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- PDB-3vwk: Ternary crystal structure of the human NKT TCR-CD1d-4'deoxy-alpha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3vwk
タイトルTernary crystal structure of the human NKT TCR-CD1d-4'deoxy-alpha-galactosylceramide complex
要素
  • (NKT15 T cell receptor ...) x 2
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1D / NKT T CELL RECEPTOR / ALPHA-GALACTOSYLCERAMIDE / PROTEIN RECEPTOR COMPLEX / CELL MEMBRANE / DISULFIDE BOND / ENDOSOME / GLYCOPROTEIN / HOST-VIRUS INTERACTION / IMMUNE RESPONSE / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / INNATE IMMUNITY / LYSOSOME / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / DISEASE MUTATION / GLYCATION / MHC I / PYRROLIDONE CARBOXYLIC ACID / SECRETED
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / cell adhesion molecule binding / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4GH / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.935 Å
データ登録者Wun, K.S. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Human and mouse type I natural killer T cell antigen receptors exhibit different fine specificities for CD1d-antigen complex
著者: Wun, K.S. / Ross, F. / Patel, O. / Besra, G.S. / Porcelli, S.A. / Richardson, S.K. / Keshipeddy, S. / Howell, A.R. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.
履歴
登録2012年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月17日Group: Structure summary
改定 1.22013年8月14日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
C: NKT15 T cell receptor alpha-chain
D: NKT15 T cell receptor beta-chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6268
ポリマ－95,3334
非ポリマー1,2934
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.270, 177.260, 83.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 32324.383 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-295 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pFastBac Dual / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P61769

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NKT15 T cell receptor ... , 2種, 2分子 CD

#3: タンパク質 NKT15 T cell receptor alpha-chain


分子量: 23227.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: タンパク質 NKT15 T cell receptor beta-chain


分子量: 28033.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)

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糖 , 1種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 22分子

#6: 化合物 ChemComp-4GH / N-{(2S,3R)-1-[(4-deoxy-alpha-D-xylo-hexopyranosyl)oxy]-3-hydroxyoctadecan-2-yl}hexacosanamide


分子量: 826.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H99NO7
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: 9% PEG 10000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M glycine, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→80 Å / Num. obs: 22894 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 64.7 Å2 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.9-3.067.72.432781100
9.17-806.728.5801199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3HUJ

3huj


解像度: 2.935→60.872 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1182 5.17 %RANDOM
Rwork0.1909 ---
all0.1939 22883 --
obs0.1939 22883 97.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.13 Å2 / Biso mean: 71.8605 Å2 / Biso min: 29.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.935→60.872 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5991 0 87 20 6098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056260
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9038534
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5632163
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031086
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9354-3.06890.28641240.2343229684
3.0689-3.23070.29031440.23092726100
3.2307-3.43310.27431610.21252725100
3.4331-3.69820.26611590.19252750100
3.6982-4.07030.25241580.18132734100
4.0703-4.65910.20561490.15122769100
4.6591-5.86920.22441350.16772799100
5.8692-60.88540.25881520.2141290299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.88340.80531.02433.77951.26554.44060.3272-0.103-0.31910.2888-0.09070.04320.80660.0748-0.21430.52-0.0421-0.14970.3969-0.01160.359417.9638-61.859646.3648
25.4029-0.2654-2.98421.7048-0.44855.8517-0.17380.4556-0.2442-0.19720.655-0.48191.64341.1146-0.46081.01480.2532-0.30050.9945-0.38840.763519.7945-78.495114.3868
32.81421.24952.8492.88711.04937.7353-0.05640.77820.0462-0.27020.09560.217-0.1710.6606-0.06760.41890.0718-0.10920.6653-0.11270.40712.1397-60.12418.6445
43.8739-0.7365-3.67283.2152.74928.07430.1592-0.4319-0.02080.2096-0.0346-0.03130.1976-0.1946-0.14010.26-0.0814-0.03010.49490.02670.36310.977-44.140876.8832
54.5203-0.0811-2.24036.0275-4.04437.25320.4503-0.27830.82971.1167-0.16571.0436-0.5513-0.5264-0.25650.7494-0.21310.27340.8565-0.37130.97045.997-17.222298.8426
64.7385-1.59970.25287.92653.02794.56580.244-0.04090.5940.2593-0.17960.2102-0.3659-0.1901-0.07940.3482-0.06410.14670.39550.00410.485624.9515-29.602965.544
72.17481.1479-0.41336.244-2.77974.45410.1457-0.66460.34820.517-0.1955-0.7562-0.19160.15190.10230.5293-0.09850.03550.872-0.51511.143422.5481-13.545192.0418
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 7:182)A7 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 183:277)A183 - 277
3X-RAY DIFFRACTION3(chain B and resid 2:97)B2 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 2:116)C2 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 117:204)C117 - 204
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 3:119)D3 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 120:246)D120 - 246

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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