PDB-4wkg: The crystal structure of apo ArnA features an unexpected central ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wkg

タイトル

The crystal structure of apo ArnA features an unexpected central binding pocket and provides an explanation for enzymatic coop-erativity

要素

Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / ArnA /

multi-drug resistance (多剤耐性) / MDR /

polymyxin /

dehydrogenase (脱水素酵素) / transformylase /

cooperativity /

allosteric regulation (アロステリック効果)

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-4-deoxy-4-formamido-beta-L-arabinopyranose biosynthetic process /

UDP-glucuronic acid dehydrogenase activity /

UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase activity / UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating) /

UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase / UDP-D-xylose biosynthetic process /

UDP-glucuronate decarboxylase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process /

NAD+ binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Grimm, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of apo ArnA features an unexpected central binding pocket and provides an explanation for enzymatic cooperativity.
著者: Fischer, U. / Hertlein, S. / Grimm, C.

履歴

登録	2014年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年12月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月11日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wkg.cif.gz	2.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wkg.ent.gz	1.8 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wkg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/4wkg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1z7eS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6pih-d 1z7e-d 6p4o-d 2225 5fxi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1) #127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (1) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

B: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

C: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

D: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

E: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

F: Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA

ヘテロ分子

447 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.720, 112.820, 113.610
Angle α, β, γ (deg.)	81.92, 82.96, 83.80
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bifunctional polymyxin resistance protein ArnA / Polymyxin resistance protein PmrI 分子量: 74385.773 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 参照: UniProt: P77398, UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase, UDP-glucuronic acid dehydrogenase (UDP-4-keto-hexauronic acid decarboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-DTT / 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE / 1,4-DITHIOTHREITOL / L-DTT / ジチオトレイトール分子量: 154.251 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂S₂
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.98 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG8000, 0.2M Magnesium Acetate, 0.1M MOPS pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97661 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97661 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 138756 / Num. obs: 138756 / % possible obs: 97.45 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.04712 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 13948 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1z7e

1z7e

解像度: 2.7→48.157 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2323	6967	5.02 %
R_work	0.2054	-	-
obs	0.2067	138739	97.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.157 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	30190	0	24	9	30223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	30956
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.064	42062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.572	11236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	4665
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	5471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7306	0.3929	226	0.3669	4362	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7306-2.7628	0.369	236	0.3656	4407	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7628-2.7964	0.3807	222	0.3441	4371	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7964-2.8318	0.3648	248	0.3363	4310	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8318-2.8691	0.3865	252	0.3263	4359	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8691-2.9084	0.3698	219	0.3136	4431	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9084-2.9499	0.3372	241	0.31	4343	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9499-2.994	0.3287	214	0.299	4441	X-RAY DIFFRACTION	98
2.994-3.0407	0.3452	238	0.2988	4430	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0407-3.0906	0.3048	222	0.2891	4358	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0906-3.1439	0.301	251	0.2877	4465	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1439-3.201	0.3211	233	0.2856	4319	X-RAY DIFFRACTION	97
3.201-3.2626	0.293	240	0.2692	4430	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2626-3.3292	0.2906	239	0.25	4442	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3292-3.4015	0.2869	227	0.248	4416	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4015-3.4806	0.2852	238	0.2385	4376	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4806-3.5677	0.2742	229	0.2274	4402	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5677-3.6641	0.2453	233	0.2188	4386	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6641-3.7719	0.2437	229	0.2128	4404	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7719-3.8936	0.2332	244	0.2036	4420	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8936-4.0327	0.2313	243	0.2002	4403	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0327-4.194	0.225	250	0.1866	4414	X-RAY DIFFRACTION	98
4.194-4.3848	0.1849	248	0.1685	4342	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3848-4.6158	0.18	205	0.1642	4413	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6158-4.9047	0.1917	230	0.1573	4411	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9047-5.283	0.1978	208	0.1659	4418	X-RAY DIFFRACTION	98
5.283-5.8138	0.22	230	0.1849	4411	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8138-6.6532	0.2067	237	0.196	4410	X-RAY DIFFRACTION	97
6.6532-8.3752	0.1966	213	0.1723	4318	X-RAY DIFFRACTION	96
8.3752-48.1648	0.1599	222	0.1572	4360	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3538	-0.5241	0.5003	1.3003	0.3346	1.8247	0.0862	-0.4154	0.4598	0.1623	-0.0017	-0.1978	-0.533	-0.1146	-0.0665	0.7617	-0.1004	0.1224	0.314	-0.0915	0.3763	11.9949	10.8729	104.9911
2	0.6682	-0.0409	-0.1242	1.4254	-0.2765	0.2979	-0.0196	-0.1735	0.3231	0.4161	0.0284	-0.0536	-0.4532	-0.0197	0.0045	0.6432	-0.009	-0.0067	0.2257	-0.0722	0.3607	20.8781	44.3457	75.1708
3	1.6196	0.388	0.1159	0.8341	0.1794	0.876	-0.2116	-0.6122	-0.3474	0.3129	0.1173	-0.2031	0.5767	0.7538	-0.0997	0.2962	0.4665	-0.0943	1.4657	0.0835	0.3938	77.8598	1.9398	25.6725
4	0.5771	0.3249	-0.3646	0.6488	-0.2467	1.4237	-0.0106	-0.0881	-0.0791	0.3277	-0.0866	-0.3076	-0.0053	0.5681	0.1115	0.2729	-0.0311	-0.0873	0.5185	-0.0382	0.3714	54.6437	15.5652	60.694
5	1.2814	0.3103	0.0199	1.2111	0.1656	7.4154	-0.0282	-0.0403	-0.1152	0.1208	0.2066	0.0089	0.2699	0.5704	-0.1914	0.4675	0.1438	-0.0549	0.3645	0.0601	0.4309	10.4665	83.8143	29.5126
6	1.5165	-0.5923	-0.3423	0.3463	0.4774	1.2905	0.0651	0.2856	0.4445	-0.0297	0.0907	-0.1776	-0.5228	0.2645	-0.173	0.5009	-0.1352	0.0324	0.3689	0.136	0.5256	44.147	52.6193	33.7104
7	2.2296	0.4003	0.2953	1.4372	-0.2624	2.7432	-0.1621	-0.4009	-0.0647	0.1684	-0.129	1.1296	0.7024	-1.7305	0.2803	0.68	-0.1866	0.1098	1.1496	0.0243	1.1829	-19.6276	70.0497	42.2368
8	0.6802	0.4243	0.4057	1.6042	-0.0265	1.5781	0.0407	0.0476	-0.0029	0.1568	0.0821	0.3299	-0.1028	-0.6459	-0.1572	0.201	0.0831	0.0262	0.4786	0.0173	0.3667	-6.5797	24.7035	53.1608
9	2.5109	-0.2086	-0.0219	1.1318	0.0393	1.1	0.1018	0.1831	-0.502	-0.0519	0.0181	-0.2143	0.3892	0.0264	-0.1197	0.7437	-0.0522	-0.0311	0.2242	-0.0519	0.4694	20.1844	-18.7511	87.9063
10	1.0499	-0.3472	-0.0318	0.6737	0.1124	1.7835	-0.0432	0.2304	-0.4468	-0.0323	-0.0079	0.0663	0.5534	0.0419	0.0702	0.4002	-0.0458	0.03	0.2271	-0.084	0.363	26.5179	-7.5459	43.7211
11	1.6069	0.922	0.0524	1.9085	0.0403	1.2699	-0.5028	0.2426	0.1985	-0.6704	0.3025	0.2262	0.0295	0.3395	0.1757	0.5768	0.0013	-0.1731	0.7283	-0.0367	0.3371	60.5487	11.4034	-3.854
12	0.9731	-0.2635	0.0754	2.1006	-0.1976	0.4865	0.004	0.5192	0.0943	-0.7306	0.0414	0.4015	0.011	-0.1058	-0.0283	0.6068	-0.083	-0.092	0.7559	0.0677	0.3462	18.4051	29.4815	13.4899

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 281 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 282 through 656 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 281 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 282 through 656 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 1 through 281 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 282 through 656 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 1 through 281 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 282 through 655 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 1 through 281 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 282 through 656 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'F' and (resid 1 through 281 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 282 through 656 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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