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- PDB-4wgg: STRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF A ZINGIBER OFFICINALE DOUBLE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wgg
タイトルSTRUCTURE OF THE TERNARY COMPLEX OF A ZINGIBER OFFICINALE DOUBLE BOND REDUCTASE IN COMPLEX WITH NADP AND CONIFERYL ALDEHYDE
要素Double Bond Reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / TWISTED B-BARREL / CURCUMINOID REDUCTASE / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


2-alkenal reductase [NAD(P)+] activity / response to oxidative stress / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily ...Medium-chain dehydrogenase/reductase / Oxidoreductase, N-terminal domain / N-terminal domain of oxidoreductase / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2E)-3-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)prop-2-enal / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Zingiber officinale double bond reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Zingiber officinale (ショウガ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Collery, J. / Langlois d'Estaintot, B. / Buratto, J. / Granier, T. / Gallois, B. / Willis, M.A. / Sang, Y. / Flores-Sanchez, I.J. / Gang, D.R.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: STRUCTURE OF ZINGIBER OFFICINALE DOUBLE BOND REDUCTASE
著者: Buratto, J. / Langlois d'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B. / Willis, M.A. / Sang, Y. / Flores-Sanchez, I.J. / Gang, D.R.
履歴
登録2014年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_PDB_remark / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record
Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _database_PDB_remark.text
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Double Bond Reductase
B: Double Bond Reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4345
ポリマ－78,7692
非ポリマー1,6653
水5,981332
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area27860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.748, 77.889, 155.882
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit is a dimer. There are 2 biological units in the asymmetric unit (chains A & B and chains C & D

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要素

#1: タンパク質 Double Bond Reductase


分子量: 39384.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zingiber officinale (ショウガ) / プラスミド: pEXP5-CT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A096LNF0*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-CIY / (2E)-3-(4-hydroxy-3-methoxyphenyl)prop-2-enal / Coniferaldehyde / コニフェリルアルデヒド


分子量: 178.185 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 1500 25%, PCB 100 mM, NaN3 3mM / PH範囲: 4.5 - 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20.95 Å / Num. all: 28133 / Num. obs: 26690 / % possible obs: 94.54 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.0753 / Net I/σ(I): 11.23
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.409 / Mean I/σ(I) obs: 2.49 / % possible all: 92.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.339
最高解像度最低解像度
Rotation20.36 Å2.54 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NH4

4nh4


解像度: 2.4→20.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / WRfactor Rfree: 0.2448 / WRfactor Rwork: 0.1677 / FOM work R set: 0.8049 / SU R Cruickshank DPI: 0.6163 / SU Rfree: 0.3239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.616 / ESU R Free: 0.324 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2788 1422 5.1 %RANDOM
Rwork0.1897 26690 --
obs0.1942 26690 94.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 99.84 Å2 / Biso mean: 29.931 Å2 / Biso min: 8.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.68 Å2-0 Å20 Å2
2--0.77 Å2-0 Å2
3----1.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→20.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5361 0 109 332 5802
Biso mean--39.37 31.63 -
残基数----698
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.025628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9837646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8335698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90324.103234
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.19515892
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5931519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2838
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0214250
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 100 -
Rwork0.283 1858 -
all-1958 -
obs--90.73 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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