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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wny
タイトルCrystal structure of a protein from the universal stress protein family from Burkholderia pseudomallei
要素Universal stress protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / SSGCID / Burkholderia pseudomallei / universal stress protein / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Universal stress protein family
機能・相同性情報
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a protein from the universal stress protein family from Burkholderia pseudomallei
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年11月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_keywords
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Universal stress protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9211
ポリマ－17,9211
非ポリマー00
水39622
1
A: Universal stress protein

A: Universal stress protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8412
ポリマ－35,8412
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
Buried area1760 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.260, 79.260, 39.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細biological unit is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: -X+2, -X+Y+1, -Z+1/3

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要素

#1: タンパク質 Universal stress protein


分子量: 17920.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_A2430 / プラスミド: BupsA.17310.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3JFS3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Rigaku Reagents JCSG+ screen, b10: 50% PEG 200, 200mM MgCl2, 100mM Na-cacodylate pH 6.5; BupsA.17310.a.A1.PW31024 at 28.5mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.978726 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月2日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. all: 6890 / Num. obs: 6890 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.48 % / Biso Wilson estimate: 35.86 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rrim(I) all: 0.069 / Χ2: 0.964 / Net I/σ(I): 22.26 / Num. measured all: 51565
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.25-2.317.40.9060.5013.7537765085080.538100
2.31-2.370.940.4524.2336944974870.48598
2.37-2.440.9480.3735.2135784794790.401100
2.44-2.520.9410.3316.2135434774670.35597.9
2.52-2.60.970.2457.9535494754740.26399.8
2.6-2.690.9790.2248.7331804314190.2497.2
2.69-2.790.990.16811.5231244184180.18100
2.79-2.90.9930.13913.4731574244120.14997.2
2.9-3.030.9950.10617.228753923860.11498.5
3.03-3.180.9960.08222.3528823873810.08898.4
3.18-3.350.9980.06726.0626103573450.07296.6
3.35-3.560.9990.04835.2626153513490.05299.4
3.56-3.80.9990.04838.123143193080.05296.6
3.8-4.110.9990.03544.4321903042940.03896.7
4.11-4.510.03152.2520032792680.03396.1
4.5-5.030.9990.02857.6518502602500.0396.2
5.03-5.810.9990.03250.6116032272170.03495.6
5.81-7.120.9990.0350.8314342011940.03296.5
7.12-10.060.9990.02366.8510401611480.02591.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.537
最高解像度最低解像度
Rotation39.63 Å2.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
ARPモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: balbes, 1mjh

1mjh


解像度: 2.25→39.63 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 371 5.39 %Random selection
Rwork0.2235 6517 --
obs0.2238 6888 97.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 115.56 Å2 / Biso mean: 50.1391 Å2 / Biso min: 22.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→39.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数953 0 0 22 975
Biso mean---39.63 -
残基数----132
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002965
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4891310
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.017159
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.877341
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2501-2.57560.3123920.25562187227999
2.5756-3.24480.25691420.26122144228698
3.2448-39.63610.20091370.19982186232396
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.74532.6851-0.11645.36220.76354.87360.2616-0.14460.41990.15310.04040.196-0.30610.4333-0.20670.1469-0.02240.02190.3243-0.02040.303655.017622.69227.7657
23.036-0.5147-0.59712.37370.54760.8920.1299-0.1927-0.32760.272-0.29290.7210.6249-0.04020.17740.4639-0.01530.00630.28780.01440.211545.61438.81439.3497
33.62542.37610.04853.3292-0.0062.0103-0.11720.6333-0.8262-0.26610.1626-0.93090.44960.3194-0.13420.4030.04660.06440.4179-0.0630.546859.740813.88722.0788
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -2 through 39 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 40 through 84 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 147 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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