163 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 164 through 180 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 181 through 208 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 209 through 266 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 267 through 283 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 284 through 298 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 299 through 313 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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