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万見
- PDB-4wjg: Structure of T. brucei haptoglobin-hemoglobin receptor binding to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wjg
タイトルStructure of T. brucei haptoglobin-hemoglobin receptor binding to human haptoglobin-hemoglobin
要素
  • (Hemoglobin subunit ...ヘモグロビン) x 2
  • Haptoglobin-hemoglobin receptor
  • Haptoglobinハプトグロビン
  • Iron-regulated surface determinant protein H
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / Trypanosome / Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / 細胞壁 / cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin binding / immune system process ...negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / negative regulation of oxidoreductase activity / 細胞壁 / cellular oxidant detoxification / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin binding / immune system process / renal absorption / hemoglobin complex / antioxidant activity / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / acute-phase response / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / defense response / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / specific granule lumen / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / defense response to bacterium / iron ion binding / serine-type endopeptidase activity / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Ferritin - #80 / Iron-regulated surface determinant protein H / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 ...Ferritin - #80 / Iron-regulated surface determinant protein H / Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Complement Module, domain 1 / Complement Module; domain 1 / YSIRK type signal peptide / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Hemoglobin, pi / YSIRK Gram-positive signal peptide / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / フェリチン / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / グロビン / グロビン / Globin-like superfamily / リボン / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Haptoglobin-hemoglobin receptor / ハプトグロビン / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Iron-regulated surface determinant protein H
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stoedkilde, K. / Torvund-Jensen, M. / Moestrup, S.K. / Andersen, C.B.F.
資金援助 デンマーク, 4件
組織認可番号国
The Lundbeck Foundation デンマーク
The Novo Nordisk Foundation デンマーク
The European Research Council デンマーク
The Danish Council for Independent Research デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for trypanosomal haem acquisition and susceptibility to the host innate immune system.
著者: Stdkilde, K. / Torvund-Jensen, M. / Moestrup, S.K. / Andersen, C.B.
履歴
登録2014年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / entity_src_nat
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_nat.common_name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_nat.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Haptoglobin
D: Iron-regulated surface determinant protein H
E: Haptoglobin-hemoglobin receptor
F: Hemoglobin subunit alpha
G: Hemoglobin subunit beta
H: Haptoglobin
I: Iron-regulated surface determinant protein H
J: Haptoglobin-hemoglobin receptor
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
M: Haptoglobin
N: Iron-regulated surface determinant protein H
O: Haptoglobin-hemoglobin receptor
P: Hemoglobin subunit alpha
Q: Hemoglobin subunit beta
R: Haptoglobin
S: Iron-regulated surface determinant protein H
T: Haptoglobin-hemoglobin receptor
U: Hemoglobin subunit alpha
V: Hemoglobin subunit beta
W: Haptoglobin
X: Iron-regulated surface determinant protein H
Y: Haptoglobin-hemoglobin receptor
Z: Hemoglobin subunit alpha
1: Hemoglobin subunit beta
2: Haptoglobin
3: Iron-regulated surface determinant protein H
4: Haptoglobin-hemoglobin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)737,31787
ポリマ－720,20330
非ポリマー17,11457
水0
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Haptoglobin
D: Iron-regulated surface determinant protein H
E: Haptoglobin-hemoglobin receptor
F: Hemoglobin subunit alpha
G: Hemoglobin subunit beta
H: Haptoglobin
I: Iron-regulated surface determinant protein H
J: Haptoglobin-hemoglobin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,70429
ポリマ－240,06810
非ポリマー5,63719
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
K: Hemoglobin subunit alpha
L: Hemoglobin subunit beta
M: Haptoglobin
N: Iron-regulated surface determinant protein H
O: Haptoglobin-hemoglobin receptor
P: Hemoglobin subunit alpha
Q: Hemoglobin subunit beta
R: Haptoglobin
S: Iron-regulated surface determinant protein H
T: Haptoglobin-hemoglobin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,12930
ポリマ－240,06810
非ポリマー6,06120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
U: Hemoglobin subunit alpha
V: Hemoglobin subunit beta
W: Haptoglobin
X: Iron-regulated surface determinant protein H
Y: Haptoglobin-hemoglobin receptor
Z: Hemoglobin subunit alpha
1: Hemoglobin subunit beta
2: Haptoglobin
3: Iron-regulated surface determinant protein H
4: Haptoglobin-hemoglobin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,48328
ポリマ－240,06810
非ポリマー5,41618
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.230, 140.950, 267.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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Hemoglobin subunit ... , 2種, 12分子 AFKPUZBGLQV1

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit beta / / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

-
タンパク質 , 3種, 18分子 CHMRW2DINSX3EJOTY4

#3: タンパク質
Haptoglobin / ハプトグロビン / Zonulin


分子量: 35267.066 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00738
#4: タンパク質
Iron-regulated surface determinant protein H / Haptoglobin receptor A / Staphylococcus aureus surface protein I


分子量: 16877.578 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: First NEAT domain
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: isdH, harA, sasI, SA1552 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q99TD3
#5: タンパク質
Haptoglobin-hemoglobin receptor


分子量: 36848.648 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
遺伝子: HpHbR / プラスミド: pPICz alpha A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: I7BA80

-
糖 , 2種, 33分子

#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
遺伝子: HpHbR / プラスミド: pPICz alpha A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (ブルーストリパノソーマ)
遺伝子: HpHbR / プラスミド: pPICz alpha A / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 24分子

#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B


分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#8: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシド / 酸素


分子量: 31.999 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% Polyethylene glycol (PEG) 1500, 0.1M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→29 Å / Num. obs: 184077 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.44 / % possible all: 95.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1702)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→29 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 37.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2709 1750 0.96 %
Rwork0.2551 --
obs0.2553 182377 96.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数46650 0 1142 0 47792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01148930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55266526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.50717611
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0657487
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0078482
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.18370.4514980.407414029X-RAY DIFFRACTION97
3.1837-3.27730.35961940.375713830X-RAY DIFFRACTION97
3.2773-3.38290.40311000.340514050X-RAY DIFFRACTION97
3.3829-3.50360.31571350.315214025X-RAY DIFFRACTION97
3.5036-3.64360.32211590.296714066X-RAY DIFFRACTION97
3.6436-3.80910.2907970.278313977X-RAY DIFFRACTION96
3.8091-4.00950.27821960.265913685X-RAY DIFFRACTION95
4.0095-4.25990.2603970.24214118X-RAY DIFFRACTION97
4.2599-4.58770.2281980.223614132X-RAY DIFFRACTION97
4.5877-5.04720.24671920.220513943X-RAY DIFFRACTION96
5.0472-5.77250.26491000.23513967X-RAY DIFFRACTION96
5.7725-7.25380.24971970.232913884X-RAY DIFFRACTION96
7.2538-28.98410.1853870.182213511X-RAY DIFFRACTION91

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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