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万見
- PDB-4whc: Human CEACAM6 N-domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4whc
タイトルHuman CEACAM6 N-domain
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
キーワードPROTEIN BINDING / dimer / receptor / CEACAM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / Fibronectin matrix formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / azurophil granule membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of cell migration ...positive regulation of endothelial cell-matrix adhesion via fibronectin / Fibronectin matrix formation / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / azurophil granule membrane / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of anoikis / side of membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule CEACAM6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.705 Å
データ登録者Prive, G.G. / Kirouac, K.N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human CEACAM6 N-domain
著者: Prive, G.G. / Kirouac, K.N.
履歴
登録2014年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8923
ポリマ－23,8262
非ポリマー651
水1629
1
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9792
ポリマ－11,9131
非ポリマー651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9131
ポリマ－11,9131
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.912, 91.912, 60.359
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

ZN

21A-301-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 106 / Label seq-ID: 3 - 107

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 6 / Non-specific crossreacting antigen / Normal cross-reacting antigen


分子量: 11913.239 Da / 分子数: 2 / 断片: N-domain (UNP residues 34-141) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM6, NCA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40199
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 20% PEG 3000, 100 mM Imidazole pH 8.0, 200 mM ZnAc

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30.1 Å / Num. obs: 8009 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 35.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化解像度: 2.705→30.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 28.518 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.014 / ESU R Free: 0.308 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2266 803 10 %RANDOM
Rwork0.1882 7202 --
obs0.1922 8005 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.22 Å2 / Biso mean: 60.811 Å2 / Biso min: 46.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å2-0.03 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3---0.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.705→30.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 1 9 1686
Biso mean--70.03 82.34 -
残基数----215
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191712
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9512337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.91233667
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5735213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23325.36682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.64915266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.458156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2265
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211993
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8376.024858
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8356.025857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8699.0381069
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 6006 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.705→2.776 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 59 -
Rwork0.301 523 -
all-582 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.40991.1882-3.76094.9821-1.15067.2899-0.54350.2835-0.48230.07360.39620.26280.4325-0.57750.14730.17740.03780.00690.1462-0.05480.11178.54895.0736.657
24.15180.76060.29646.86720.78154.680.0646-0.14590.20630.21960.07560.01620.0778-0.0447-0.14020.3546-0.01830.08060.1421-0.14890.17781.67675.264-4.232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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