PDB-4wdh: Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodies...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4wdh

タイトル

Catalytic domain of mouse 2',3'-cyclic nucleotide 3'- phosphodiesterase, with mutation Y168A

要素

2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

キーワード

HYDROLASE / myelin / nervous system

機能・相同性

機能・相同性情報

cyclic nucleotide catabolic process / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase activity / myelin sheath adaxonal region / myelin sheath abaxonal region / cyclic nucleotide binding / regulation of mitochondrial membrane permeability / oligodendrocyte differentiation / pseudopodium / microvillus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Myllykoski, M. / Raasakka, A. / Kursula, P.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Determinants of ligand binding and catalytic activity in the myelin enzyme 2',3'-cyclic nucleotide 3'-phosphodiesterase.
著者: Raasakka, A. / Myllykoski, M. / Laulumaa, S. / Lehtimaki, M. / Hartlein, M. / Moulin, M. / Kursula, I. / Kursula, P.

履歴

登録	2014年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4wdh.cif.gz	139.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4wdh.ent.gz	110.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4wdh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4wdh_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4wdh_full_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示
XML形式データ	4wdh_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	4wdh_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/4wdh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/4wdh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4wbiC 4wblC 4wc9C 4wcaC 4wcbC 4wccC 4wdaC 4wdbC 4wddC 4wdeC 4wdfC 4wdgC 4wexC 4wfrC 5ae0C 2xmiS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3vnf-d 2ydc-d 4fyh-1 6dzx-2 1vh3-1 3p37-2 4wdg-d 1umw-2 3n26-d 2d04-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.310, 48.330, 54.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase / CNPase 分子量: 24201.830 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, residues 179-398 / 変異: Y168A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnp, Cnp1 / プラスミド: pTH27 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: P16330, 2',3'-cyclic-nucleotide 3'-phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Na-acetate, PEG 4000 / 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

PETRA III, EMBL c/o DESY

/ ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.223 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.223 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→60 Å / Num. obs: 14974 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.9 % / B_iso Wilson estimate: 23.65 Å² / R_merge F obs: 0.15 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 0.982 / Net I/σ(I): 9.49 / Num. measured all: 42879

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.95		1.8	1.306	0.722	1.27	1555	1175	850	0.927	72.3
1.95-2			0.975	0.58	1.69	2203	1171	1005	0.723	85.8
2-2.06			0.75	0.47	2.22	2346	1116	996	0.581	89.2
2.06-2.12			0.459	0.332	3.12	2295	1069	959	0.409	89.7
2.12-2.19			0.396	0.268	3.67	2396	1069	965	0.33	90.3
2.19-2.27			0.348	0.23	4.45	2378	1004	921	0.284	91.7
2.27-2.36			0.334	0.2	4.83	2432	997	925	0.247	92.8
2.36-2.45			0.279	0.174	5.59	2478	951	907	0.213	95.4
2.45-2.56			0.257	0.164	6.33	2504	904	874	0.2	96.7
2.56-2.69			0.211	0.13	7.88	2539	885	859	0.158	97.1
2.69-2.83			0.151	0.102	9.62	2543	836	820	0.123	98.1
2.83-3			0.114	0.089	11.65	2524	781	776	0.107	99.4
3-3.21			0.073	0.07	15.09	2531	739	738	0.083	99.9
3.21-3.47			0.045	0.055	19.86	2444	689	683	0.065	99.1
3.47-3.8			0.041	0.05	21.55	2283	633	630	0.059	99.5
3.8-4.25			0.038	0.051	23.74	2114	581	579	0.06	99.7
4.25-4.91			0.035	0.049	23.78	1843	518	516	0.057	99.6
4.91-6.01			0.032	0.043	23.38	1561	434	431	0.05	99.3
6.01-8.5			0.029	0.037	24.05	1225	342	340	0.043	99.4
	8.5		0.024	0.034	25.69	685	202	200	0.04	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2xmi

2xmi

解像度: 1.9→53.862 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 30.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2592	748	5 %
R_work	0.2168	14204	-
obs	0.2189	14952	93.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 156.25 Å² / B_iso mean: 43.8576 Å² / B_iso min: 13.57 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→53.862 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1658	0	9	153	1820
B_iso mean	-	-	44.14	37.43	-
残基数	-	-	-	-	213

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	1720
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.714	2318
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.027	250
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	297
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.376	645

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9003-2.047	0.378	130	0.3191	2460	2590	82
2.047-2.253	0.3205	144	0.2696	2743	2887	90
2.253-2.579	0.3072	153	0.2591	2895	3048	95
2.579-3.2492	0.2873	158	0.2335	3007	3165	99
3.2492-53.884	0.2008	163	0.1692	3099	3262	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8083	1.8273	1.5865	4.2251	1.4074	2.6027	0.0685	-0.2311	0.2259	-0.1732	-0.1192	0.2964	0.2928	-0.4201	0.1465	0.1913	-0.0131	-0.0144	0.1802	0.0067	0.165	35.1656	12.1564	20.3027
2	6.5148	-2.8546	2.2983	3.4403	2.1823	5.7021	-0.1911	0.2459	-1.3019	-0.5704	0.3742	1.0075	1.4481	-0.9832	0.5702	1.1709	-0.2958	-0.0519	0.3568	-0.117	0.4954	27.1043	-9.8913	8.0702
3	1.155	0.9547	-0.0052	3.0999	0.068	2.1645	-0.1742	-0.0724	0.0236	-0.0182	0.0329	-0.3479	0.0526	0.1009	0.1405	0.1524	0.0126	0.0139	0.1615	-0.0103	0.2297	46.7501	11.6495	24.7918
4	5.8402	5.7992	3.2487	6.5218	2.2611	5.5104	-0.421	0.1156	0.0592	-1.3624	0.2398	-0.4729	0.0532	0.052	0.2497	0.2915	-0.0195	0.056	0.1701	-0.0135	0.2309	39.4821	13.9501	11.8522
5	5.7642	4.4489	1.4085	3.3382	1.2267	1.903	-0.173	0.349	-0.4365	-0.2167	0.3464	-0.6286	-0.0414	0.356	-0.1345	0.2801	-0.0313	0.077	0.2605	-0.0277	0.2925	49.3064	9.2682	14.1847
6	2.7414	1.5695	-0.3784	2.8055	-0.4815	2.7819	-0.1202	0.1853	-0.4628	-0.7166	0.0265	-0.3198	0.2074	0.225	0.0012	0.4117	-0.0358	0.067	0.2245	-0.0609	0.2703	41.9751	2.6797	10.1561
7	2.1302	1.4014	0.7275	3.6066	1.8048	4.3617	-0.3434	0.3768	0.0453	-0.5393	0.2812	0.011	0.331	-0.0278	0.1291	0.3209	-0.0488	0.0657	0.2345	0.0094	0.2115	37.9962	9.3777	11.035

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 163 through 193 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 194 through 216 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 217 through 259 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 260 through 270 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 271 through 299 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 300 through 348 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 349 through 378 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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