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- PDB-4wpb: Vascular endothelial growth factor in complex with alpha/beta-VEGF-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wpb
タイトルVascular endothelial growth factor in complex with alpha/beta-VEGF-1
要素
  • Vascular endothelial growth factor A
  • alpha/beta-VEGF-1
キーワードPROTEIN BINDING / alpha/beta-peptide / foldamer
機能・相同性
機能・相同性情報


basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding ...basophil chemotaxis / positive regulation of endothelial cell chemotaxis by VEGF-activated vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / VEGF-A complex / Signaling by VEGF / cellular stress response to acid chemical / positive regulation of lymphangiogenesis / negative regulation of adherens junction organization / vascular endothelial growth factor receptor 1 binding / negative regulation of establishment of endothelial barrier / vascular endothelial growth factor receptor binding / VEGF ligand-receptor interactions / post-embryonic camera-type eye development / positive regulation of mast cell chemotaxis / lymph vessel morphogenesis / primitive erythrocyte differentiation / negative regulation of blood-brain barrier permeability / positive regulation of cell proliferation by VEGF-activated platelet derived growth factor receptor signaling pathway / VEGF-activated neuropilin signaling pathway / bone trabecula formation / coronary vein morphogenesis / lung vasculature development / cardiac vascular smooth muscle cell development / lymphangiogenesis / endothelial cell chemotaxis / positive regulation of trophoblast cell migration / vascular endothelial growth factor receptor-2 signaling pathway / positive regulation of epithelial tube formation / VEGF binds to VEGFR leading to receptor dimerization / motor neuron migration / regulation of nitric oxide mediated signal transduction / positive regulation of protein localization to early endosome / eye photoreceptor cell development / positive regulation of axon extension involved in axon guidance / vascular wound healing / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / camera-type eye morphogenesis / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / neuropilin binding / coronary artery morphogenesis / induction of positive chemotaxis / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / tube formation / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of blood vessel branching / platelet-derived growth factor receptor binding / surfactant homeostasis / endothelial cell proliferation / extracellular matrix binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / epithelial cell maturation / positive regulation of leukocyte migration / positive regulation of positive chemotaxis / cardiac muscle cell development / sprouting angiogenesis / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / vascular endothelial growth factor signaling pathway / artery morphogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of DNA biosynthetic process / retinal ganglion cell axon guidance / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of fat cell differentiation / positive chemotaxis / positive regulation of sprouting angiogenesis / chemoattractant activity / mesoderm development / outflow tract morphogenesis / positive regulation of protein autophosphorylation / monocyte differentiation / macrophage differentiation / fibronectin binding / positive regulation of cell division / positive regulation of receptor internalization / mammary gland alveolus development / neuroblast proliferation / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / positive regulation of focal adhesion assembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / heart morphogenesis / cell maturation / ovarian follicle development / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of endothelial cell proliferation / lactation / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell migration
類似検索 - 分子機能
Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family ...Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain / Vascular endothelial growth factor, heparin-binding domain superfamily / VEGF heparin-binding domain / : / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor, conserved site / PDGF/VEGF domain / Platelet-derived growth factor (PDGF) family signature. / Platelet-derived growth factor (PDGF) family profile. / Platelet-derived and vascular endothelial growth factors (PDGF, VEGF) family / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Vascular endothelial growth factor A, long form
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Kreitler, D.F. / Checco, J.W. / Gellman, S.H. / Forest, K.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM056414 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008349 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Targeting diverse protein-protein interaction interfaces with alpha / beta-peptides derived from the Z-domain scaffold.
著者: Checco, J.W. / Kreitler, D.F. / Thomas, N.C. / Belair, D.G. / Rettko, N.J. / Murphy, W.L. / Forest, K.T. / Gellman, S.H.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.62024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vascular endothelial growth factor A
B: Vascular endothelial growth factor A
C: alpha/beta-VEGF-1
D: alpha/beta-VEGF-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0844
ポリマ－33,0844
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.100, 78.400, 56.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLUGLULYSLYSchain AAA13 - 1076 - 100
2VALVALPROPROchain BBB14 - 1067 - 99
3GLUGLUNH2NH2chain CCC8 - 408 - 40
4GLUGLUNH2NH2chain DDD8 - 408 - 40
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Vascular endothelial growth factor A / VEGF-A / Vascular permeability factor / VPF


分子量: 11948.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: residues 8-109 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VEGFA, VEGF / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15692
#2: タンパク質・ペプチド alpha/beta-VEGF-1


分子量: 4593.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This is a synthetic designed molecule based initially on the B domain of Staph aureus protein A.
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.75 % / 解説: crystals were parallelepiped plates
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M magnesium formate dihydrate, 15% (w/v) PEG3350, 30% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月19日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→45.08 Å / Num. obs: 6096 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 44.01 Å2 / Rmerge F obs: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rrim(I) all: 0.097 / Χ2: 0.984 / Net I/σ(I): 14.26 / Num. measured all: 22316
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.1-3.183.80.980.2437.4516894434470.283100
3.18-3.270.9810.1978.3117034574520.2398.9
3.27-3.360.990.1669.615714144140.193100
3.36-3.470.9920.1410.4715544124160.164100
3.47-3.580.9940.12111.1815524214150.14198.6
3.58-3.710.9890.12611.8113363673670.148100
3.71-3.850.9920.10612.814043823840.124100
3.85-40.9970.0914.3212823613560.10598.6
4-4.180.9970.0715.2912323423390.08399.1
4.18-4.380.9950.06516.9912463493470.07699.4
4.38-4.620.9960.06118.3410813002990.07199.7
4.62-4.90.9880.06418.6411113043010.07599
4.9-5.240.9970.06119.0110042742740.071100
5.24-5.660.980.06516.8210032772740.07798.9
5.66-6.20.9950.05518.518742372370.064100
6.2-6.930.9980.04719.597642182170.05599.5
6.93-8.010.9960.04420.917061971960.05299.5
8.01-9.80.9960.04521.845711661650.05399.4
9.8-13.870.9950.03922.144341291260.04797.7
13.870.9970.03720.5419973700.04595.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å39.22 Å
Translation3 Å39.22 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSNovember 11, 2013データ削減
XSCALEJanuary 10, 2014データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX1.9-1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.11→45.078 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2983 506 8.41 %random
Rwork0.2405 5511 --
obs0.2454 6017 99.29 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.05 Å2 / Biso mean: 66.8012 Å2 / Biso min: 43.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.11→45.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1909 0 0 0 1909
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0251995
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4752682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.519666
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A953X-RAY DIFFRACTION11.739TORSIONAL
12B953X-RAY DIFFRACTION11.739TORSIONAL
13C953X-RAY DIFFRACTION11.739TORSIONAL
14D953X-RAY DIFFRACTION11.739TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1101-3.4230.36051260.26791366X-RAY DIFFRACTION99
3.423-3.9180.32541250.25841376X-RAY DIFFRACTION100
3.918-4.93530.27421260.22091371X-RAY DIFFRACTION99
4.9353-45.080.27831290.23371398X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.97521.59761.11024.7537-2.4510.60350.50210.28450.5005-0.08720.2809-0.0986-0.1495-0.0511-0.61341.38530.0240.27590.49150.05760.261317.8996-13.818927.0333
22.40631.5973-2.44261.0858-1.62742.4545-0.24920.60020.4381-0.23010.61450.61-0.9062-1.11-0.39931.6525-0.07380.40130.5730.04120.315210.63645.21984.6995
30.4072-0.41020.10772.97690.16290.0691-0.1951-0.0796-0.11070.47210.1490.46740.2034-0.10860.01521.33040.05920.41690.3466-0.17070.516912.99594.077615.4635
41.6430.7612-0.16114.2027-2.14033.2673-0.26130.02090.0417-0.0577-0.02870.1696-0.0453-0.27020.23620.93970.03640.27080.26550.02340.448813.58568.459910.9411
50.78680.5312-0.32944.1271-1.70781.9651-0.11740.22440.1008-0.73170.0933-0.51710.3877-0.00960.0191.1420.06120.35820.30340.02960.612223.60621.851.8052
60.87290.8132-0.45511.9599-1.11572.9359-0.21840.2869-0.0835-0.08140.04710.09310.0611-0.26880.13971.130.13070.53470.57770.12040.433611.1128-12.440314.9487
71.55410.8640.87699.5531-4.91463.70930.013-0.3717-0.1748-0.30461.03781.06880.5279-0.7583-1.04931.1217-0.31130.20471.13630.12420.54030.3448-21.688521.8339
80.2687-0.28410.05722.13110.23760.052-0.10870.12520.0686-0.50690.09970.5455-0.2241-0.46540.05411.6370.15380.42930.3514-0.18490.306912.442-15.159613.5631
91.41930.07820.35193.4071-2.6425.456-0.13020.15820.145-0.61170.1925-0.0562-0.0414-0.6685-0.13321.05630.02150.11460.3421-0.0140.341311.9538-19.633916.0686
104.00782.6046-2.51446.1665-3.27192.18040.541-0.63030.04691.4596-0.2868-0.1548-0.85510.1766-0.27760.9864-0.07840.03670.57030.05740.343418.218-19.508937.6187
110.02120.2778-0.24327.1292-3.05162.7370.2524-0.2560.48212.1764-0.0220.6385-1.2253-0.3101-0.26261.82710.1878-0.06550.5337-0.08360.71125.3511-14.34941.4365
120.0882-0.04980.31582.71960.06171.1621-0.0195-0.4112-0.01870.7855-0.03390.1717-0.6984-0.1125-0.01141.8491-0.02160.13850.65250.36960.230410.8108-9.135138.8466
131.8126-0.1827-0.84362.3224-0.47350.52740.5908-0.53050.44561.9668-0.3443-0.4703-0.8080.4272-0.20461.9154-0.2145-0.33140.60970.05461.209619.9323-8.62237.1402
142.0001222220.5937-1.7361-1.4224-1.54171.73355.244-0.43160.6305-2.32421.7876-0.1607-0.3021.0496-0.04810.63826.1156-11.486735.4041
150.8932-0.21010.8040.0499-0.19140.7221-0.0107-0.09-0.1309-0.2206-0.1504-0.29640.16990.35430.14060.9479-0.04150.61990.77710.34030.668732.15578.1098-3.4724
160.4584-0.0214-0.26550.5730.22130.2347-0.29460.4288-0.2506-0.3719-0.21260.06050.5078-0.40630.32011.5896-0.03080.6770.4361-0.1450.48822.22933.0769-12.2176
170.81451.1791-0.06534.6757-2.1651.9926-0.0740.2318-0.3957-1.7201-0.07-1.41830.96450.2870.19481.65220.1970.74070.69670.27171.322529.9488-2.6729-4.8045
182.0003222.000122.00011.88641.62917.7844-7.8885-9.4701-3.469-5.2194-2.85487.58810.89430.11280.25050.24910.20411.015835.22261.0298-1.5952
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 39 through 39 )D39
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 50 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 51 through 84 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 107 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 14 through 26 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 38 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 39 through 45 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 46 through 84 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 85 through 106 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 8 through 20 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 21 through 25 )C0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 26 through 31 )C0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 32 through 38 )C0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 39 through 39 )C0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 8 through 14 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 15 through 31 )D0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 32 through 38 )D0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 39 through 39 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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