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- PDB-4wco: Crystal structure of extracellular domain of human lectin-like tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wco
タイトルCrystal structure of extracellular domain of human lectin-like transcript 1 (LLT1), the ligand for natural killer receptor-P1A
要素C-type lectin domain family 2 member D
キーワードIMMUNE SYSTEM / receptor / ectodomain / immunology / lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / carbohydrate binding / cell surface receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / cell surface / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold ...: / Natural killer cell receptor-like, C-type lectin-like domain / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / C-type lectin domain family 2 member D
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Kita, S. / Matsubara, H. / Kasai, Y. / Tamaoki, T. / Okabe, Y. / Fukuhara, H. / Kamishikiryo, J. / Ose, T. / Kuroki, K. / Maenaka, K.
引用ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of extracellular domain of human lectin-like transcript 1 (LLT1), the ligand for natural killer receptor-P1A
著者: Kita, S. / Matsubara, H. / Kasai, Y. / Tamaoki, T. / Okabe, Y. / Fukuhara, H. / Kamishikiryo, J. / Krayukhina, E. / Uchiyama, S. / Ose, T. / Kuroki, K. / Maenaka, K.
履歴
登録2014年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 2 member D
B: C-type lectin domain family 2 member D
C: C-type lectin domain family 2 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,37914
ポリマ－42,6483
非ポリマー73111
水48627
1
A: C-type lectin domain family 2 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3403
ポリマ－14,2161
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-type lectin domain family 2 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5085
ポリマ－14,2161
非ポリマー2924
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: C-type lectin domain family 2 member D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5306
ポリマ－14,2161
非ポリマー3145
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.379, 84.658, 53.422
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 C-type lectin domain family 2 member D / Lectin-like NK cell receptor / Lectin-like transcript 1 / LLT-1 / Osteoclast inhibitory lectin


分子量: 14215.843 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 71-191 / 変異: H176C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLEC2D, CLAX, LLT1, OCIL / プラスミド: pET22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHP7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate, pH6.5, 0.2 M zinc acetate and 5% (w/v) PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→37.7 Å / Num. obs: 14128 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.46→2.55 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.87 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HUP

3hup


解像度: 2.46→37.65 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2572 708 5.01 %
Rwork0.2182 --
obs0.2202 14127 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→37.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2830 0 24 27 2881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032937
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7763954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4151040
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033377
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4583-2.64810.32521330.28492642X-RAY DIFFRACTION100
2.6481-2.91450.27261450.26222619X-RAY DIFFRACTION100
2.9145-3.3360.28021460.24292663X-RAY DIFFRACTION100
3.336-4.20210.24221360.1952681X-RAY DIFFRACTION100
4.2021-37.6540.23491480.19432814X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.40172.415-1.12928.23392.03563.59420.0774-0.2499-0.08210.8806-0.41430.5001-0.0347-0.35440.29260.292-0.03850.030.3136-0.05950.3464-34.866625.825326.2465
25.28514.2446-0.80335.0539-2.8513.06370.3255-0.13920.74390.39580.08741.3613-1.0337-0.2098-0.23470.5701-0.1030.26220.3678-0.20980.8157-33.875738.189831.2631
35.2522-1.5373-2.21387.64271.98311.7101-0.3573-0.1869-0.16711.02210.15320.05610.8031-0.0060.2520.4707-0.02990.01330.3187-0.03440.3071-26.043324.061428.2206
44.26970.08574.01271.86470.82284.16440.2176-0.35190.01990.4713-0.16920.0254-0.07470.0439-0.14610.5776-0.18430.05930.37660.03380.2891-20.122232.47133.9442
56.48611.0012.94936.59640.50683.01230.14780.37690.13310.5979-0.1787-0.0684-0.37270.557-0.02760.4269-0.12010.04830.39410.00720.2221-21.668735.393126.5997
61.92091.20370.93394.4866-0.0745.46420.03710.04690.09080.2550.05920.40350.0236-0.0537-0.0810.19740.00070.010.23490.00040.2997-35.478213.140813.4316
79.0439-4.2737-3.5873.7562.88758.6431-0.74521.2854-0.55690.0977-0.26991.1580.5323-1.03480.91190.5033-0.1511-0.12740.54560.03990.4632-42.29737.1942-1.2644
82.59290.0499-3.6042.09430.2026.80310.11140.73080.1814-0.4338-0.16710.202-0.3858-0.5945-0.01330.23210.0385-0.04510.34220.0140.3134-35.26713.67232.6177
92.6141-1.16650.65142.9706-1.48144.79630.07370.08670.04860.0254-0.1475-0.45210.11220.20820.10910.19170.01810.00520.21760.00020.3411-10.37862.6531-4.0281
103.6319-0.26131.19194.3526-1.53952.745-0.5148-0.11310.7665-0.2841-0.1512-0.3527-1.0508-0.46610.39490.31570.0366-0.01390.3571-0.02850.5031-18.545115.9364-8.0791
114.5415-0.66981.564.9074-2.0869.0013-0.13450.27880.2014-0.6833-0.1413-0.3580.4157-0.38240.22030.31070.03240.08860.2216-0.04450.3085-15.14674.9111-11.786
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 71 through 95 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 96 through 106 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 107 through 125 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 126 through 155 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 156 through 187 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 71 through 135 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 136 through 147 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 151 through 188 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 74 through 135 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 136 through 166 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 167 through 187 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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