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- PDB-4wp4: Hev b 6.02 (hevein) extracted from surgical gloves -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wp4
タイトルHev b 6.02 (hevein) extracted from surgical gloves
要素Pro-hevein
キーワードALLERGEN / Hevea / lectin / rubber / surgical gloves
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / RNA nuclease activity / defense response to fungus / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Barwin domain / Barwin, conserved site / Pathogenesis-related protein-4 / Barwin family / Barwin domain signature 1. / Barwin domain signature 2. / Barwin domain profile. / Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein ...Barwin domain / Barwin, conserved site / Pathogenesis-related protein-4 / Barwin family / Barwin domain signature 1. / Barwin domain signature 2. / Barwin domain profile. / Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / RlpA-like domain superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIOUREA / Pro-hevein
類似検索 - 構成要素
生物種Hevea brasiliensis (植物)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Galicia, C. / Rodriguez-Romero, A.
資金援助 メキシコ, 2件
組織認可番号国
DGAPA-UNAMIN207613 メキシコ
Consejo Nacional de Ciencia y Tecnologia (CONACYT)166472 メキシコ
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2015
タイトル: Impact of the vulcanization process on the structural characteristics and IgE recognition of two allergens, Hev b 2 and Hev b 6.02, extracted from latex surgical gloves.
著者: Galicia, C. / Mendoza-Hernandez, G. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月8日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_nat ...citation / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pro-hevein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8072
ポリマ－4,7311
非ポリマー761
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.330, 37.330, 48.777
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pro-hevein / Major hevein


分子量: 4731.166 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 18-60 / 由来タイプ: 天然
詳細: Protein purified from rubber surgical gloves that underwent a vulcanization process.
由来: (天然) Hevea brasiliensis (植物) / Plasmid details: Latex from laticiferous cells / 参照: UniProt: P02877
#2: 化合物 ChemComp-TOU / THIOUREA / チオ尿素


分子量: 76.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH4N2S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.9 % / 解説: Bar
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M sodium citrate, 2M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→26.95 Å / Num. obs: 13802 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 15.29 Å2
詳細: The data collection was done at the maximum crystal-to-detector distance of 72 mm. At this distance the resolution was 1.43 with an I/sigma = 24.4 indicating that the crystal could have ...詳細: The data collection was done at the maximum crystal-to-detector distance of 72 mm. At this distance the resolution was 1.43 with an I/sigma = 24.4 indicating that the crystal could have diffracted to a higher resolution. However, this was not possible with our MicroMax007 (Rigaku).
Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 64.6
反射 シェル解像度: 1.43→1.48 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.186 / Mean I/σ(I) obs: 24.4 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1810) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.43→26.947 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.82 / 立体化学のターゲット値: MLHL
詳細: Data collection was done at the maximum crystal-to-detector distance of 72 mm. At this distance the resolution was 1.43 with an I/sigma = 24.4 indicating that the crystal could have ...詳細: Data collection was done at the maximum crystal-to-detector distance of 72 mm. At this distance the resolution was 1.43 with an I/sigma = 24.4 indicating that the crystal could have diffracted to a higher resolution. However, this was not possible with our MicroMax007 (Rigaku)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1664 -9.88 %Random selection
Rwork0.1515 ---
obs0.1529 6719 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→26.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数321 0 4 53 378
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.457467
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9129
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00765
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree error% reflection obs (%)
1.434-1.5440.1561430.14127214.8196.9
1.544-1.70.1621440.131132315.8897.9
1.7-1.9460.1611460.133132213.7199.1
1.946-2.4510.1651520.155137119.5399.8
2.451-26.9520.17081530.1604144015.4599.9
精密化 TLS手法: refined / 詳細: Chain A / Origin x: 12.5351 Å / Origin y: 10.4764 Å / Origin z: 11.9358 Å
111213212223313233
T0.1346 Å20.0128 Å2-0.0013 Å2-0.1059 Å2-0.0029 Å2--0.1381 Å2
L2.7807 °2-1.0731 °20.3882 °2-2.3024 °2-0.2634 °2--2.9011 °2
S-0.0516 Å °-0.0593 Å °0.0511 Å °0.0881 Å °0.0113 Å °0.137 Å °-0.075 Å °-0.1904 Å °0.0423 Å °
精密化 TLSグループSelection: all / Selection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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