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- PDB-4whh: A New Class of Peptidomimetics Targeting the Polo-box Domain of P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whh
タイトルA New Class of Peptidomimetics Targeting the Polo-box Domain of Polo-like kinase 1
要素
  • C6H5(CH2)8-DERIVATIZED PEPTIDE INHIBITOR
  • Serine/threonine-protein kinase PLK1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Polo-like kinase / inhibitor / peptide derivative / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Golgi inheritance / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / nuclear membrane disassembly / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly ...Mitotic Telophase/Cytokinesis / regulation of protein localization to cell cortex / Mitotic Metaphase/Anaphase Transition / Golgi inheritance / synaptonemal complex disassembly / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / homologous chromosome segregation / nuclear membrane disassembly / polo kinase / mitotic nuclear membrane disassembly / protein localization to nuclear envelope / Phosphorylation of Emi1 / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / synaptonemal complex / female meiosis chromosome segregation / regulation of protein binding / anaphase-promoting complex binding / Phosphorylation of the APC/C / outer kinetochore / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of mitotic spindle assembly / microtubule bundle formation / Polo-like kinase mediated events / mitotic chromosome condensation / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / sister chromatid cohesion / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / centrosome cycle / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / regulation of mitotic cell cycle phase transition / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / mitotic spindle pole / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / positive regulation of proteolysis / centriolar satellite / mitotic cytokinesis / spindle midzone / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / protein localization to chromatin / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / regulation of mitotic cell cycle / centriole / AURKA Activation by TPX2 / Condensation of Prophase Chromosomes / mitotic spindle organization / regulation of cytokinesis / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / RHO GTPases Activate Formins / protein destabilization / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / establishment of protein localization / kinetochore / spindle pole / positive regulation of protein localization to nucleus / spindle / Separation of Sister Chromatids / G2/M transition of mitotic cell cycle / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic cell cycle / midbody / microtubule binding / peptidyl-serine phosphorylation / regulation of cell cycle / protein kinase activity / protein ubiquitination / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / chromatin / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / magnesium ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site ...POLO box domain / Polo-like kinase 1, catalytic domain / Second polo-box domain / First polo-box domain / POLO box domain superfamily / POLO box duplicated region / POLO box domain / POLO box domain profile. / Arylsulfatase, C-terminal domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C6H5(CH2)8-derivatized peptide inhibitor / Serine/threonine-protein kinase PLK1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bang, J.K.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Korea Basic Science InstituteT34418 韓国
Rural Development AdministrationPJ009594 韓国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: A new class of peptidomimetics targeting the polo-box domain of polo-like kinase 1.
著者: Ahn, M. / Han, Y.H. / Park, J.E. / Kim, S. / Lee, W.C. / Lee, S.J. / Gunasekaran, P. / Cheong, C. / Shin, S.Y. / Kim, H.Y. / Ryu, E.K. / Murugan, R.N. / Kim, N.H. / Bang, J.K.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 2.02019年3月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_poly ...citation / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_poly.type ..._citation.journal_id_CSD / _entity_poly.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PLK1
B: C6H5(CH2)8-DERIVATIZED PEPTIDE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2924
ポリマ－28,1002
非ポリマー1922
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.927, 58.300, 66.753
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PLK1 / Polo-like kinase 1 / PLK-1 / Serine/threonine-protein kinase 13 / STPK13


分子量: 27285.158 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 371-603 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLK1, PLK / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53350, polo kinase
#2: タンパク質・ペプチド C6H5(CH2)8-DERIVATIZED PEPTIDE INHIBITOR


タイプ: Polypeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: C6H5(CH2)8-derivatized peptide inhibitor
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 18067 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 2.722 / Net I/av σ(I): 53.909 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 208591
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.9311.70.4349142.883100
1.93-1.9711.70.3549192.91100
1.97-2.0111.90.3128972.875100
2.01-2.0511.80.2158911.945100
2.05-2.0911.80.1999262.2100
2.09-2.1411.90.1998962.734100
2.14-2.1911.80.1669002.905100
2.19-2.2511.80.139322.435100
2.25-2.3211.80.1379132.88100
2.32-2.3911.90.1429143.323100
2.39-2.4811.80.1019062.355100
2.48-2.5811.80.0969252.452100
2.58-2.711.80.0929193.078100
2.7-2.8411.80.0699162.4100
2.84-3.0211.70.0599272.41399.7
3.02-3.2511.50.0579183.18798.5
3.25-3.5811.30.0449132.4597.2
3.58-4.0910.90.0448692.97991.9
4.09-5.1610.10.048053.04383.2
5.16-509.80.0438673.2183.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
ADSC2.5.6データ収集
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RQ7

3rq7


解像度: 1.9→43.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / WRfactor Rfree: 0.2358 / WRfactor Rwork: 0.1901 / FOM work R set: 0.8576 / SU B: 3.053 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1591 / SU Rfree: 0.1495 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.159 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 904 5 %RANDOM
Rwork0.1907 17119 --
obs0.1928 18067 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 101.64 Å2 / Biso mean: 32.986 Å2 / Biso min: 15.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.37 Å20 Å20 Å2
2---0.97 Å20 Å2
3---2.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→43.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 11 47 1812
Biso mean--49.55 34.27 -
残基数----213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191800
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9891.9952432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.363.0083892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0765209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.93923.37580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.64415310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4531512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021968
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9292.934848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.932.935847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1014.3841053
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 66 -
Rwork0.201 1207 -
all-1273 -
obs--95.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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