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- PDB-4we5: The crystal structure of hemagglutinin from A/Port Chalmers/1/197... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4we5
タイトルThe crystal structure of hemagglutinin from A/Port Chalmers/1/1973 influenza virus
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / Hemagglutinin / H3N2 / influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2015
タイトル: Structure and receptor binding preferences of recombinant human A(H3N2) virus hemagglutinins.
著者: Yang, H. / Carney, P.J. / Chang, J.C. / Guo, Z. / Villanueva, J.M. / Stevens, J.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / refine_hist / struct_conn / struct_keywords / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.pdbx_description / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_keywords.text
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0077
ポリマ－56,9672
非ポリマー2,0405
水6,918384
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,02021
ポリマ－170,9006
非ポリマー6,12015
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area38320 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area60480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.128, 153.128, 153.128
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-545-

HOH

21A-551-

HOH

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要素

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Hemagglutinin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 36129.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Port Chalmers/1/1973 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q1PUD9
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20837.133 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 346-519 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Port Chalmers/1/1973 H3N2 / 遺伝子: HA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q1PUD9

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糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 384分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 25% PEG 550MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 34697 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 27.3

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.2_1309) / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.1→30.031 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2307 1743 5.02 %
Rwork0.1818 --
obs0.1842 34697 99.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3866 0 134 384 4384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0415559
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6361514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004714
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1002-2.1620.29881600.25552662X-RAY DIFFRACTION98
2.162-2.23180.26021450.22532683X-RAY DIFFRACTION98
2.2318-2.31150.27841360.22332723X-RAY DIFFRACTION99
2.3115-2.4040.3191400.20712708X-RAY DIFFRACTION99
2.404-2.51340.29081530.21352738X-RAY DIFFRACTION100
2.5134-2.64580.2731400.20512764X-RAY DIFFRACTION100
2.6458-2.81140.28021300.20862721X-RAY DIFFRACTION100
2.8114-3.02830.26391570.19422770X-RAY DIFFRACTION100
3.0283-3.33270.23471410.19192763X-RAY DIFFRACTION100
3.3327-3.81420.22721390.17012767X-RAY DIFFRACTION100
3.8142-4.80230.16851610.14362776X-RAY DIFFRACTION100
4.8023-30.03390.21141410.17222879X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2120.11620.46360.42330.34980.53330.06460.3169-0.2299-0.02180.103-0.04080.12610.07830.00530.29550.00980.03060.2141-0.07940.2818-14.9093-34.3641-42.8768
21.4279-0.95710.67042.564-0.331.2692-0.149-0.06770.25170.18570.1279-0.3088-0.1535-0.0060.00580.2057-0.01190.0130.2167-0.0240.225813.82169.2959-15.0607
30.69250.27890.26731.07470.27590.3787-0.03-0.0604-0.02490.07520.0676-0.01030.0009-0.0142-00.21370.01480.01840.24220.01090.17662.7194-3.006-18.7738
40.20370.05490.07990.05080.01910.3069-0.29180.2709-1.0201-0.57340.3101-0.53740.62930.34080.00180.51060.00230.04970.4157-0.13730.6303-23.8353-46.6632-52.1743
50.3688-0.0890.26980.322-0.41350.4935-0.07520.0815-0.0398-0.2204-0.0557-0.0886-0.4910.02110.00010.482-0.0075-0.04670.3848-0.06950.3942-26.4376-35.1719-53.0355
60.1218-0.0536-0.0660.0590.0160.03540.13780.4111-0.4034-0.2374-0.38080.57880.5478-0.2187-0.00070.4614-0.0376-0.06460.4164-0.09750.4963-10.6085-10.0215-30.4528
7-0.20930.08970.150.35960.32920.83120.0405-0.0403-0.0753-0.003-0.0662-0.0550.0321-0.0823-0.00260.2110.01540.0090.2224-0.05130.207-20.3974-27.8114-30.3606
80.53250.049-0.05370.38510.06390.3962-0.1820.07030.1703-0.04240.0912-0.0833-0.1644-0.10690.00010.3837-0.0149-0.02080.3508-0.03090.3309-42.5809-47.7429-61.5577
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 195 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 196 through 324 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 22 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 23 through 55 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 56 through 65 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 66 through 132 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 133 through 172 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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