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- PDB-4wer: Crystal structure of diacylglycerol kinase catalytic domain prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wer
タイトルCrystal structure of diacylglycerol kinase catalytic domain protein from Enterococcus faecalis V583
要素Diacylglycerol kinase catalytic domain protein
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Type IV effectors ortholog
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phospholipid biosynthetic process / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 ...Diacylglycerol/lipid kinase / YegS/DAGK, C-terminal domain / YegS C-terminal NAD kinase beta sandwich-like domain / Tumour Suppressor Smad4 - #40 / : / Diacylglycerol kinase, catalytic domain / Diacylglycerol kinase catalytic domain / DAG-kinase catalytic (DAGKc) domain profile. / Diacylglycerol kinase catalytic domain (presumed) / Probable inorganic polyphosphate/atp-NAD kinase; domain 1 / NAD kinase/diacylglycerol kinase-like domain superfamily / Inorganic polyphosphate/ATP-NAD kinase, N-terminal / Tumour Suppressor Smad4 / Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Diacylglycerol kinase catalytic domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chang, C. / Clancy, S. / Hatzos-Skintges, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of diacylglycerol kinase catalytic domain protein from Enterococcus faecalis V583
著者: Chang, C. / Clancy, S. / Hatzos-Skintges, C. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diacylglycerol kinase catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6693
ポリマ－33,2601
非ポリマー4092
水1,69394
1
A: Diacylglycerol kinase catalytic domain protein
ヘテロ分子

A: Diacylglycerol kinase catalytic domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3386
ポリマ－66,5192
非ポリマー8194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area24690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.271, 103.157, 44.478
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Diacylglycerol kinase catalytic domain protein / Diacylglycerol kinase catalytic subunit


分子量: 33259.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF_2644, I574_02965, OO5_00903 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q830X4
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 2.0M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月7日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 19556 / Num. obs: 19514 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 24.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Χ2: 0.877 / Net I/av σ(I): 26.059 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 136520
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.05-2.097.10.5349430.879100
2.09-2.127.10.4629810.739100
2.12-2.167.20.4149420.804100
2.16-2.217.20.3499650.835100
2.21-2.267.20.3469680.921100
2.26-2.317.20.289410.808100
2.31-2.377.20.2399630.854100
2.37-2.437.20.2099620.831100
2.43-2.57.10.1829650.794100
2.5-2.587.20.1599590.818100
2.58-2.687.10.139640.896100
2.68-2.787.10.1089860.84299.9
2.78-2.917.10.0929710.852100
2.91-3.0670.0779710.884100
3.06-3.2570.0599820.885100
3.25-3.5170.0529790.941100
3.51-3.866.80.0569901.1599.9
3.86-4.426.70.05210111.27399.9
4.42-5.566.50.0410220.878100
5.56-506.10.03210490.64596.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 2.05→44.478 Å / FOM work R set: 0.8442 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1911 9.99 %
Rwork0.1923 17218 -
obs0.1963 19129 97.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 117.99 Å2 / Biso mean: 35.51 Å2 / Biso min: 9.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→44.478 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2154 0 27 94 2275
Biso mean--43.3 36.16 -
残基数----285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9073231
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032374
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003422
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.517862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0485-2.09970.27061190.19811053117285
2.0997-2.15650.23131280.19581179130795
2.1565-2.220.25741330.19031209134298
2.22-2.29160.25021340.2011196133098
2.2916-2.37350.25921350.18891208134399
2.3735-2.46850.26241380.19721248138699
2.4685-2.58090.26951360.20771218135499
2.5809-2.71690.28871390.20341245138499
2.7169-2.88710.27351360.213612441380100
2.8871-3.110.25341390.210812541393100
3.11-3.42280.19521420.19612781420100
3.4228-3.91790.21641400.166112541394100
3.9179-4.93510.18451440.162212991443100
4.9351-44.48850.22961480.21191333148197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6745-1.3939-0.22032.8421.72243.34060.00630.3144-0.1792-0.15050.0448-0.0956-0.0450.4408-0.04040.1698-0.02170.0110.195-0.00920.187946.707528.540714.3312
22.33371.2191-0.76440.944-0.72050.5834-0.2278-0.0039-0.3801-0.14770.1732-0.7713-0.06130.14710.1440.2577-0.0370.04730.3026-0.09990.444560.843151.648427.8786
33.6090.97740.12973.82660.84872.9107-0.0238-0.1380.24560.24590.0234-0.5322-0.14240.5117-0.04840.1904-0.0592-0.05130.22610.0220.202650.291547.636537.4867
42.14250.4080.29452.56620.86122.49030.03360.09660.1535-0.0069-0.0727-0.0874-0.1010.07810.02310.1026-0.01280.01470.11070.04210.093843.118742.970632.0325
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 132 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 133 through 170 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 171 through 240 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 241 through 297 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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