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万見
- PDB-4wc3: Structure of tRNA-processing enzyme complex 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wc3
タイトルStructure of tRNA-processing enzyme complex 1
要素
  • Poly A polymerase
  • RNA 76-mer
キーワードTRANSFERASE/RNA / RNA Nucleotidyltransferase / CCA-adding enzyme / A-adding enzyme / TRANSFERASE-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP:3'-cytidine-cytidine-tRNA adenylyltransferase activity / RNA 3'-end processing / tRNA processing / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / tRNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
cca-adding enzyme, domain 2 / cca-adding enzyme, domain 2 / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain ...cca-adding enzyme, domain 2 / cca-adding enzyme, domain 2 / Poly A polymerase, head domain / Poly A polymerase head domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / A-adding tRNA nucleotidyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yamashita, S. / Tomita, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and Technology Agency (JST)LS135 日本
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Measurement of Acceptor-T Psi C Helix Length of tRNA for Terminal A76-Addition by A-Adding Enzyme.
著者: Yamashita, S. / Martinez, A. / Tomita, K.
履歴
登録2014年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月27日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly A polymerase
B: RNA 76-mer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,0352
ポリマ－71,0352
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area30850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.660, 110.300, 126.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Poly A polymerase / A-adding enzyme


分子量: 46550.711 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 443-824 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: pcnB1, aq_411 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66728
#2: RNA鎖 RNA 76-mer


分子量: 24484.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: tRNAphe from Thermotoga maritima / 由来: (合成) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) / 参照: GenBank: 12057205

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: isopropanol, potassium chloride, magnesium chloride, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 15234 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 110.22 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 0.995 / Net I/σ(I): 17.33 / Num. measured all: 215413
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
3.1-3.180.4063.1231.0714903109810683.24397.3
3.18-3.270.6621.7816052110510912.07298.7
3.27-3.360.8221.3782.5115464106110491.42798.9
3.36-3.470.8491.0633.3115218104710361.10198.9
3.47-3.580.9580.7135.04144809949840.73899
3.58-3.70.9550.5856.28141749729630.60699.1
3.7-3.840.9840.4148.49137429429360.42999.4
3.84-40.990.29611.27131619079000.30799.2
4-4.180.9960.20514.61128028848770.21299.2
4.18-4.380.9960.15318.91118598268220.15899.5
4.38-4.620.9980.11423.87113818098000.11898.9
4.62-4.90.9980.09128.78105297587550.09599.6
4.9-5.240.9990.08130.3898967187140.08499.4
5.24-5.660.9980.08630.1290076616580.0999.5
5.66-6.20.9980.0832.2682666226180.08399.4
6.2-6.930.9980.06538.1475245705680.06899.6
6.93-80.9990.04845.8763165035000.05199.4
8-9.810.03654.8953684454420.03899.3
9.8-13.860.9990.03459.3340443483340.03596
13.860.9990.03854.8412272141190.03955.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 3.1→19.841 Å / FOM work R set: 0.7161 / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2885 762 5.01 %
Rwork0.2406 14456 -
obs0.2429 15218 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 564.52 Å2 / Biso mean: 245.41 Å2 / Biso min: 61.7 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→19.841 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3046 1623 0 0 4669
残基数----443
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6216976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025842
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003593
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9362126
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1002-3.33860.36061470.33872800294798
3.3386-3.67260.35951520.28462869302199
3.6726-4.19970.2941510.24082870302199
4.1997-5.27460.25391520.23232895304799
5.2746-19.8410.28341600.22283022318299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.5421-2.5657-0.06683.72253.78333.7136-0.76940.0694-1.28753.1834-0.6162-0.53521.3905-0.4762-0.25561.6061-0.270.58180.6371-0.06491.32264.83138.046147.1573
22.9784-0.5248-0.40960.20120.01580.3656-1.5172-0.8689-0.87412.6652-0.36410.297-0.1560.03221.35166.6699-0.07730.34322.00320.05252.228567.1296157.3428177.2386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:381)A1 - 381
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resid 1:76)B1 - 76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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