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万見
- PDB-4wif: Crystal structure of E47Q mutant cytidine deaminase from Mycobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wif
タイトルCrystal structure of E47Q mutant cytidine deaminase from Mycobacterium tuberculosis (MtCDA E47Q)
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / MtCDA E47Q / cytidine deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


uridine biosynthetic process / pyrimidine nucleobase salvage / cytidine deaminase / cytidine deamination / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytidine deaminase / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trivella, D.B. / Sanchez-Quitian, A.Z. / Basso, L.A. / Santos, D.S.
引用ジャーナル: Rsc Adv / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of E47Q mutant cytidine deaminase from Mycobacterium tuberculosis (MtCDA E47Q)
著者: Sanchez-Quitian, A.Z. / Rodrigues-Junior, V. / Rehm, J.G. / Eichler, P. / Trivella, D.B.B. / Bizarro, C.V. / Basso, L.A. / Santos, D.S.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年12月27日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3054
ポリマ－28,1742
非ポリマー1312
水5,044280
1
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子

A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6108
ポリマ－56,3494
非ポリマー2624
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-231 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.590, 77.840, 111.620
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

HOH

21A-314-

HOH

31B-304-

HOH

41B-347-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cytidine deaminase / CDD / Cytidine aminohydrolase / CDA


分子量: 14087.157 Da / 分子数: 2 / 変異: E47Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P9WPH2, UniProt: P9WPH3*PLUS, cytidine deaminase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES pH7.5; 4.3 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→111.78 Å / Num. all: 29558 / Num. obs: 29558 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rpim(I) all: 0.046 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.064 / Net I/av σ(I): 6.903 / Net I/σ(I): 8.2 / Num. measured all: 72446
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.69-1.782.40.4111.9903536940.3130.4112.279.7
1.78-1.892.40.2293.1930039050.1740.2293.488.2
1.89-2.022.30.1564.3863537490.1210.1564.891.4
2.02-2.182.30.1056.3819136400.0820.1056.894.3
2.18-2.392.20.0837.5774434450.0650.0838.396.6
2.39-2.672.40.0669.3761131770.050.06610.297.8
2.67-3.092.70.05411.1742027940.0380.05412.797.4
3.09-3.782.80.05410657223570.0370.05415.696.5
3.78-5.342.80.04212514918140.0280.04216.694.5
5.34-18.6652.80.0449.427899830.0290.04413.790

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化解像度: 1.8→18.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.2575 / WRfactor Rwork: 0.224 / FOM work R set: 0.7962 / SU B: 2.774 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1404 / SU Rfree: 0.1333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 1321 5.1 %RANDOM
Rwork0.2136 24787 --
obs0.2154 28844 97.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.19 Å2 / Biso mean: 16.317 Å2 / Biso min: 7.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.03 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→18.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1762 0 2 280 2044
Biso mean--12.02 30.09 -
残基数----243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191830
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2221.9662495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.76534009
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0115252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.96822.85770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.34715266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9541515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02430
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 83 -
Rwork0.23 1688 -
all-1771 -
obs--92.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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