PDB-4wfv: Bovine allergen Bos d 2 in the monoclinic space group C2.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wfv

タイトル

Bovine allergen Bos d 2 in the monoclinic space group C2.

要素

Allergen Bos d 2

キーワード

ALLERGEN / lipocalin

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / small molecule binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Niemi, M.H. / Rouvinen, J.

資金援助

フィンランド, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Dimerization of lipocalin allergens.
著者: Niemi, M.H. / Rytkonen-Nissinen, M. / Miettinen, I. / Janis, J. / Virtanen, T. / Rouvinen, J.

履歴

登録	2014年9月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wfv.cif.gz	45.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wfv.ent.gz	30.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wfv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wfv_validation.pdf.gz	406.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wfv_full_validation.pdf.gz	406 KB	表示
XML形式データ	4wfv_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	4wfv_validation.cif.gz	10.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wfv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wfuC 1bj7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qxt-1 6y76-1 3drn-2 4iba-d 4ib8-d 6nkq-3 5lke-d 1beb-2 3gix-2 5x7y-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (4) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Allergen Bos d 2

17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	125.940, 36.590, 36.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.860, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Allergen Bos d 2 / Dander major allergen BDA20 / Dermal allergen BDA20 / Lipocalin allergen 分子量: 17867.984 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 17-172 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q28133
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4 / 詳細: 2.5 M 1,6-hexanediol, 0.1 M sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1.011 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 31792 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.02 Å² / R_merge(I) obs: 0.044 / R_sym value: 0.037 / Net I/σ(I): 22.3
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.368 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
Coot		モデル構築
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BJ7

1bj7

解像度: 1.4→25.603 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2135	1589	5 %	Random
R_work	0.1963	30200	-	-
obs	0.1971	31789	96.93 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 67.937 Å² / k_sol: 0.476 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 55.47 Å² / B_iso mean: 14.0511 Å² / B_iso min: 4.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2393 Å²	-0 Å²	1.2922 Å²
2-	-	0.6536 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.5858 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.4→25.603 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1229	0	0	67	1296
B_iso mean	-	-	-	20.43	-
残基数	-	-	-	-	153

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1276
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.081	1732
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	192
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	228
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.712	495

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.4-1.4452	0.3526	120	0.2854	2273	2393	82
1.4452-1.4968	0.2851	140	0.2533	2667	2807	95
1.4968-1.5568	0.2084	147	0.2148	2789	2936	99
1.5568-1.6276	0.2334	147	0.1915	2802	2949	100
1.6276-1.7134	0.2183	148	0.1899	2802	2950	99
1.7134-1.8207	0.1992	149	0.1762	2832	2981	99
1.8207-1.9612	0.2071	145	0.1817	2767	2912	99
1.9612-2.1585	0.1828	148	0.1755	2810	2958	98
2.1585-2.4706	0.1902	147	0.1745	2793	2940	98
2.4706-3.1119	0.2286	148	0.1959	2813	2961	99
3.1119-25.6076	0.2095	150	0.2087	2852	3002	97

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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