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- PDB-4wrp: The C-terminal domain of gene product lpg0944 from Legionella pne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wrp
タイトルThe C-terminal domain of gene product lpg0944 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Effector proteins / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性: / RavJ, Peptidase domain / Domain of unknown function DUF5617 / Domain of unknown function (DUF5617) / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The C-terminal domain of gene product lpg0944 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1.
著者: Cuff, M.E. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2014年10月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8322
ポリマ－28,8322
非ポリマー00
水3,405189
1
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4161
ポリマ－14,4161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4161
ポリマ－14,4161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.352, 60.714, 57.523
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.610, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 14416.233 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 251-372 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0944 / プラスミド: p15Tv / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q5ZWY9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.8M NaCl 0.1M Tris-HCl pH8.5 2% MPD / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月18日
放射モノクロメーター: Si (III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 4.4 % / 数: 99589 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.44 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 22416 / % possible obs: 97.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.165010.064.1454.1
4.095.1610.0452.7674.4
3.584.0910.0512.5524.4
3.253.5810.0542.5474.5
3.023.2510.0612.0374.5
2.843.0210.0651.7134.6
2.72.8410.071.5534.6
2.582.710.0791.2214.7
2.482.5810.0921.1654.7
2.392.4810.11.0814.7
2.322.3910.1180.9854.7
2.252.3210.1240.9024.7
2.192.2510.1410.824.7
2.142.1910.1580.8424.7
2.092.1410.1880.7944.7
2.052.0910.2120.7694.6
2.012.0510.2580.7644.5
1.972.0110.3070.7344.2
1.931.9710.3060.6993.7
1.91.9310.4020.6673.4
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 22416 / Num. obs: 22416 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Χ2: 1.438 / Net I/av σ(I): 28.28 / Net I/σ(I): 10.8 / Num. measured all: 99589
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.933.40.40210540.66795.5
1.93-1.973.70.30611100.69995.5
1.97-2.014.20.30710870.73497.3
2.01-2.054.50.25811100.76497.9
2.05-2.094.60.21211100.76997.1
2.09-2.144.70.18811430.79498.9
2.14-2.194.70.15810970.84298.1
2.19-2.254.70.14111380.8298
2.25-2.324.70.12411170.90298.5
2.32-2.394.70.11811310.98598.7
2.39-2.484.70.111111.08198.7
2.48-2.584.70.09211401.16598.8
2.58-2.74.70.07911311.22198.9
2.7-2.844.60.0711161.55398.9
2.84-3.024.60.06511431.71398.9
3.02-3.254.50.06111432.03799.1
3.25-3.584.50.05411392.54799.2
3.58-4.094.40.05111342.55298.5
4.09-5.164.40.04511472.76798.5
5.16-504.10.0611154.14592.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set最高解像度: 2.45 Å / 最低解像度: 50 Å
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)
114.59-50
18.54-14.59
16.04-8.54
14.67-6.04
13.81-4.67
13.21-3.81
12.78-3.21
12.45-2.78
Phasing MAD set site

Atom type symbol: Se / Occupancy iso: 0

IDB isoFract xFract yFract zOccupancy
119.19110.2730.1880.0833.638
224.31890.2740.055-0.4112.23
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
14.59-500.2070.241036315
8.54-14.590.2890.328016914920
6.04-8.540.3580.401046441450
4.67-6.040.3790.412083276567
3.81-4.670.3540.37601291121675
3.21-3.810.320.33601870178090
2.78-3.210.3180.333025592446113
2.45-2.780.2530.263033343209125
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 19894
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.55-10079.30.325518
5.29-6.5565.20.732503
4.65-5.2966.70.826505
4.23-4.6565.10.843518
3.91-4.2363.10.825534
3.65-3.9168.30.822579
3.44-3.6568.70.816641
3.27-3.4463.90.827657
3.11-3.2768.60.805670
2.98-3.11660.803735
2.86-2.9865.30.812744
2.76-2.8667.10.812789
2.66-2.7668.90.82820
2.58-2.6669.90.796825
2.5-2.5871.70.812853
2.43-2.578.60.8899
2.37-2.4389.30.76916
2.31-2.3788.40.776910
2.25-2.3188.90.766906
2.2-2.2590.80.753871
2.15-2.291.90.712852
2.1-2.1587.50.724813
2.06-2.187.80.652780
2.02-2.0687.50.638748
1.98-2.02930.516725
1.95-1.9890.9688
1.9-1.9592.40.39895

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
MLPHARE位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→38.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.2088 / WRfactor Rwork: 0.1609 / FOM work R set: 0.7699 / SU B: 8.494 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.1315 / SU Rfree: 0.1279 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2054 1107 4.9 %RANDOM
Rwork0.1623 21282 --
obs0.1645 21282 97.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.04 Å2 / Biso mean: 38.9 Å2 / Biso min: 19.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9 Å2-0 Å2-1.35 Å2
2---4.45 Å2-0 Å2
3----1.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→38.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1957 0 0 189 2146
Biso mean---48.02 -
残基数----236
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0192043
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4871.9012771
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84834370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3795239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05122.92113
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.75315335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3221519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022339
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02552
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8622.366956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8632.365955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8133.5251195
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 76 -
Rwork0.271 1503 -
all-1579 -
obs--95.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.93090.39270.33513.8317-0.95081.4446-0.01910.11140.0299-0.2134-0.0376-0.17690.00580.08970.05670.0158-0.00930.01570.11430.00720.06814.291337.206254.3237
20.58340.32470.11432.57770.81322.0605-0.01620.0338-0.00480.16050.02880.14570.0265-0.1865-0.01260.0343-0.00690.01790.14460.01980.079414.780338.329181.4613
30.57331.7503-2.3685.8181-6.870210.11310.0073-0.0962-0.1074-0.1825-0.2589-0.4866-0.31870.39040.25160.2317-0.01480.08660.2564-0.01230.2804-1.69638.859979.2755
43.3988-0.0587-1.28579.95684.89883.06910.1080.06160.1317-0.2023-0.23110.0971-0.1771-0.36910.12310.02070.0651-0.00170.3293-0.07910.196717.690870.1647109.2409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A251 - 356
2X-RAY DIFFRACTION2B251 - 356
3X-RAY DIFFRACTION3A357 - 371
4X-RAY DIFFRACTION4B363 - 372

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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