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- PDB-4web: Structure of the core ectodomain of the hepatitis C virus envelop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4web
タイトルStructure of the core ectodomain of the hepatitis C virus envelope glycoprotein 2
要素
  • Mouse Fab Heavy Chain
  • Mouse Fab Light Chain
  • hepatitis C virus envelope glycoprotein 2
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / Hepatitis C virus / E2 / IgG-like fold / scavenger receptor class B type I (SR-BI) / CD81 / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMAMIDE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus subtype 2a (C型肝炎ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Khan, A.G. / Whidby, J. / Miller, M.T. / Scarborough, H. / Zatorski, A.V. / Cygan, A. / Price, A.A. / Yost, S.A. / Bohannon, C.D. / Jacob, J. ...Khan, A.G. / Whidby, J. / Miller, M.T. / Scarborough, H. / Zatorski, A.V. / Cygan, A. / Price, A.A. / Yost, S.A. / Bohannon, C.D. / Jacob, J. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structure of the core ectodomain of the hepatitis C virus envelope glycoprotein 2.
著者: Khan, A.G. / Whidby, J. / Miller, M.T. / Scarborough, H. / Zatorski, A.V. / Cygan, A. / Price, A.A. / Yost, S.A. / Bohannon, C.D. / Jacob, J. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年12月17日ID: 4NX3
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月23日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: diffrn_detector / entity ...diffrn_detector / entity / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description ..._diffrn_detector.detector / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.version
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / pdbx_struct_assembly ...atom_site / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: hepatitis C virus envelope glycoprotein 2
H: Mouse Fab Heavy Chain
L: Mouse Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,87811
ポリマ－102,1653
非ポリマー7138
水2,450136
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area24440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.960, 194.570, 37.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Mouse Fab Heavy Chain


分子量: 51340.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Lentivirus (ウイルス)
#3: 抗体 Mouse Fab Light Chain


分子量: 26553.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Lentivirus (ウイルス)

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 E

#1: タンパク質 hepatitis C virus envelope glycoprotein 2


分子量: 24270.604 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 456-655 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus subtype 2a (C型肝炎ウイルス)
発現宿主: Lentivirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QF35
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 142分子

#5: 化合物
ChemComp-ARF / FORMAMIDE / ホルムアミド


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3NO
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22% (w/v) PEG 3350, 0.5 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 15% dioxane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月13日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→24.69 Å / Num. all: 25892 / Num. obs: 24344 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 9.6

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1690 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→24.69 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 1999 8.21 %
Rwork0.1988 --
obs0.2038 24344 94.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→24.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4155 0 46 136 4337
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3585876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5931477
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046683
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007745
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.460.32891210.23351359X-RAY DIFFRACTION83
2.46-2.52650.28721300.23481447X-RAY DIFFRACTION86
2.5265-2.60080.30351320.22521465X-RAY DIFFRACTION89
2.6008-2.68470.31111360.22431523X-RAY DIFFRACTION91
2.6847-2.78060.30141330.23261493X-RAY DIFFRACTION91
2.7806-2.89180.32371410.22161565X-RAY DIFFRACTION93
2.8918-3.02330.30491420.22411596X-RAY DIFFRACTION96
3.0233-3.18260.30561470.21561639X-RAY DIFFRACTION97
3.1826-3.38170.28271460.22631627X-RAY DIFFRACTION97
3.3817-3.64240.27711480.19271657X-RAY DIFFRACTION98
3.6424-4.00820.25091490.19331678X-RAY DIFFRACTION99
4.0082-4.58640.25491540.1691712X-RAY DIFFRACTION99
4.5864-5.77150.19021540.17631740X-RAY DIFFRACTION100
5.7715-29.90860.22671660.19571844X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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