PDB-4wec: Crystal structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacteri...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wec

タイトル

Crystal structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis

要素

Short chain dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / Mycobacerium smegmatis / Short chain dehydrogenase / reductase SDR / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Collaborative Crystallography

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a Short chain dehydrogenase from Mycobacterium smegmatis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2014年9月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月29日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wec.cif.gz	413.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wec.ent.gz	335.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wec.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wec ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/4wec	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1iy8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3gvc-2 6zzs-2 3pk0-2 3gvc-1 3tox-3 3rih-d 6gtu-1 2bgl-1 1yde-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MysmA.00391.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Short chain dehydrogenase

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: Short chain dehydrogenase

D: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

B: Short chain dehydrogenase

C: Short chain dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
120 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.900, 96.640, 81.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR 分子量: 29171.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2598, MSMEI_2536 / プラスミド: MysmA.00391.b.A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QVJ7

#1: タンパク質

Short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR

分子量: 29171.895 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2598, MSMEI_2536 / プラスミド: MysmA.00391.b.A1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QVJ7

-
非ポリマー , 5種, 1079分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: EmeraldBio JCSG+ screen E9: 1.6 M Magnesium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5; MysmA.00391.b.A1.PS00660 at 21.3mg/ml; cryo: 25% ethylene glycol; tray 236637e9, puck vsr8-15

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月18日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9774 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 147821 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 14.23 Å² / R_merge F obs: 0.108 / R_merge(I) obs: 0.051 / R_rim(I) all: 0.06 / Χ²: 0.986 / Net I/σ(I): 17.16 / Num. measured all: 546099

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.59		3.7	0.624	0.488	2.98	39679	11173	10777	0.571	96.5
1.59-1.63			0.536	0.414	3.5	38974	10931	10561	0.484	96.6
1.63-1.68			0.437	0.348	4.13	37961	10563	10233	0.406	96.9
1.68-1.73			0.393	0.309	4.59	37153	10265	9972	0.361	97.1
1.73-1.79			0.312	0.244	5.75	36107	9933	9663	0.285	97.3
1.79-1.85			0.23	0.183	7.55	35141	9663	9413	0.214	97.4
1.85-1.92			0.185	0.152	9.13	33826	9277	9060	0.177	97.7
1.92-2			0.14	0.118	11.4	32550	8945	8750	0.138	97.8
2-2.09			0.102	0.092	14.26	31500	8639	8450	0.107	97.8
2.09-2.19			0.076	0.071	17.79	29703	8158	7998	0.083	98
2.19-2.31			0.064	0.06	20.49	28417	7830	7676	0.07	98
2.31-2.45			0.052	0.052	23.26	26762	7392	7261	0.061	98.2
2.45-2.62			0.043	0.045	26.63	25063	6938	6832	0.052	98.5
2.62-2.83			0.034	0.037	30.63	23261	6491	6393	0.044	98.5
2.83-3.1			0.027	0.031	35.58	21271	5961	5883	0.037	98.7
3.1-3.47			0.023	0.028	40.25	18732	5412	5329	0.033	98.5
3.47-4			0.017	0.023	47.88	17385	4775	4734	0.026	99.1
4-4.9			0.015	0.02	51.55	14959	4048	4022	0.024	99.4
4.9-6.93			0.014	0.02	49.81	11695	3163	3146	0.023	99.5
	6.93		0.012	0.017	53.22	5960	1760	1668	0.02	94.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	3.15	精密化
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1iy8, modified with CCP4 program CHAINSAW

1iy8

解像度: 1.55→41.33 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1961	7429	5.03 %	Random
R_work	0.1652	140343	-	-
obs	0.1667	147772	97.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.84 Å² / B_iso mean: 23.5417 Å² / B_iso min: 8.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→41.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7408	0	206	1063	8677
B_iso mean	-	-	29.57	33.38	-
残基数	-	-	-	-	1023

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7873
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.07	10734
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1400
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.154	2821

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.5676	0.2652	236	0.2421	4698	4934	96
1.5676-1.5861	0.2785	220	0.2274	4570	4790	97
1.5861-1.6054	0.2494	237	0.2243	4663	4900	97
1.6054-1.6257	0.2878	229	0.219	4574	4803	97
1.6257-1.6471	0.239	223	0.22	4655	4878	97
1.6471-1.6697	0.2416	237	0.2037	4634	4871	97
1.6697-1.6935	0.2419	243	0.201	4631	4874	97
1.6935-1.7188	0.2324	284	0.1934	4589	4873	97
1.7188-1.7457	0.2322	261	0.1914	4604	4865	97
1.7457-1.7743	0.2135	223	0.1834	4689	4912	97
1.7743-1.8049	0.196	262	0.1804	4623	4885	97
1.8049-1.8377	0.2393	256	0.1817	4616	4872	98
1.8377-1.8731	0.2225	270	0.1755	4656	4926	98
1.8731-1.9113	0.1872	264	0.1721	4653	4917	98
1.9113-1.9528	0.2083	256	0.1742	4661	4917	98
1.9528-1.9983	0.2136	226	0.1676	4676	4902	98
1.9983-2.0482	0.2003	243	0.1696	4698	4941	98
2.0482-2.1036	0.1976	268	0.1638	4645	4913	98
2.1036-2.1655	0.2039	240	0.1573	4703	4943	98
2.1655-2.2354	0.1791	260	0.1569	4681	4941	98
2.2354-2.3153	0.1877	204	0.1582	4721	4925	98
2.3153-2.408	0.193	279	0.1621	4685	4964	98
2.408-2.5176	0.2028	232	0.1717	4726	4958	98
2.5176-2.6503	0.2159	262	0.16	4703	4965	98
2.6503-2.8163	0.1904	263	0.1633	4732	4995	99
2.8163-3.0337	0.1909	259	0.1662	4700	4959	99
3.0337-3.3389	0.1879	267	0.1565	4734	5001	99
3.3389-3.8217	0.1834	232	0.1511	4799	5031	99
3.8217-4.8138	0.1583	242	0.1347	4810	5052	99
4.8138-41.3443	0.1599	251	0.1514	4814	5065	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4079	0.5188	-0.587	1.4528	-0.1837	1.5293	-0.0094	-0.0212	-0.0103	0.0159	0.0529	0.1373	0.0329	-0.0338	-0.045	0.1453	-0.0148	0.0363	0.1017	0.0291	0.1053	-8.5989	-30.1595	37.9518
2	0.7813	-0.1572	-0.1445	1.5486	-0.1858	0.7658	0.0105	0.0603	0.0333	-0.071	0.0463	0.1158	-0.0017	-0.0699	-0.0628	0.1022	-0.0188	0.0135	0.1019	-0.0014	0.0856	-2.9894	-14.7708	29.9252
3	1.6017	-0.7698	-0.2421	0.3693	0.1198	0.0334	0.0067	0.4991	0.0838	-0.5949	-0.0562	1.0391	0.0408	-0.9037	0.315	0.3567	-0.0817	-0.1995	0.586	0.0532	0.4678	-17.2549	-24.8873	12.8424
4	0.4622	0.188	-0.1778	1.509	0.0326	1.5458	-0.0916	0.1526	-0.0176	-0.2661	0.1084	0.1778	-0.0048	-0.2298	-0.0072	0.1434	-0.0236	-0.0123	0.1318	-0.0016	0.1036	-1.4166	-25.9794	16.3127
5	1.591	-0.4515	-0.922	0.9348	0.518	1.3875	0.1435	0.061	0.2878	-0.2293	0.0235	-0.214	-0.2387	-0.0224	-0.1573	0.2369	0.0248	0.1023	0.1106	0.0045	0.1921	3.5941	15.2094	20.7744
6	0.9198	-0.3054	-0.5375	1.9365	0.0275	1.272	0.0881	-0.0404	0.0919	0.0534	0.0283	-0.1558	-0.0756	0.0529	-0.0902	0.1142	-0.0081	0.0217	0.0781	-0.0218	0.094	3.9134	-1.4832	26.4731
7	1.5641	-0.0389	0.1618	1.7744	-0.4222	0.8867	0.0752	-0.0994	0.0828	0.0545	0.0172	-0.3912	-0.1415	0.0401	-0.0871	0.1412	-0.003	0.0322	0.1171	-0.0429	0.1954	18.4687	-3.3967	21.0101
8	0.953	-0.6774	-0.3689	1.2839	0.1387	1.5423	-0.1256	0.0327	-0.1533	-0.1411	0.0524	-0.2626	0.2659	0.133	0.0873	0.2199	0.0076	0.0778	0.1072	-0.0211	0.221	17.5747	-47.0485	16.2905
9	1.0616	-0.2041	0.2444	2.1567	0.3009	0.7359	0.1026	0.2094	-0.0803	-0.4751	0.0622	0.0015	0.1971	-0.0155	-0.0071	0.3624	-0.0218	0.0327	0.1234	-0.0372	0.1946	14.129	-46.2941	5.2686
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11	2.4657	0.1743	-0.2577	2.5542	0.0996	1.4337	-0.0557	-0.2319	-0.1006	0.1044	0.0908	-0.4543	0.2093	0.2487	-0.0973	0.1253	0.0283	0.0028	0.1193	-0.0314	0.1808	18.2419	-31.7761	20.3237
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13	2.214	-0.0735	-0.9513	1.002	-0.2078	1.4609	0.0125	0.2345	0.094	-0.5386	-0.0599	-0.4622	-0.1731	-0.064	-0.1118	0.3004	-0.0319	0.2411	0.1687	0.0134	0.3729	29.2581	-1.6079	-3.7204
14	1.2221	0.4903	-0.2776	2.0413	-0.135	0.8609	-0.1367	0.132	-0.0325	-0.5784	0.0308	-0.3161	0.1539	-0.0342	0.0628	0.3288	-0.019	0.1325	0.1628	-0.0093	0.2698	25.3621	-19.9742	-1.1639
15	3.0976	1.7467	0.4445	3.244	0.2414	1.5364	-0.0679	0.1028	0.1943	-0.3684	0.0288	-0.003	0.1289	-0.1258	-0.0211	0.2185	-0.0025	0.0723	0.1366	-0.0036	0.1827	16.5228	-14.2081	4.5426
16	1.5617	0.2045	-0.0441	2.3245	0.2258	1.9193	-0.0516	0.16	0.0557	-0.4023	0.0533	-0.2515	0.0434	-0.1054	0.0061	0.1933	-0.0292	0.1004	0.125	-0.0082	0.1672	18.3779	-12.6459	4.4436
17	1.2841	-0.2024	-0.3662	1.5493	-0.3901	0.6273	0.0063	0.2469	-0.0011	-0.4694	0.0869	-0.0988	0.0334	-0.1492	-0.1077	0.2766	-0.0217	0.051	0.1724	-0.0095	0.124	8.1444	-7.1189	4.3458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 87 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 88 through 186 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 187 through 201 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 202 through 257 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 4 through 87 )	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 88 through 201 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 202 through 257 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 5 through 64 )	C
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 65 through 87 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 88 through 173 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 174 through 201 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 202 through 257 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 0 through 87 )	D
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 88 through 132 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 133 through 153 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 154 through 201 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 202 through 257 )	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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