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万見
- PDB-4wr2: Crystal structure of a putative pyrimidine-specific ribonucleosid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wr2
タイトルCrystal structure of a putative pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase (RihA) Protein from Shewanella loihica PV-4 (SHEW_0697, Target PSI-029635) with divalent cation and PEG 400 bound at the active site
要素Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
キーワードHYDROLASE / PYRIMIDINE-SPECIFIC / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / DIVALENT CATION BINDING SITE / Structural Genomics / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 糖加水分解酵素 / uridine nucleosidase activity / pyrimidine nucleobase metabolic process / nucleobase-containing small molecule interconversion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA / Inosine-uridine Nucleoside N-ribohydrolase; Chain A / Ribonucleoside hydrolase-like / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase / Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase domain / Inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase / Ribonucleoside hydrolase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella loihica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. ...Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase (RihA) Protein from Shewanella loihica PV-4 (SHEW_0697, Target PSI-029635) with divalent cation and PEG 400 ...タイトル: Crystal structure of a putative pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase (RihA) Protein from Shewanella loihica PV-4 (SHEW_0697, Target PSI-029635) with divalent cation and PEG 400 bound at the active site
著者: Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / ...著者: Himmel, D.M. / Bhosle, R. / Toro, R. / Hillerich, B. / Gizzi, A. / Garforth, S. / Kar, A. / Chan, M.K. / Lafluer, J. / Patel, H. / Matikainen, B. / Chamala, S. / Lim, S. / Celikgil, A. / Villegas, G. / Evans, B. / Love, J. / Fiser, A. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Almo, S.C.
履歴
登録2014年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8153
ポリマ－36,5361
非ポリマー2782
水5,116284
1
A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
ヘテロ分子

A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
ヘテロ分子

A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
ヘテロ分子

A: Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,25812
ポリマ－146,1454
非ポリマー1,1138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area10720 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area42650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.078, 115.047, 141.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-523-

HOH

21A-560-

HOH

詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Pyrimidine-specific ribonucleoside hydrolase RihA / Cytidine/uridine-specific hydrolase


分子量: 36536.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Shewanella loihica (バクテリア) / 株: ATCC BAA-1088 / PV-4 / 遺伝子: rihA, Shew_0697 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A3QAS1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Protein (18.02 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 5 mM DTT) was combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Sodium Citrate pH 5.5, 40% PEG 600), ...詳細: Protein (18.02 mg/ml, 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM Sodium Chloride, 5% v/v Glycerol, 5 mM DTT) was combined with an equal volume of Reservoir (100 mM Sodium Citrate pH 5.5, 40% PEG 600), Cryoprotection (100 mM Sodium Citrate pH 5.5, 40% PEG 600)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 104560 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 22.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Χ2: 1.005 / Net I/av σ(I): 26.701 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 803260
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.7-1.767.60.97104510.96799.2
1.76-1.837.60.662104160.9899.3
1.83-1.917.60.44104671.00299.4
1.91-2.027.70.287104481.00899.6
2.02-2.147.70.181105221.00999.7
2.14-2.317.70.131104170.99199.8
2.31-2.547.70.111105161.00899.9
2.54-2.917.70.107105091.036100
2.91-3.667.80.06104831.029100
3.66-307.60.038103311.01598.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKHKL data processing system Version 1.99.2データスケーリング
PHENIX1.9-1692位相決定
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→29.767 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.1729 / WRfactor Rwork: 0.159 / FOM work R set: 0.8901 / SU B: 2.633 / SU ML: 0.042 / SU R Cruickshank DPI: 0.0805 / SU Rfree: 0.0665 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1713 1997 3.7 %RANDOM
Rwork0.1566 52364 --
obs0.1572 104560 99.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.32 Å2 / Biso mean: 31.367 Å2 / Biso min: 17.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å20 Å2-0 Å2
2---1.64 Å20 Å2
3----1.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→29.767 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2345 0 33 284 2662
Biso mean--63.95 41.44 -
残基数----308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.31223303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.83935462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3245306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.824.89696
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.77215361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.5191512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2388
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02493
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1322.8251230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1231229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1894.2191534
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.13332426
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.07852378
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.739 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 143 -
Rwork0.248 3742 -
all-3885 -
obs--96.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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