PDB-4wnp: Structure of ULK1 bound to a potent inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wnp

タイトル

Structure of ULK1 bound to a potent inhibitor

要素

Serine/threonine-protein kinase ULK1

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase / autophagy / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

neuron projection regeneration / omegasome membrane / negative regulation of collateral sprouting / Atg1/ULK1 kinase complex / positive regulation of autophagosome assembly / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phagophore assembly site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Lazarus, M.B. / Novotny, C.J. / Shokat, K.M.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the Human Autophagy Initiating Kinase ULK1 in Complex with Potent Inhibitors.
著者: Lazarus, M.B. / Novotny, C.J. / Shokat, K.M.

履歴

登録	2014年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年1月28日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name / _struct_keywords.text
改定 1.3	2023年12月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb4wnp.ent.gz	383.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wnp_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wnp_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/4wnp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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類似構造データ	4wno-d 2vz6-1 5ut0-d 2oid-1 4p90-1 4f1t-d 3zfy-2 4xli-2 6nok-d 1yhv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
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カスパーゼ (Caspases)
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登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

C: Serine/threonine-protein kinase ULK1

D: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

131 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

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32.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

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32.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

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4

D: Serine/threonine-protein kinase ULK1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	100.410, 113.800, 100.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase ULK1 / Autophagy-related protein 1 homolog / hATG1 / Unc-51-like kinase 1 分子量: 32320.262 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-283 / 変異: E37A K38A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ULK1, KIAA0722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O75385, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-3RJ / N~2~-(1H-benzimidazol-6-yl)-N~4~-(5-cyclobutyl-1H-pyrazol-3-yl)quinazoline-2,4-diamine 分子量: 396.448 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀N₈
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.55 M sodium malonate pH 7.0, 0.35 M sodium malonate pH 5.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99995 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月30日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99995 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.88→46.02 Å / Num. obs: 94168 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 396367

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.88-1.98	4.3	0.801	2	58064	13615	0.576	0.448	100
5.95-46.02	4.1	0.031	25.8	13175	3183	0.999	0.016	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.88→46.018 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2264	4721	5.02 %	Random Selection
R_work	0.1922	89404	-	-
obs	0.1939	94125	99.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.46 Å² / B_iso mean: 43.4051 Å² / B_iso min: 14.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.88→46.018 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8723	0	228	243	9194
B_iso mean	-	-	39.18	35.78	-
残基数	-	-	-	-	1092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9188
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.048	12406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	1345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1582
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.806	3476

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.88-1.9014	0.3429	163	0.2918	2978	3141	100
1.9014-1.9237	0.3171	163	0.2785	2924	3087	100
1.9237-1.9472	0.3036	164	0.2726	2926	3090	100
1.9472-1.9718	0.3316	152	0.2584	2989	3141	100
1.9718-1.9978	0.2755	123	0.2514	2972	3095	100
1.9978-2.0252	0.2862	165	0.2493	2938	3103	100
2.0252-2.0541	0.2803	166	0.232	2937	3103	100
2.0541-2.0848	0.2758	157	0.2316	2939	3096	100
2.0848-2.1173	0.2404	127	0.2134	3002	3129	100
2.1173-2.152	0.2507	151	0.2154	2930	3081	100
2.152-2.1891	0.2353	148	0.2074	3000	3148	100
2.1891-2.229	0.268	155	0.2109	2949	3104	100
2.229-2.2718	0.2497	157	0.2118	2952	3109	100
2.2718-2.3182	0.2244	172	0.2064	2930	3102	100
2.3182-2.3686	0.256	163	0.2033	2969	3132	100
2.3686-2.4237	0.2454	146	0.2071	2960	3106	100
2.4237-2.4843	0.267	136	0.2041	2990	3126	100
2.4843-2.5515	0.2559	155	0.1938	2968	3123	100
2.5515-2.6265	0.2428	150	0.206	3001	3151	100
2.6265-2.7113	0.242	167	0.2072	3001	3168	100
2.7113-2.8082	0.2486	168	0.2114	2937	3105	100
2.8082-2.9206	0.2527	147	0.2022	3010	3157	100
2.9206-3.0535	0.2253	150	0.1879	2976	3126	100
3.0535-3.2145	0.2331	193	0.1874	2963	3156	100
3.2145-3.4158	0.2321	155	0.1941	2989	3144	100
3.4158-3.6794	0.2123	161	0.1834	3027	3188	100
3.6794-4.0495	0.2046	178	0.1633	3005	3183	100
4.0495-4.635	0.1813	158	0.1483	3002	3160	99
4.635-5.8378	0.1701	164	0.1649	3072	3236	99
5.8378-46.0315	0.1941	167	0.1788	3168	3335	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0259	-0.8913	0.7794	4.5271	1.6217	2.0343	-0.0775	-0.0585	0.3223	0.2836	0.0605	0.4874	-0.5832	-0.0124	0.0321	0.384	0.0068	0.0183	0.2924	0.0361	0.2985	92.4568	50.1265	11.4297
2	2.9423	1.2917	2.7351	9.1132	2.2929	7.4173	0.0077	-0.0607	0.1771	0.4552	-0.0117	0.6244	-0.0163	-0.3037	-0.0041	0.2231	0.0136	0.0923	0.2152	0.0182	0.2042	96.0293	47.553	11.0579
3	1.6565	-0.2085	-0.4486	7.6724	2.4513	5.6487	0.0319	-0.0914	0.3414	-0.244	-0.0418	0.0419	-0.3296	0.0862	0.0358	0.1686	-0.0074	-0.0024	0.1981	0.0119	0.1662	109.4115	50.9962	8.3347
4	0.3414	-0.6832	0.6124	4.5533	-3.6537	4.0291	-0.0007	-0.0372	0.0926	0.0611	-0.0793	0.0307	-0.0654	0.0884	0.0852	0.2211	-0.0018	0.0292	0.1662	0.01	0.1432	102.2812	46.3224	10.2201
5	2.9748	0.3452	-2.9821	2.0213	-0.7739	3.0828	-0.0234	-0.3756	-0.3082	1.196	0.1814	-0.4066	0.0614	0.2418	-0.1636	0.3096	0.0096	-0.0017	0.2315	0.0176	0.1514	107.2262	32.5283	30.5619
6	1.4089	1.0663	-0.886	4.0237	-2.3411	2.6372	-0.0223	-0.0083	-0.139	-0.1281	-0.1702	-0.1974	0.3174	0.2454	0.2349	0.2407	0.0223	0.0282	0.1648	0.0175	0.1276	115.6443	35.5978	15.012
7	3.4528	-0.6741	-4.2086	0.9811	-0.9921	9.0114	-0.6212	-0.1837	-0.9411	0.1568	-0.0817	-0.4126	1.2261	0.3411	0.5453	0.8864	-0.0344	0.1492	0.4813	-0.0243	0.5078	98.9282	24.4417	17.0481
8	4.8985	4.5615	-1.3897	9.8541	-7.8385	8.3177	-0.0586	0.0649	-0.3323	-0.0304	-0.0461	-0.1232	0.515	-0.0605	0.0943	0.1733	0.0201	0.0837	0.1423	0.0069	0.153	109.0006	36.7645	12.9823
9	0.4506	0.5745	0.0269	4.3219	-1.855	2.424	0.0155	-0.0059	0.0015	0.2372	-0.1075	-0.1424	-0.1081	0.2527	0.0573	0.1447	0.0204	0.0004	0.2152	0.0433	0.1498	124.3752	46.0701	17.9185
10	7.2077	1.6586	4.9677	2.8777	-0.1115	4.0896	0.7547	-0.5351	0.3882	1.8523	-0.7431	0.6127	-0.3246	-0.742	-0.0581	0.4766	0.0203	0.1206	0.3204	-0.0421	0.2592	120.7825	40.4785	32.8828
11	8.64	-1.8522	0.3589	9.4853	2.0567	8.9888	-0.0343	-0.4054	0.4746	1.1873	0.0322	-0.4147	-1.0196	0.5579	0.1246	0.5692	-0.0722	-0.0418	0.3576	0.0188	0.2706	128.1534	49.657	32.6388
12	0.8597	0.2607	0.4414	5.5193	-0.9123	5.2951	0.0153	0.1433	-0.0047	-0.2886	-0.038	-0.3142	0.3277	0.4654	-0.0154	0.2247	0.1146	0.0426	0.2702	0.0657	0.2462	127.8696	31.3834	21.5747
13	0.1429	0.3578	0.377	1.2582	0.563	1.4046	-0.0778	0.2612	-0.0421	-0.1246	0.1385	-0.6065	-0.1917	0.4109	0.0195	0.4723	-0.0021	0.0603	0.7717	0.4131	1.6523	162.1303	49.6554	-7.8444
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精密化 TLSグループ

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36	X-RAY DIFFRACTION	36	(chain C and resid 252:279)	C	252 - 280
37	X-RAY DIFFRACTION	37	(chain D and resid 8:21)	D	8 - 21
38	X-RAY DIFFRACTION	38	(chain D and resid 22:49)	D	22 - 49
39	X-RAY DIFFRACTION	39	(chain D and resid 50:76)	D	50 - 76
40	X-RAY DIFFRACTION	40	(chain D and resid 77:91)	D	77 - 91
41	X-RAY DIFFRACTION	41	(chain D and resid 92:103)	D	92 - 103
42	X-RAY DIFFRACTION	42	(chain D and resid 104:113)	D	104 - 113
43	X-RAY DIFFRACTION	43	(chain D and resid 114:147)	D	114 - 147
44	X-RAY DIFFRACTION	44	(chain D and resid 148:158)	D	148 - 158
45	X-RAY DIFFRACTION	45	(chain D and resid 159:217)	D	159 - 217
46	X-RAY DIFFRACTION	46	(chain D and resid 218:223)	D	218 - 223
47	X-RAY DIFFRACTION	47	(chain D and resid 224:239)	D	224 - 239
48	X-RAY DIFFRACTION	48	(chain D and resid 240:280)	D	240 - 280

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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