PDB-4wf4: Crystal structure of E.Coli DsbA co-crystallised in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wf4

タイトル

Crystal structure of E.Coli DsbA co-crystallised in complex with compound 4

要素

Thiol:disulfide interchange protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / DISULFIDE OXIDOREDUCTASE / REDOX PROTEIN / DSBA / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

disulfide oxidoreductase activity / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli BL21 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. ...

資金援助

オーストラリア, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Application of Fragment-Based Screening to the Design of Inhibitors of Escherichia coli DsbA.
著者: Adams, L.A. / Sharma, P. / Mohanty, B. / Ilyichova, O.V. / Mulcair, M.D. / Williams, M.L. / Gleeson, E.C. / Totsika, M. / Doak, B.C. / Caria, S. / Rimmer, K. / Horne, J. / Shouldice, S.R. / ...

履歴

登録	2014年9月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年10月23日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.4	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wf4.cif.gz	169.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wf4.ent.gz	133.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wf4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wf/4wf4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wetC 4weyC 4wf5C 1fvkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5qml-d 5qo1-d 5qo0-d 5qkp-d 5qmg-d 5ql5-d 5qny-d 5qmz-d 5qkj-d 5qnr-d 5qn9-d 5qlb-d 6poi-d 5qkh-d 5qmq-d 5ql6-d 5qm5-d 5ql0-d 5qmd-d 5qnw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (2) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Thiol:disulfide interchange protein

B: Thiol:disulfide interchange protein

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.183, 47.196, 62.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Thiol:disulfide interchange protein 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 属: dsbA 参照: UniProt: C5WBA2, UniProt: A0A0H2UL03*PLUS, protein-disulfide reductase (glutathione)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-WF4 / 4-methyl-2-[4-(trifluoromethyl)phenyl]-1,3-thiazole-5-carboxylic acid 分子量: 287.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₈F₃NO₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 451 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 100-200 mM KBr, 28-33% PEG 2000 MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: DOUBLE SI WITH SAGITTALY BENT SECOND CRYSTAL プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→46.53 Å / Num. obs: 39824 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.383 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
Coot		モデル構築
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
SCALA		データ削減
MOSFLM		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVK

1fvk

解像度: 1.7→36.617 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.2 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2039	2001	5.03 %	Random selection
R_work	0.1773	-	-	-
obs	0.1787	39815	99.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2881	0	23	451	3355

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3033
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.792	4128
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.363	1072
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	453
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	542

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7425	0.2926	136	0.2288	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7425-1.7896	0.2629	150	0.2238	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7896-1.8423	0.3014	154	0.2343	2684	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8423-1.9017	0.3105	126	0.2238	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9017-1.9697	0.2632	143	0.2039	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9697-2.0486	0.2483	124	0.1976	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0486-2.1418	0.2099	142	0.1865	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.2547	0.2406	160	0.1815	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2547-2.3959	0.2017	141	0.1806	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3959-2.5809	0.1924	138	0.1813	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5809-2.8405	0.1829	135	0.189	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8405-3.2513	0.2496	155	0.184	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2513-4.0955	0.172	145	0.1513	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0955-36.6252	0.1421	152	0.1474	2777	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7276	0.0357	-0.0858	3.4179	0.0209	0.637	0.092	-0.1688	-0.153	-0.0256	-0.0455	-0.202	0.0975	0.0995	-0.0332	0.19	-0.0672	-0.0039	0.2005	0.0053	0.1327	7.5846	-0.0237	13.0619
2	1.4543	0.1567	-0.6814	7.8746	0.3934	4.8639	0.1372	-0.2251	-0.3876	-0.0573	-0.2729	0.0429	0.0539	0.076	0.1174	0.141	-0.0881	0.0323	0.1984	-0.0269	0.2064	10.8001	7.2706	12.1358
3	2.8697	0.3322	0.2749	1.7545	-0.1859	2.0174	-0.0402	-0.2716	0.3257	0.0288	-0.0139	-0.0681	-0.1075	0	0.0644	0.1328	-0.0616	0.0054	0.1737	-0.051	0.1598	10.0636	20.3174	21.1888
4	4.4096	3.27	2.3244	4.6521	2.3151	1.3825	-0.2981	0.4563	0.0598	-0.6622	0.4076	-0.2962	-0.5065	0.5165	-0.1035	0.2506	-0.1183	0.0602	0.3247	0.0133	0.1502	14.5892	16.4305	5.3572
5	2.9944	-0.7859	0.4907	4.474	-0.1954	2.1065	0.1624	-0.1551	-0.4852	0.2552	-0.0899	0.0216	0.32	-0.1476	-0.0306	0.2474	-0.1218	-0.0281	0.1867	0.0057	0.1819	6.6357	-5.0961	12.2485
6	1.7187	0.2482	-0.0144	4.2239	-0.8571	2.0528	-0.0009	0.06	0.2153	-0.247	0.0361	0.1589	-0.1488	-0.1605	-0.0246	0.1731	-0.049	-0.0166	0.1901	0.0111	0.163	-19.0231	20.4254	14.0923
7	2.9767	0.5145	-0.0334	1.9612	-0.1442	1.2793	-0.0565	-0.0007	0.0418	-0.1322	0.1058	0.1545	0.0287	-0.1922	-0.0345	0.1395	-0.0383	-0.0132	0.146	-0.0127	0.1092	-20.1051	11.9747	17.1275

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 50 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 128 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 129 through 144 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 145 through 188 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 188 )

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