PDB-4wsh: Crystal structure of Probable Uroporphyrinogen decarboxylase (UPD...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wsh

タイトル

Crystal structure of Probable Uroporphyrinogen decarboxylase (UPD) (URO-D) from Pseudomonas aeruginosa

要素

Uroporphyrinogen decarboxylase

キーワード

LYASE / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa / Uroporphyrinogen decarboxylase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

protoporphyrinogen IX biosynthetic process from glutamate / uroporphyrinogen decarboxylase / uroporphyrinogen decarboxylase activity / heme biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Probable Uroporphyrinogen decarboxylase (UPD) (URO-D) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年11月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wsh.cif.gz	289.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wsh.ent.gz	234.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wsh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wsh_validation.pdf.gz	444.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wsh_full_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示
XML形式データ	4wsh_validation.xml.gz	29.1 KB	表示
CIF形式データ	4wsh_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4wsh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/4wsh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5i3o-d 1s9j-1 6ayv-d 3ppc-2 3cyv-1 4ark-1 1ips-d 6jey-1 6ayu-d 1jph-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-PsaeA.01152.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uroporphyrinogen decarboxylase

B: Uroporphyrinogen decarboxylase

ヘテロ分子

80.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.760, 73.880, 141.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uroporphyrinogen decarboxylase / URO-D 分子量: 39866.500 Da / 分子数: 2 / 断片: PsaeA.01152.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: hemE, PA5034 / プラスミド: PsaeA.01152.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P95458, uroporphyrinogen decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Microlytics , MCSG1 F10: 2M Ammonium sulphate, 100mM Tris/HCl pH 8.5; PsaeA.01152.a.B1.PS2161 at 32mg/ml; cryo: 25% in two steps; tray 257913f10, puck dxo7-1

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 55710 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.18 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.051 / R_sym value: 0.045 / Χ²: 0.973 / Net I/σ(I): 20.32 / Num. measured all: 263809

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2		4.8	0.792	0.557	2.65	19482	4074	4070	0.627	99.9
2-2.06			0.855	0.423	3.44	18974	3978	3974	0.476	99.9
2.06-2.12			0.923	0.316	4.61	18402	3864	3855	0.355	99.8
2.12-2.18			0.953	0.251	5.71	17907	3751	3746	0.282	99.9
2.18-2.25			0.966	0.206	6.97	17470	3662	3654	0.232	99.8
2.25-2.33			0.976	0.162	8.87	16760	3510	3505	0.182	99.9
2.33-2.42			0.982	0.134	10.65	16345	3410	3403	0.151	99.8
2.42-2.52			0.99	0.106	12.87	15689	3276	3269	0.119	99.8
2.52-2.63			0.993	0.088	15.45	15161	3176	3173	0.099	99.9
2.63-2.76			0.996	0.066	19.46	14434	3026	3020	0.075	99.8
2.76-2.91			0.997	0.056	22.74	13773	2884	2884	0.063	100
2.91-3.08			0.998	0.045	28.32	13044	2743	2741	0.05	99.9
3.08-3.3			0.999	0.035	34.66	12224	2581	2575	0.039	99.8
3.3-3.56			0.999	0.029	41.09	11287	2409	2401	0.033	99.7
3.56-3.9			0.999	0.026	46.88	10270	2229	2220	0.029	99.6
3.9-4.36			0.999	0.023	52.55	9325	2027	2014	0.026	99.4
4.36-5.03			0.999	0.021	54.67	8228	1798	1786	0.024	99.3
5.03-6.17			0.999	0.021	53.48	7060	1558	1542	0.024	99
6.17-8.72			1	0.019	55.32	5326	1218	1199	0.022	98.4
	8.72		0.999	0.019	56.78	2648	738	679	0.022	92

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
ARP	モデル構築
PHENIX	精密化
PDB_EXTRACT	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→39.489 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2013	2854	5.14 %	Random selection
R_work	0.1583	52699	-	-
obs	0.1605	55553	99.64 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 132.78 Å² / B_iso mean: 36.6565 Å² / B_iso min: 16.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→39.489 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5298	0	47	376	5721
B_iso mean	-	-	78.41	39.84	-
残基数	-	-	-	-	702

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5605
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.025	7649
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	837
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.196	2038

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.95-1.9836	0.2688	146	0.2333	2556	2702	99
1.9836-2.0197	0.3081	147	0.1983	2625	2772	100
2.0197-2.0585	0.2438	136	0.1977	2612	2748	100
2.0585-2.1006	0.2447	142	0.185	2589	2731	100
2.1006-2.1462	0.2331	137	0.184	2623	2760	100
2.1462-2.1961	0.2544	142	0.1841	2600	2742	100
2.1961-2.2511	0.2163	151	0.1727	2617	2768	100
2.2511-2.3119	0.2423	126	0.1579	2629	2755	100
2.3119-2.3799	0.2336	121	0.1616	2640	2761	100
2.3799-2.4568	0.2018	154	0.1581	2598	2752	100
2.4568-2.5445	0.2313	152	0.1599	2594	2746	100
2.5445-2.6464	0.216	148	0.1661	2653	2801	100
2.6464-2.7668	0.2176	133	0.1668	2610	2743	100
2.7668-2.9126	0.2453	142	0.1749	2633	2775	100
2.9126-3.0951	0.2528	145	0.1762	2660	2805	100
3.0951-3.3339	0.2151	132	0.172	2660	2792	100
3.3339-3.6692	0.1823	168	0.1566	2638	2806	100
3.6692-4.1996	0.1528	142	0.1279	2679	2821	100
4.1996-5.2891	0.1639	146	0.1256	2706	2852	99
5.2891-39.4968	0.165	144	0.1577	2777	2921	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3301	0.4012	0.9207	1.7241	0.2448	1.6039	-0.014	-0.0505	-0.073	0.1876	-0.004	0.068	0.0143	-0.1048	0.0113	0.2699	0.0235	0.0068	0.1938	-0.0275	0.2421	25.8897	31.6109	35.7971
2	0.8783	-0.4952	-0.0164	2.6178	0.9319	1.3619	0.1181	0.0436	-0.0214	-0.1253	-0.0865	-0.1919	-0.0003	0.0474	-0.0097	0.197	0.0009	-0.0071	0.1718	0.0132	0.195	34.2079	18.9416	30.67
3	1.0206	-0.0071	0.4569	1.1468	0.3668	2.6645	0.0079	-0.0001	-0.0054	0.0428	-0.0554	0.0702	0.0326	-0.0437	0.0349	0.1818	-0.0108	-0.0017	0.1845	0.0176	0.2215	23.7984	19.2331	23.6247
4	1.3885	0.8516	0.6605	1.5558	0.3861	1.8492	-0.0201	0.0284	0.2225	-0.0372	-0.0164	0.138	-0.2478	-0.1183	0.051	0.2371	0.0583	-0.0158	0.1974	-0.0189	0.2752	20.4305	40.9318	24.2392
5	4.029	0.0571	-1.2454	1.3287	-0.1284	0.8484	-0.0574	0.0739	0.3085	-0.1047	0.1076	-0.0071	-0.1895	-0.0771	-0.0243	0.2693	0.0379	-0.0112	0.2256	-0.0047	0.1848	40.0346	32.0017	-12.1315
6	2.1031	-0.9298	-1.7824	2.7515	0.8089	2.3011	0.1774	-0.0973	0.4869	0.1428	0.1627	-0.4248	-0.4672	0.383	-0.3149	0.3418	-0.0313	-0.0074	0.2853	0.0122	0.328	43.366	43.0193	-6.7653
7	2.1817	0.1911	-1.7074	1.3279	-0.11	3.7052	0.1326	0.0025	0.2356	0.0723	-0.0715	0.0038	-0.4841	0.0532	-0.0655	0.3935	0.0434	-0.0217	0.224	0.0426	0.3	30.6701	46.3604	-0.4428
8	1.8229	-0.4389	-0.9782	2.9612	0.1421	2.6964	-0.0923	0.1715	-0.0197	-0.0917	0.0451	0.0813	0.0997	-0.1221	0.0481	0.2103	-0.0074	-0.0192	0.2625	0.0193	0.1899	26.8611	24.568	-6.0446

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 52 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 122 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 262 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 263 through 355 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 3 through 52 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 53 through 158 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 159 through 262 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 263 through 355 )	B

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)