PDB-4wen: Co-complex structure of the F4 fimbrial adhesin FaeG variant ac w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wen

タイトル

Co-complex structure of the F4 fimbrial adhesin FaeG variant ac with llama single domain antibody V2

要素

Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region
K88 fimbrial protein AC

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Complex / Adhesin / Llama single domain antibody / Nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus / immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / blood microparticle
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Moonens, K. / Van den Broeck, I. / Pardon, E. / De Kerpel, M. / Remaut, H. / De Greve, H.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: Vet. Res. / 年: 2015
タイトル: Structural insight in the inhibition of adherence of F4 fimbriae producing enterotoxigenic Escherichia coli by llama single domain antibodies.
著者: Moonens, K. / Van den Broeck, I. / Okello, E. / Pardon, E. / De Kerpel, M. / Remaut, H. / De Greve, H.

履歴

登録	2014年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wen.cif.gz	157.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wen.ent.gz	123.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wen.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wen_validation.pdf.gz	435.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wen_full_validation.pdf.gz	439.9 KB	表示
XML形式データ	4wen_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	4wen_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wen ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wen	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wemC 4weuC 3hlrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jri-d 1gjv-d 1nwk-d 5rzi-d 6tmz-d 2c81-d 6tn0-d 3m6g-3 4h6u-d 6sfa-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: K88 fimbrial protein AC

B: Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	145.833, 145.833, 37.875
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-316- HOH

#1: タンパク質	K88 fimbrial protein AC 分子量: 28993.223 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 20-263 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: faeG / プラスミド: pDEST14 / 詳細 (発現宿主): Gateway technology / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7XD53, UniProt: P14190*PLUS
#2: 抗体	Anti-F4+ETEC bacteria VHH variable region 分子量: 13754.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: R9VYW2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 100 mM Sodium Acetate pH 4.6, 200 mM ammonium sulfate, 25 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→47.74 Å / Num. obs: 36784 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 20.2 % / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.89→2 Å / 冗長度: 19.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HLR

3hlr

解像度: 1.89→47.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 9.867 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22599	1837	5 %	RANDOM
R_work	0.18819	-	-	-
obs	0.19016	34871	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.539 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.38 Å²	-0.69 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.89→47.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2749	0	0	105	2854

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.02	2799
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.106	1.946	3799
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.578	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.104	24.537	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.24	15	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.857	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.158	0.2	442
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2091
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.464	2.611	1494
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.463	3.887	1861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.374	2.881	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.153	22.575	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	108	-
R_work	0.36	2360	-
obs	-	-	92.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.044	2.5445	1.7751	3.206	1.1559	1.7872	-0.3347	0.4247	-0.1368	-0.4454	0.1934	-0.0545	-0.0157	-0.1779	0.1413	0.1795	-0.0753	0.0757	0.1304	-0.0701	0.0556	51.6249	-17.2931	7.0392
2	3.5349	1.748	-0.9951	5.3617	-0.9625	3.6253	0.1303	-0.362	-0.3232	0.2804	-0.1737	-0.7778	0.2563	0.0957	0.0434	0.1709	-0.0514	-0.0241	0.055	-0.0114	0.3172	51.0313	-37.96	23.3211

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 283
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	801 - 921

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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