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- PDB-4wth: Ataxin-3 Carboxy Terminal Region - Crystal C2 (triclinic) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wth
タイトルAtaxin-3 Carboxy Terminal Region - Crystal C2 (triclinic)
要素Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera
キーワードTRANSCRIPTION / ataxin-3 / polyglutamine helix / nerve tissue proteins / polyQ / triplet repeat disorder
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytosolic proteasome complex / regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of ERAD pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton organization / protein K48-linked deubiquitination / nuclear inclusion body / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K63-linked deubiquitination / cellular response to misfolded protein ...protein localization to cytosolic proteasome complex / regulation of cell-substrate adhesion / positive regulation of ERAD pathway / monoubiquitinated protein deubiquitination / intermediate filament cytoskeleton organization / protein K48-linked deubiquitination / nuclear inclusion body / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein K63-linked deubiquitination / cellular response to misfolded protein / K48-linked deubiquitinase activity / K63-linked deubiquitinase activity / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / negative regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / Josephin domain DUBs / cell chemotaxis / mitochondrial membrane / nucleotide-excision repair / nuclear matrix / microtubule cytoskeleton organization / nervous system development / cellular response to heat / ATPase binding / outer membrane-bounded periplasmic space / actin cytoskeleton organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / chemical synaptic transmission / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / periplasmic space / mitochondrial matrix / lysosomal membrane / ubiquitin protein ligase binding / synapse / DNA damage response / nucleolus / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Unstructured region C-term to UIM in Ataxin3 / Machado-Joseph disease protein / Josephin domain / Josephin / Josephin domain profile. / Josephin / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. ...Unstructured region C-term to UIM in Ataxin3 / Machado-Joseph disease protein / Josephin domain / Josephin / Josephin domain profile. / Josephin / Ubiquitin interaction motif / Ubiquitin-interacting motif. / Ubiquitin interacting motif / Ubiquitin-interacting motif (UIM) domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Ataxin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Zhemkov, V.A. / Kim, M.
資金援助 米国, ロシア, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS074376 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01NS056224 米国
National Ataxia FoundationTranslational Award 米国
Russian Ministry of Science and Education17.1360.2014/K ロシア
Russian Scientific Fund14-25-00024 ロシア
Russian Ministry of Science and Education11.G34.31.0056 ロシア
引用ジャーナル: FEBS Open Bio / 年: 2016
タイトル: The 2.2-Angstrom resolution crystal structure of the carboxy-terminal region of ataxin-3.
著者: Zhemkov, V.A. / Kulminskaya, A.A. / Bezprozvanny, I.B. / Kim, M.
履歴
登録2014年10月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera
B: Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,23010
ポリマ－97,1532
非ポリマー1,0778
水2,684149
1
A: Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1155
ポリマ－48,5761
非ポリマー5394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1155
ポリマ－48,5761
非ポリマー5394
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.096, 59.786, 77.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.99, 87.50
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, Ataxin-3 chimera / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Machado-Joseph disease protein 1 / Spinocerebellar ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Machado-Joseph disease protein 1 / Spinocerebellar ataxia type 3 protein


分子量: 48576.438 Da / 分子数: 2
断片: MBP residues 27-392 (UNP) + Ataxin-3 C-terminal region (UNP residues 278-324)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, ATXN3, ATX3, MJD, MJD1, SCA3
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P54252, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG5000 MME, 0.9 M sodium acetate, 0.06 M imidazole, pH 8.0, 0.1 M zinc acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→38.743 Å / Num. all: 41971 / Num. obs: 39115 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.36 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1ANF

1anf


解像度: 2.25→77.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 14.067 / SU ML: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.358 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24975 1980 5.1 %RANDOM
Rwork0.20187 ---
obs0.20424 37158 93.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.94 Å21.18 Å2-0.31 Å2
2---1.64 Å2-0.21 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→77.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6261 0 52 149 6462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.026457
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1171.9648753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3115807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.58725.973293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.927151076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6641516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214912
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.554 113 -
Rwork0.563 2105 -
obs--70.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
147.2701-24.234113.250412.4799-6.78213.71922.04780.77580.9255-1.6085-1.4719-0.36580.77830.1384-0.57591.08440.362-0.3131.6222-0.06380.6974-49.66646.225719.1978
220.9436-3.57923.17998.93093.492.4426-0.2636-0.476-0.92310.71570.8178-0.5960.29870.3683-0.55420.57720.00790.00130.8713-0.05720.6217-11.6849-32.819659.3678
34.69082.24131.57366.3772-0.1924.10620.0303-0.30290.22440.2526-0.05810.4818-0.1233-0.35640.02780.11330.04320.04910.10920.00010.0471-41.9239-4.938618.2323
44.2561.5404-0.98054.99580.38893.78160.1298-0.1781-0.26230.4291-0.1101-0.52240.03770.3199-0.01970.11840.0313-0.04950.10250.01430.0577-18.031-21.763557.0968
51.4096-0.2084-0.16083.00720.15330.97550.02310.0696-0.1534-0.0807-0.00980.12210.0463-0.0692-0.01330.0439-0.0091-0.00130.07-0.00420.0222-36.7929-20.43986.2329
61.3934-0.22860.13692.8456-0.04530.9420.01430.07250.1524-0.09-0.0072-0.0777-0.0620.0793-0.00710.0549-0.00310.01010.06990.00960.019-23.188-6.262545.1168
74.0560.17170.6522.57730.08791.40190.04420.0401-0.2542-0.1817-0.03290.27260.1259-0.2059-0.01130.09890.0177-0.01670.0699-0.00340.049-43.4203-24.9443.0502
83.48120.1143-0.53231.9154-0.51351.54740.0135-0.15080.2697-0.2569-0.0533-0.2055-0.11170.1980.03980.1040.02130.04260.0926-0.00940.0611-16.5124-1.731541.9617
923.733-4.214111.96465.4206-3.76519.23270.21910.569-0.0116-0.2529-0.07030.18150.07880.0991-0.14880.1870.03010.03610.16-0.03210.0332-78.3099-14.8206-9.9559
1025.2523-5.7806-12.59255.3764.89449.59820.37310.92790.0315-0.3904-0.2851-0.2058-0.2934-0.1635-0.08810.20040.0252-0.00870.15980.05630.043618.3243-11.877528.922
1124.11369.2448-27.65333.5451-10.60131.7138-1.05111.11040.3235-0.59810.88870.16891.7675-1.28930.16231.38340.522-0.30491.0671-0.79062.643-101.6478-3.3585-17.7695
1218.51739.6306-8.68125.0094-4.52054.1795-1.08731.37361.839-0.78371.21550.96470.3717-0.9216-0.12821.68920.7939-0.43481.7346-0.05551.929537.9347-25.005311.737
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 6
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 6
3X-RAY DIFFRACTION3A7 - 56
4X-RAY DIFFRACTION4B7 - 56
5X-RAY DIFFRACTION5A57 - 308
6X-RAY DIFFRACTION6B57 - 308
7X-RAY DIFFRACTION7A309 - 370
8X-RAY DIFFRACTION8B309 - 370
9X-RAY DIFFRACTION9A371 - 397
10X-RAY DIFFRACTION10B371 - 397
11X-RAY DIFFRACTION11A398 - 403
12X-RAY DIFFRACTION12B398 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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