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- PDB-4woi: 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4woi
タイトル4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Messenger RNA
  • Phenylalanine specific transfer RNA, tRNA-Phe
  • Ribosome-recycling factor
キーワードRIBOSOME / Protein biosynthesis / ribosomes / paromomycin / antibiotic translocation / RNA / tRNA / transfer / exit / peptidyl / 30S / 70S / 16S / ribosomal subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


cytoplasmic translational termination / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity ...cytoplasmic translational termination / stringent response / ribosomal large subunit binding / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcription antitermination factor activity, RNA binding / misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / four-way junction DNA binding / translational termination / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / negative regulation of translational initiation / regulation of mRNA stability / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / ribosome assembly / positive regulation of RNA splicing / assembly of large subunit precursor of preribosome / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / cytosolic ribosome assembly / DNA endonuclease activity / response to reactive oxygen species / transcription antitermination / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / maintenance of translational fidelity / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit / transferase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / 5S rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / molecular adaptor activity / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site ...Ribosome recycling factor / Ribosome recycling factor domain / RRF superfamily / Ribosome recycling factor / Ribosomal protein L1, bacterial-type / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / : / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35
類似検索 - ドメイン・相同性
PAROMOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 ...PAROMOMYCIN / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Ribosome-recycling factor / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Large ribosomal subunit protein uL1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
Thermus thermophilus (バクテリア)
Enterobacteria phage L1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
Model detailsThis structure consists of multiple PDB entries
データ登録者Pulk, A. / Cate, J.H.D. / Blanchard, S. / Wasserman, M. / Altman, R. / Zhou, Z. / Zinder, J. / Green, K. / Garneau-Tsodikova, S.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)2R01GM079238 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM65050 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI090048 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA92584 米国
Human Frontiers in Science ProgramRGY0088 米国
National Science Foundation (NSF, United States)0644129 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC0376SF00098 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Chemically related 4,5-linked aminoglycoside antibiotics drive subunit rotation in opposite directions.
著者: Wasserman, M.R. / Pulk, A. / Zhou, Z. / Altman, R.B. / Zinder, J.C. / Green, K.D. / Garneau-Tsodikova, S. / Doudna Cate, J.H. / Blanchard, S.C.
履歴
登録2014年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月12日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AA: 16S ribosomal RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
AV: Ribosome-recycling factor
AW: Messenger RNA
AX: Phenylalanine specific transfer RNA, tRNA-Phe
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L11
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36
B5: 50S ribosomal protein L1
CA: 23S ribosomal RNA
CB: 5S ribosomal RNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L11
CJ: 50S ribosomal protein L13
CK: 50S ribosomal protein L14
CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
CO: 50S ribosomal protein L18
CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C0: 50S ribosomal protein L32
C1: 50S ribosomal protein L33
C2: 50S ribosomal protein L34
C3: 50S ribosomal protein L35
C4: 50S ribosomal protein L36
DA: 16S ribosomal RNA
DB: 30S ribosomal protein S2
DC: 30S ribosomal protein S3
DD: 30S ribosomal protein S4
DE: 30S ribosomal protein S5
DF: 30S ribosomal protein S6
DG: 30S ribosomal protein S7
DH: 30S ribosomal protein S8
DI: 30S ribosomal protein S9
DJ: 30S ribosomal protein S10
DK: 30S ribosomal protein S11
DL: 30S ribosomal protein S12
DM: 30S ribosomal protein S13
DN: 30S ribosomal protein S14
DO: 30S ribosomal protein S15
DP: 30S ribosomal protein S16
DQ: 30S ribosomal protein S17
DR: 30S ribosomal protein S18
DS: 30S ribosomal protein S19
DT: 30S ribosomal protein S20
DU: 30S ribosomal protein S21
DV: Messenger RNA
DW: Phenylalanine specific transfer RNA, tRNA-Phe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,419,078620
ポリマ－4,398,913110
非ポリマー20,165510
水31,1121727
1
AA: 16S ribosomal RNA
AB: 30S ribosomal protein S2
AC: 30S ribosomal protein S3
AD: 30S ribosomal protein S4
AE: 30S ribosomal protein S5
AF: 30S ribosomal protein S6
AG: 30S ribosomal protein S7
AH: 30S ribosomal protein S8
AI: 30S ribosomal protein S9
AJ: 30S ribosomal protein S10
AK: 30S ribosomal protein S11
AL: 30S ribosomal protein S12
AM: 30S ribosomal protein S13
AN: 30S ribosomal protein S14
AO: 30S ribosomal protein S15
AP: 30S ribosomal protein S16
AQ: 30S ribosomal protein S17
AR: 30S ribosomal protein S18
AS: 30S ribosomal protein S19
AT: 30S ribosomal protein S20
AU: 30S ribosomal protein S21
AV: Ribosome-recycling factor
AW: Messenger RNA
AX: Phenylalanine specific transfer RNA, tRNA-Phe
BA: 23S ribosomal RNA
BB: 5S ribosomal RNA
BC: 50S ribosomal protein L2
BD: 50S ribosomal protein L3
BE: 50S ribosomal protein L4
BF: 50S ribosomal protein L5
BG: 50S ribosomal protein L6
BH: 50S ribosomal protein L9
BI: 50S ribosomal protein L11
BJ: 50S ribosomal protein L13
BK: 50S ribosomal protein L14
BL: 50S ribosomal protein L15
BM: 50S ribosomal protein L16
BN: 50S ribosomal protein L17
BO: 50S ribosomal protein L18
BP: 50S ribosomal protein L19
BQ: 50S ribosomal protein L20
BR: 50S ribosomal protein L21
BS: 50S ribosomal protein L22
BT: 50S ribosomal protein L23
BU: 50S ribosomal protein L24
BV: 50S ribosomal protein L25
BW: 50S ribosomal protein L27
BX: 50S ribosomal protein L28
BY: 50S ribosomal protein L29
BZ: 50S ribosomal protein L30
B0: 50S ribosomal protein L32
B1: 50S ribosomal protein L33
B2: 50S ribosomal protein L34
B3: 50S ribosomal protein L35
B4: 50S ribosomal protein L36
B5: 50S ribosomal protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,232,460332
ポリマ－2,222,16356
非ポリマー10,297276
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
CA: 23S ribosomal RNA
CB: 5S ribosomal RNA
CC: 50S ribosomal protein L2
CD: 50S ribosomal protein L3
CE: 50S ribosomal protein L4
CF: 50S ribosomal protein L5
CG: 50S ribosomal protein L6
CH: 50S ribosomal protein L9
CI: 50S ribosomal protein L11
CJ: 50S ribosomal protein L13
CK: 50S ribosomal protein L14
CL: 50S ribosomal protein L15
CM: 50S ribosomal protein L16
CN: 50S ribosomal protein L17
CO: 50S ribosomal protein L18
CP: 50S ribosomal protein L19
CQ: 50S ribosomal protein L20
CR: 50S ribosomal protein L21
CS: 50S ribosomal protein L22
CT: 50S ribosomal protein L23
CU: 50S ribosomal protein L24
CV: 50S ribosomal protein L25
CW: 50S ribosomal protein L27
CX: 50S ribosomal protein L28
CY: 50S ribosomal protein L29
CZ: 50S ribosomal protein L30
C0: 50S ribosomal protein L32
C1: 50S ribosomal protein L33
C2: 50S ribosomal protein L34
C3: 50S ribosomal protein L35
C4: 50S ribosomal protein L36
DA: 16S ribosomal RNA
DB: 30S ribosomal protein S2
DC: 30S ribosomal protein S3
DD: 30S ribosomal protein S4
DE: 30S ribosomal protein S5
DF: 30S ribosomal protein S6
DG: 30S ribosomal protein S7
DH: 30S ribosomal protein S8
DI: 30S ribosomal protein S9
DJ: 30S ribosomal protein S10
DK: 30S ribosomal protein S11
DL: 30S ribosomal protein S12
DM: 30S ribosomal protein S13
DN: 30S ribosomal protein S14
DO: 30S ribosomal protein S15
DP: 30S ribosomal protein S16
DQ: 30S ribosomal protein S17
DR: 30S ribosomal protein S18
DS: 30S ribosomal protein S19
DT: 30S ribosomal protein S20
DU: 30S ribosomal protein S21
DV: Messenger RNA
DW: Phenylalanine specific transfer RNA, tRNA-Phe
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,186,618288
ポリマ－2,176,75054
非ポリマー9,868234
水34219
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)212.100, 435.240, 614.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細There are 2 biological units in the assymetric unit. Each unit (ribosome) contains two subunits.

-
要素

-
RNA鎖 , 5種, 10分子 AADAAWDVAXDWBACABBCB

#1: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 499690.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌)
参照: GenBank: 359330873
#23: RNA鎖 Messenger RNA


分子量: 5170.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage L1 (ファージ)
#24: RNA鎖 Phenylalanine specific transfer RNA, tRNA-Phe


分子量: 24485.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌)
参照: GenBank: 359330873
#25: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941612.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌)
参照: GenBank: 359330873
#26: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 (大腸菌)
参照: GenBank: 359330873

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 ABDBACDCADDDAEDEAFDFAGDGAHDHAIDIAJDJAKDKALDLAMDMANDNAODOAPDP...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26031.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V3
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23514.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7V8
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W1
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02358
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02359
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7W7
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7X3
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11755.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R5
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R9
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7S9
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG59
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10319.882 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 strain TW14359 / 参照: UniProt: C6UUI7
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG63
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7T7
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U3
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7U7
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AV

#22: タンパク質 Ribosome-recycling factor / RRF / Ribosome-releasing factor


分子量: 20671.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A805

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 59分子 BCCCBDCDBECEBFCFBGCGBHCHBICIBJCJBKCKBLCLBMCMBNCNBOCOBPCPBQCQ...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60422
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60438
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60723
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P62399
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG55
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7R1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7J7
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AA10
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADY3
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P02413
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADY7
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG44
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0C018
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7K6
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7L3
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG48
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P61175
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0ADZ0
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P60624
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P68919
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7L8
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7M2
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7M6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0AG51
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7N4
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7N9
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7P5
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7Q1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 参照: UniProt: P0A7Q6
#56: タンパク質 50S ribosomal protein L1


分子量: 24741.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP7

-
非ポリマー , 4種, 2237分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 495 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物
ChemComp-PAR / PAROMOMYCIN / PAROMOMYCIN I / AMMINOSIDIN / CATENULIN / CRESTOMYCIN / MONOMYCIN A / NEOMYCIN E / パロモマイシン


分子量: 615.628 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H45N5O14 / コメント: 抗菌剤, 薬剤*YM
#59: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#60: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1727 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG8k, MPD, KCl, KSCN

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.3.111.1
シンクロトロンALS 12.3.121.1
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年12月3日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2012年10月16日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→70 Å / Num. obs: 914752 / % possible obs: 73.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 73.274 Å2 / Rmerge F obs: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 1.029 / Net I/σ(I): 6.29 / Num. measured all: 4371132
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.9-30.1581.1380.36579011927249891.5924.2
3-3.10.3870.9370.4946427104359318101.27230.5
3.1-3.20.4230.8170.698494791824502021.0754.7
3.2-3.30.5330.6750.9810634681037528150.85865.2
3.3-3.40.6210.6041.3213715271762545350.73876
3.4-3.50.6710.591.6214617263816504090.70179
3.5-3.60.7380.5571.9616181857098480180.64584.1
3.6-3.80.8040.4762.5230170796843831050.54885.8
3.8-40.8610.3863.2626728078501699240.44389.1
4-50.9410.2825.5810935762307222242470.31497.2
5-100.9880.17112.6916903702136392132830.18399.8
10-400.9990.07131.9832573731034309760.07599.8
40-700.9980.04439.5538104594390.04795.6
70119

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: IN-HOUSE STRUCTURE CONTAINING ALL RIBOSOMAL PROTEINS IN ONE CHAIN AND RRNA IN ANOTHER

解像度: 3→70 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 --
Rwork0.1738 --
obs-909645 81.14 %
原子変位パラメータBiso max: 538.28 Å2 / Biso mean: 101.9156 Å2 / Biso min: 3.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→70 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19975 34942 527 0 55444

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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