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- PDB-4wgk: Crystal structure of human neutral ceramidase with Zn-bound phosphate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wgk
タイトルCrystal structure of human neutral ceramidase with Zn-bound phosphate
要素Neutral ceramidase
キーワードHYDROLASE / ceramidase / amidase / zinc / phosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


sphingosine metabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / lipid digestion / ceramide catabolic process / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / ceramide biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 ...sphingosine metabolic process / ceramidase / N-acylsphingosine amidohydrolase activity / lipid digestion / ceramide catabolic process / ceramide metabolic process / sphingosine biosynthetic process / Glycosphingolipid catabolism / ceramide biosynthetic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / long-chain fatty acid biosynthetic process / cellular response to cytokine stimulus / negative regulation of apoptotic signaling pathway / regulation of mitotic cell cycle / caveola / Golgi membrane / apoptotic process / calcium ion binding / Golgi apparatus / mitochondrion / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, C-terminal domain / Neutral/alkaline nonlysosomal ceramidase / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, N-terminal / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, C-terminal / Neutral ceramidase, C-terminal domain superfamily / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, N-terminal / Neutral/alkaline non-lysosomal ceramidase, C-terminal / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PHOSPHATE ION / Neutral ceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.582 Å
データ登録者Airola, M.V. / Pulkoski-Gross, M.J. / Obeid, L.M. / Hannun, Y.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01CA172517 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM100679 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for Ceramide Recognition and Hydrolysis by Human Neutral Ceramidase.
著者: Airola, M.V. / Allen, W.J. / Pulkoski-Gross, M.J. / Obeid, L.M. / Rizzo, R.C. / Hannun, Y.A.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月15日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32015年8月19日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neutral ceramidase
B: Neutral ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,83223
ポリマ－151,9612
非ポリマー3,87021
水8,899494
1
A: Neutral ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,01910
ポリマ－75,9811
非ポリマー2,0389
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neutral ceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,81313
ポリマ－75,9811
非ポリマー1,83212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.480, 156.630, 80.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neutral ceramidase / NCDase / Acylsphingosine deacylase 2 / BCDase / LCDase / hCD / N-acylsphingosine amidohydrolase 2 / ...NCDase / Acylsphingosine deacylase 2 / BCDase / LCDase / hCD / N-acylsphingosine amidohydrolase 2 / Non-lysosomal ceramidase


分子量: 75980.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASAH2, HNAC1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NR71, ceramidase

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 7種, 507分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#9: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 494 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.48 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10% PEG 1000, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M citrate phosphate buffer, pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 193 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.582→68.65 Å / Num. all: 90770 / Num. obs: 49612 / % possible obs: 91.63 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08051 / Net I/σ(I): 7.47
反射 シェル解像度: 2.582→2.674 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.3726 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZWS

2zws


解像度: 2.582→68.65 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2227 1998 4.03 %Random selection
Rwork0.1784 ---
obs0.1801 49606 91.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.582→68.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10401 0 240 494 11135
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00310904
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69114816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3823935
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0311645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.582-2.64660.35561350.26383202X-RAY DIFFRACTION87
2.6466-2.71820.26921390.24773321X-RAY DIFFRACTION89
2.7182-2.79810.28531380.22893303X-RAY DIFFRACTION89
2.7981-2.88850.28531380.21553278X-RAY DIFFRACTION89
2.8885-2.99170.26521390.21473292X-RAY DIFFRACTION89
2.9917-3.11150.26411380.20213285X-RAY DIFFRACTION89
3.1115-3.25310.25531370.19253274X-RAY DIFFRACTION89
3.2531-3.42460.23761390.18583294X-RAY DIFFRACTION89
3.4246-3.63910.20451400.16723383X-RAY DIFFRACTION91
3.6391-3.92010.20591490.1483547X-RAY DIFFRACTION95
3.9201-4.31450.17551510.1433598X-RAY DIFFRACTION97
4.3145-4.93870.17471520.13773606X-RAY DIFFRACTION97
4.9387-6.22160.20511520.16823615X-RAY DIFFRACTION97
6.2216-68.67720.18711510.1793610X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2770.56750.38841.08990.17420.91530.1158-0.0938-0.28040.0563-0.0535-0.01430.08930.0078-0.00190.20120.0052-0.0170.21380.02290.2173-15.346-21.2227119.9639
20.9429-0.08580.31761.4776-0.42770.1690.2304-0.0661-0.3511-0.2484-0.0217-0.34740.41050.09660.06550.2689-0.0161-0.07420.20430.03150.2335-8.9041-23.9306115.5597
30.93360.3410.29420.5804-0.10010.5217-0.0006-0.08020.2812-0.00590.04670.0087-0.14850.0165-0.00220.20060.00250.0130.1326-0.00130.1877-16.5018-4.0362110.0413
41.68580.4417-0.17220.84420.2180.7757-0.03980.0845-0.2022-0.04470.0151-0.03080.02660.00840.01740.14630.003-0.01290.13240.01260.18-23.7831-19.2392101.9627
50.9173-0.0153-0.16090.514-0.01360.944-0.0494-0.0588-0.18770.01920.0520.09260.06160.1058-0.07590.192-0.02610.00470.2362-0.00760.278314.8687-13.0685120.6634
60.9922-0.08130.25980.70970.85992.12440.0898-0.007-0.06920.06230.0237-0.150.132-0.2556-0.01350.1611-0.02170.03470.1977-0.00670.16345.492-8.0275127.9063
70.950.4042-0.13220.36510.17151.2698-0.1033-0.1313-0.0738-0.13250.08770.21420.00720.0075-0.04190.1737-0.0291-0.04040.2388-0.01360.202711.7352-9.3918125.5564
81.1354-0.1320.41010.62540.08491.15740.08290.4601-0.0324-0.1202-0.03570.00950.09520.00980.02040.1964-0.00330.01670.2416-0.02490.164-13.713219.5727139.9398
90.76520.0103-0.14990.00470.10510.93320.08270.28750.21-0.27260.0238-0.0594-0.17280.2575-0.02260.23670.02560.02890.3574-0.00630.2469-7.128724.8314137.9753
100.8688-0.0895-0.19380.70820.0410.64460.0068-0.1309-0.02780.055-0.016-0.04980.0638-0.01480.0060.1559-0.00380.00050.14490.02070.1394-13.936925.6318159.0815
110.7602-0.3867-0.03250.6318-0.09260.7117-0.03720.22620.1757-0.12850.05540.0883-0.1007-0.0030.05370.1678-0.0064-0.00950.240.04280.2481-22.042940.1953145.5144
121.35830.32770.82921.20630.01710.7498-0.06860.34150.2222-0.10050.0092-0.0777-0.0384-0.00190.0090.16070.01840.01060.20950.05520.2092-23.149638.7801142.5335
131.06150.0417-0.14551.11420.02110.9928-0.02040.01740.0977-0.0833-0.016-0.19670.08650.1271-0.03830.1723-0.0413-0.05130.17830.00310.222815.961718.4154147.6344
141.43040.3575-0.15162.703-0.18091.06410.04370.0693-0.3163-0.17460.0347-0.02890.21570.044-0.05740.21070.0096-0.02870.1996-0.03760.25637.178510.1623150.6724
151.06510.29780.26091.18890.5010.2695-0.0685-0.1023-0.08130.05130.055-0.11630.20150.0183-0.05680.20410.0081-0.01360.17240.01010.198913.564612.4957150.8899
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 100 through 192 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 193 through 237 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 238 through 392 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 393 through 634 )
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7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 724 through 780 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 99 through 192 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 193 through 237 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 238 through 413 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 414 through 477 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 478 through 634 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 635 through 684 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 685 through 723 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 724 through 779 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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