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万見
- PDB-3zg4: NMR structure of the catalytic domain from E. faecium L,D- transp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3zg4
タイトルNMR structure of the catalytic domain from E. faecium L,D- transpeptidase
要素ERFK/YBIS/YCFS/YNHG
キーワードTRANSFERASE / TRANSPEPTIDATION / PEPTIDOGLYCAN BIOSYNTHESIS / ANTIBIOTIC RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Putative peptidoglycan binding domain / L,D-transpeptidase central domain-like superfamily / Putative peptidoglycan binding domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain ...Putative peptidoglycan binding domain / L,D-transpeptidase central domain-like superfamily / Putative peptidoglycan binding domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
手法溶液NMR / ARIA2.3
データ登録者Lecoq, L. / Dubee, V. / Triboulet, S. / Bougault, C. / Hugonnet, J.E. / Arthur, M. / Simorre, J.P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: The Structure of Enterococcus Faecium L,D---Transpeptidase Acylated by Ertapenem Provides Insight Into the Inactivation Mechanism.
著者: Lecoq, L. / Dubee, V. / Triboulet, S. / Bougault, C. / Hugonnet, J.E. / Arthur, M. / Simorre, J.P.
履歴
登録2012年12月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 2.02021年6月23日Group: Atomic model / Data collection / Other
カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status ...atom_site / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 2.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 2.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERFK/YBIS/YCFS/YNHG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5721
ポリマ－14,5721
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1700TOTAL ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 ERFK/YBIS/YCFS/YNHG / ERFK/YBIS/YCFS/YNHG FAMILY PROTEIN / LDTFM


分子量: 14572.148 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 340-465 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3Y185, EC: 2.3.2.12

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N-HSQC
1211H-13C-HSQC CENTERED ON ALIPHATICS
1311H-15N-HMQC DETECTING 2J
1413J COUPLINGS IN HISTIDINES IMIDAZOLE RING
1511H-15N-HSQC DETECTING 1J COUPLING IN HISTIDINES IMIDAZOLE RING
1613D-15N- NOESY-HSQC
171HNCO
1813D-13C- NOESY-HSQC CENTERED ON ALIPHATICS
1911H-13C-HSQC CENTERED ON AROMATICS
11013D- 13C-NOESY-HSQC CENTERED ON AROMATICS
NMR実験の詳細Text: THE 20 NMR STRUCTURES WERE DETERMINED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON A 13C, 15N-LABELED LDTFM SAMPLE. THESE STRUCTURES WERE REFINED IN WATER USING CNS1.2

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試料調製

詳細
Solution-ID内容
110% WATER/90% D2O
2100% D2O
試料状態イオン強度: 300 mM / pH: 6.4 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian Direct DriveVarianDirect Drive8001
Varian6002
Varian6003
Varian6004
Varian6005
Varian9506
Bruker8007

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNSBRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
UNIO10構造決定
TALOS構造決定
CcpNmr AnalysisANALYSIS構造決定
精密化手法: ARIA2.3 / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINEMENT IN WATER AFTER 8 ITERATIONS
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: TOTAL ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 1700 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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