PDB-4wli: Stationary Phase Survival Protein YuiC from B.subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wli

タイトル

Stationary Phase Survival Protein YuiC from B.subtilis

要素

YuiC

キーワード

LYASE / lytic transglycosylase / peptidoglycan remodelling / stationary phase / MltA

機能・相同性

3D domain / 3D domain / RlpA-like domain superfamily / peptidoglycan turnover / outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / Uncharacterized protein YuiC

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Quay, D.H.X. / Cole, A.R. / Cryar, A. / Thalassinos, K. / Williams, M.A. / Bhakta, S. / Keep, N.H.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure of the stationary phase survival protein YuiC from B.subtilis.
著者: Quay, D.H. / Cole, A.R. / Cryar, A. / Thalassinos, K. / Williams, M.A. / Bhakta, S. / Keep, N.H.

履歴

登録	2014年10月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月21日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wli.cif.gz	73.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wli.ent.gz	54.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wli.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wli_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wli_full_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示
XML形式データ	4wli_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4wli_validation.cif.gz	12.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wli ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/4wli	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wjtSC 4wlkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wlk-d 6hnk-d 3ep1-d 6meb-d 3k6u-d 5wax-2 5u6g-1 4wjt-d 5xxr-d 2pjd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: YuiC

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YuiC

ヘテロ分子

A: YuiC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.010, 117.270, 61.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-438- HOH
2	1	A-476- HOH

#1: タンパク質	YuiC 分子量: 16245.218 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: yuiC, BSU32070 / プラスミド: pNic28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-2 / 参照: UniProt: O32108
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 128 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M ammonium chloride, 25 (v/v) glycerol ethoxylate, 0.1M HEPES pH7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→30.8 Å / Num. obs: 18150 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.745 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WJT

4wjt

解像度: 1.76→30.798 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2015	927	5.11 %
R_work	0.1622	-	-
obs	0.1642	18131	99.68 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.76→30.798 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1089	0	16	128	1233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	1161
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.495	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.586	434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	172
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7601-1.8529	0.2475	126	0.2008	2403	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8529-1.9689	0.2351	134	0.1894	2414	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9689-2.1209	0.2202	120	0.1623	2442	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1209-2.3343	0.1741	139	0.149	2424	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3343-2.6719	0.2144	126	0.1557	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6719-3.3656	0.1899	152	0.1686	2469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3656-30.8027	0.1973	130	0.1546	2583	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.904	-0.047	-0.1356	0.7235	-0.7122	1.3238	0.0586	0.1107	0.469	0.1215	-0.0516	0.0239	-0.0877	0.0601	0.0317	0.1611	-0.007	0.0158	0.1758	0.0193	0.1968	8.6462	26.2766	2.6285
2	0.5929	0.2642	0.5839	2.7514	0.9902	0.8141	0.0722	-0.1174	-0.1235	0.1995	-0.0405	0.0177	0.3382	0.0683	-0.075	0.2494	-0.0031	0.0217	0.1514	0.0032	0.1526	9.5249	6.2948	5.6423
3	1.09	-0.562	0.0603	1.2013	-0.3561	1.0438	0.019	0.0899	-0.0044	-0.1804	0.0079	0.1054	0.0784	-0.0915	0.0089	0.1348	-0.0109	-0.0001	0.138	0.0082	0.1265	7.0367	19.3228	-1.2621
4	1.1047	-0.0846	-1.788	2.2206	0.6505	3.0127	0.0722	-0.2064	0.0874	0.0225	-0.019	-0.0376	0.091	0.1887	-0.0483	0.1501	-0.0123	0.0012	0.2134	0.0047	0.1502	3.9118	18.7285	12.4314
5	0.5494	1.0319	-0.2078	1.9407	-0.3179	2.7156	-0.1432	-0.0682	0.3006	-0.0303	0.1978	-0.1496	-0.0013	0.2605	-0.0522	0.1419	-0.0198	0.0123	0.1512	-0.0435	0.1747	-4.8494	28.7512	28.7186
6	1.3024	0.3017	-0.1986	2.542	1.2213	1.9063	-0.0944	-0.4111	-0.0878	0.4174	0.1827	0.3966	0.2472	-0.001	0.0034	0.25	0.0032	0.0639	0.2335	0.0217	0.1757	-15.2113	14.9162	38.5794
7	1.4835	-1.3141	0.6182	6.7847	-2.5675	0.984	-0.0096	-0.1153	-0.2191	0.0644	-0.0239	0.769	0.231	-0.2688	0.0449	0.1582	-0.0249	0.0505	0.1876	-0.0251	0.2547	-21.2812	11.6669	29.0655
8	2.7923	-0.7686	-0.5108	3.494	0.4185	3.904	-0.0272	0.6448	0.1155	-0.484	-0.2517	0.0879	-0.0998	-0.0451	0.1972	0.2377	0.0163	-0.0568	0.3182	-0.0206	0.2429	-22.2909	21.1266	20.043

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 73 through 102 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 103 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 159 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 160 through 175 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 176 through 185 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 186 through 193 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 194 through 201 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 202 through 214 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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