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- PDB-4wic: Immediate-early 1 protein (IE1) of rhesus macaque cytomegalovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wic
タイトルImmediate-early 1 protein (IE1) of rhesus macaque cytomegalovirus
要素RhUL123
キーワードVIRAL PROTEIN / Cytomegalovirus / antagonist / all-alpha
機能・相同性Cytomegalovirus IE1/IE2 / Cytomegalovirus IE1 protein / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / DNA-templated viral transcription / host cell nucleus / RhUL123
機能・相同性情報
生物種Macacine herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Klingl, S. / Scherer, M. / Sevvana, M. / Muller, Y.A. / Stamminger, T.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB796 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Controlled crystal dehydration triggers a space-group switch and shapes the tertiary structure of cytomegalovirus immediate-early 1 (IE1) protein.
著者: Klingl, S. / Scherer, M. / Stamminger, T. / Muller, Y.A.
履歴
登録2014年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RhUL123
B: RhUL123
C: RhUL123
D: RhUL123


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,5824
ポリマ－168,5824
非ポリマー00
水00
1
A: RhUL123
B: RhUL123


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2912
ポリマ－84,2912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area35880 Å2
手法PISA
2
C: RhUL123
D: RhUL123


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,2912
ポリマ－84,2912
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4920 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area36010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.950, 278.550, 61.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
RhUL123


分子量: 42145.477 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Macacine herpesvirus 3 (ヘルペスウイルス)
プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2FAE9

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir 700 microL: 15 % (w/v) PEG 3350, 400 mM magnesium formate Drop ratio: 1 to 2 microL protein solution (20 mg/mL) plus 1 microL of reservoir solution supplemented with microseeds

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184, 1.0402, 1.0372, 1.0346, 0.9797
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年9月16日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
21.04021
31.03721
41.03461
50.97971
反射解像度: 2.85→20 Å / Num. all: 45141 / Num. obs: 45137 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 70.08 Å2 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 1.7 % / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→19.935 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2594 2270 5.03 %
Rwork0.2117 --
obs0.2142 45129 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 75.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.935 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11177 0 0 0 11177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01111340
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.43815237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8444396
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611755
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071943
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8501-2.91190.40591290.32362714X-RAY DIFFRACTION100
2.9119-2.97940.38961360.31092630X-RAY DIFFRACTION100
2.9794-3.05360.34371620.28972698X-RAY DIFFRACTION100
3.0536-3.13590.32891250.29532638X-RAY DIFFRACTION100
3.1359-3.22780.35261650.28362697X-RAY DIFFRACTION100
3.2278-3.33150.35681470.26442628X-RAY DIFFRACTION100
3.3315-3.450.25821490.25022683X-RAY DIFFRACTION100
3.45-3.58740.30291270.24372712X-RAY DIFFRACTION100
3.5874-3.74960.30361490.23032622X-RAY DIFFRACTION100
3.7496-3.94590.27081200.21562720X-RAY DIFFRACTION100
3.9459-4.1910.27761340.20182709X-RAY DIFFRACTION100
4.191-4.51110.21951250.18562685X-RAY DIFFRACTION100
4.5111-4.95870.23391430.18592670X-RAY DIFFRACTION100
4.9587-5.66180.28971510.20692699X-RAY DIFFRACTION100
5.6618-7.07980.25881560.22922674X-RAY DIFFRACTION100
7.0798-19.93530.15531520.1382680X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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