PDB-4wtv: Crystal structure of the phosphatidylinositol 4-kinase IIbeta

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wtv

タイトル

Crystal structure of the phosphatidylinositol 4-kinase IIbeta

要素

Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta

キーワード

TRANSFERASE / lipid kinase / phosphatidyl inositol / hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PIPs at the ER membrane / 1-phosphatidylinositol 4-kinase / 1-phosphatidylinositol 4-kinase activity / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / endosome organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / Golgi organization / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Klima, M. / Baumlova, A. / Chalupska, D. / Boura, E.

資金援助

チェコ, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The high-resolution crystal structure of phosphatidylinositol 4-kinase II beta and the crystal structure of phosphatidylinositol 4-kinase II alpha containing a nucleoside analogue ...
著者: Klima, M. / Baumlova, A. / Chalupska, D. / Hrebabecky, H. / Dejmek, M. / Nencka, R. / Boura, E.

履歴

登録	2014年10月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月27日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wtv.cif.gz	198.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wtv.ent.gz	155.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wtv_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wtv_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4wtv_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	4wtv_validation.cif.gz	50 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/4wtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/4wtv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4yc4C 4plaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ocb-d 6bz1-1 3p7z-d 6tu9-d 4e4p-d 3ss8-d 6npz-d 6eg9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (4)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (4)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta

B: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta

ヘテロ分子

120 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.010, 106.010, 214.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta,Endolysin,Phosphatidylinositol 4-kinase type 2-beta / Phosphatidylinositol 4-kinase type II-beta / PI4KII-BETA / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / ...Phosphatidylinositol 4-kinase type II-beta / PI4KII-BETA / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Phosphatidylinositol 4-kinase type II-beta / PI4KII-BETA 分子量: 59367.898 Da / 分子数: 2 断片: UNP residues 90-165,UNP residues 2-164,UNP residues 176-450,UNP residues 90-165,UNP residues 2-164,UNP residues 176-450,UNP residues 90-165,UNP residues 2-164,UNP residues 176-450 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: PI4K2B / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: Q8TCG2, UniProt: P00720, 1-phosphatidylinositol 4-kinase, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.8 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM MES/Imidazole pH = 6.5, 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM 1,2-propanediol, 20 mM 2-propanol, 20 mM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.28272 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.28272 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.52 Å / Num. obs: 96773 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 17.6 % / R_merge(I) obs: 0.1002 / R_sym value: 0.1032 / Net I/σ(I): 17.42
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 17.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS	January 10, 2014	データ削減
Coot	0.7.2	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PLA

4pla

解像度: 1.9→47.52 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2404	4839	5 %
R_work	0.2088	-	-
obs	0.2104	96762	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6947	0	62	279	7288

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7313
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.246	9953
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.852	2671
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3288	158	0.299	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9216-1.9442	0.3638	159	0.2859	3020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9679	0.3027	159	0.2732	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-1.9928	0.3006	159	0.2676	3024	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.019	0.3024	157	0.2695	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.019-2.0467	0.3018	161	0.2588	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.0759	0.2843	159	0.2573	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0759-2.1069	0.347	158	0.2533	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1399	0.2976	160	0.2363	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1399-2.1749	0.2684	160	0.2391	3031	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2124	0.2729	159	0.2344	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2124-2.2527	0.272	160	0.2391	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.296	0.2937	160	0.2289	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.296-2.3429	0.2658	160	0.2357	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3429-2.3938	0.2709	159	0.2303	3032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4495	0.2865	160	0.2231	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4495-2.5107	0.2697	160	0.2249	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5107-2.5786	0.2335	162	0.2175	3082	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5786-2.6545	0.2842	161	0.229	3044	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6545-2.7402	0.2648	159	0.2321	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7402-2.8381	0.286	161	0.232	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-2.9517	0.2707	163	0.2304	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9517-3.086	0.2532	161	0.2346	3059	X-RAY DIFFRACTION	100
3.086-3.2487	0.2607	163	0.235	3089	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2487-3.4522	0.2841	162	0.2304	3091	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4522-3.7186	0.2183	163	0.1997	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-4.0926	0.2197	165	0.1761	3136	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0926-4.6844	0.1764	166	0.1539	3137	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6844-5.9001	0.174	167	0.1689	3190	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9001-47.5346	0.2021	178	0.1884	3354	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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