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- PDB-4wul: Crystal structure of E. faecalis DNA binding domain LiaRD191N com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wul
タイトルCrystal structure of E. faecalis DNA binding domain LiaRD191N complexed with 26bp DNA
要素
  • (DNA (26-MER)) x 2
  • Response regulator receiver domain protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / helix-turn-helix / response regulator / enterococci / DNA binding domain / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Response regulator receiver domain protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis S613 (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Davlieva, M. / Shamoo, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI080714 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: A variable DNA recognition site organization establishes the LiaR-mediated cell envelope stress response of enterococci to daptomycin.
著者: Davlieva, M. / Shi, Y. / Leonard, P.G. / Johnson, T.A. / Zianni, M.R. / Arias, C.A. / Ladbury, J.E. / Shamoo, Y.
履歴
登録2014年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Experimental preparation
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator receiver domain protein
B: Response regulator receiver domain protein
H: DNA (26-MER)
C: DNA (26-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3924
ポリマ－31,3924
非ポリマー00
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.585, 113.585, 48.225
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62

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要素

#1: タンパク質 Response regulator receiver domain protein


分子量: 7710.860 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R3G073, UniProt: D4EMQ0*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 8003.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterococcus faecalis S613 (乳酸球菌)
#3: DNA鎖 DNA (26-MER)


分子量: 7967.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterococcus faecalis S613 (乳酸球菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.08 M KCl, 0.02 M BaCl2, 0.04 M Sodium cacodylate (pH 6.0), 43% MPD, 0.012 M Spermine tetrachloride, 0.01 M Proline, 0.01 M Strontium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月1日 / 詳細: Bimorph K-B pair
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rsym value: 0.101 / Net I/av σ(I): 33.67 / Net I/σ(I): 33
反射 シェル解像度: 2.4→2.4 Å / 冗長度: 22.3 % / Rmerge(I) obs: 0.733 / Mean I/σ(I) obs: 9.333 / Rsym value: 0.733 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 280748

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WTO

4wto
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.4→29.445 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 1334 9.98 %
Rwork0.2185 12030 -
obs0.224 13364 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 162.9 Å2 / Biso mean: 46.9647 Å2 / Biso min: 10.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→29.445 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1024 1066 0 98 2188
Biso mean---38.51 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042229
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6863233
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026378
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002231
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.205890
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4417-2.52890.3241350.261173130898
2.5289-2.63010.27891310.253511801311100
2.6301-2.74970.32561300.248111871317100
2.7497-2.89460.30451330.280912031336100
2.8946-3.07580.35311330.274212061339100
3.0758-3.3130.33231280.212111961324100
3.313-3.64580.26541340.203812061340100
3.6458-4.17210.29141310.18812051336100
4.1721-5.25150.21491340.195912221356100
5.2515-29.44680.22861450.208112521397100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.3254 Å / Origin y: 42.4077 Å / Origin z: -9.1498 Å
111213212223313233
T0.1416 Å20.0183 Å20.2302 Å2-0.219 Å20.0329 Å2--0.2422 Å2
L0.0366 °2-0.0069 °20.0216 °2-0.0445 °2-0.0204 °2--0.0717 °2
S0.1086 Å °0.0188 Å °-0.0214 Å °0.0013 Å °0.099 Å °-0.0034 Å °-0.0215 Å °0.0085 Å °0.1602 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA141 - 205
2X-RAY DIFFRACTION1allB142 - 205
3X-RAY DIFFRACTION1allH-124 - -99
4X-RAY DIFFRACTION1allC-99 - -124
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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