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万見
- PDB-4wb2: Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wb2
タイトルCrystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a complement anaphylatoxin
要素
  • Complement C5
  • mixed L-RNA/L-DNA mirror-image aptamer NOX-D20 (40-MER)
キーワードDNA-RNA HYBRID / protein-RNA complex / mirror-image aptamer / G-quadruplex / complement anaphylatoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / complement activation, classical pathway / positive regulation of angiogenesis ...Terminal pathway of complement / Activation of C3 and C5 / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / membrane attack complex / G alpha (i) signalling events / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / complement activation, classical pathway / positive regulation of angiogenesis / in utero embryonic development / killing of cells of another organism / inflammatory response / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain ...Anaphylotoxins (complement system) / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / : / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / Complement C5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yatime, L. / Maasch, C. / Hoehlig, K. / Klussmann, S. / Vater, A. / Andersen, G.R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the targeting of complement anaphylatoxin C5a using a mixed L-RNA/L-DNA aptamer.
著者: Yatime, L. / Maasch, C. / Hoehlig, K. / Klussmann, S. / Andersen, G.R. / Vater, A.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Complement C5
B: Complement C5
C: Complement C5
D: mixed L-RNA/L-DNA mirror-image aptamer NOX-D20 (40-MER)
E: mixed L-RNA/L-DNA mirror-image aptamer NOX-D20 (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,70019
ポリマ－53,0565
非ポリマー64314
水9,152508
1
A: Complement C5
D: mixed L-RNA/L-DNA mirror-image aptamer NOX-D20 (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2678
ポリマ－22,0042
非ポリマー2636
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement C5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1663
ポリマ－9,0481
非ポリマー1182
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Complement C5
E: mixed L-RNA/L-DNA mirror-image aptamer NOX-D20 (40-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2678
ポリマ－22,0042
非ポリマー2636
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.470, 282.254, 45.899
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-918-

HOH

21B-924-

HOH

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要素

-
タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Complement C5 / Hemolytic complement


分子量: 9047.569 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: C5, Hc / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7 Express / 参照: UniProt: P06684
#2: DNA鎖 mixed L-RNA/L-DNA mirror-image aptamer NOX-D20 (40-MER)


分子量: 12956.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: All DNA and RNA nucleotides of the entity are in the L-conformation
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 522分子

#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Na cacodylate pH 6.0, 8% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンMAX II I911-310.91
シンクロトロンMAX II I911-321.1403
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2013年3月24日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2013年6月16日Dataset for SAD phasing
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911
21.14031
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 57409 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.8 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 21.62
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.98 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1702)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→35.877 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1926 2853 5.09 %random selection
Rwork0.167 ---
obs0.1683 56027 97.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→35.877 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1685 1716 32 508 3941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063742
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3665434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d43.3031658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006406
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.83110.28451250.25122546X-RAY DIFFRACTION95
1.8311-1.86430.24371400.22952560X-RAY DIFFRACTION95
1.8643-1.90020.24631490.21082527X-RAY DIFFRACTION96
1.9002-1.9390.23251450.21232584X-RAY DIFFRACTION95
1.939-1.98110.24511390.20562611X-RAY DIFFRACTION97
1.9811-2.02720.22231320.20022581X-RAY DIFFRACTION96
2.0272-2.07790.23771180.19542624X-RAY DIFFRACTION97
2.0779-2.13410.19481420.18532604X-RAY DIFFRACTION97
2.1341-2.19690.20831350.17932647X-RAY DIFFRACTION97
2.1969-2.26780.21811510.17682581X-RAY DIFFRACTION97
2.2678-2.34880.21071430.17742661X-RAY DIFFRACTION98
2.3488-2.44280.21511670.17892652X-RAY DIFFRACTION98
2.4428-2.5540.23191340.18462665X-RAY DIFFRACTION98
2.554-2.68860.22371270.18132689X-RAY DIFFRACTION98
2.6886-2.8570.19491470.18262697X-RAY DIFFRACTION98
2.857-3.07750.19651570.16442681X-RAY DIFFRACTION98
3.0775-3.38690.17931380.15412721X-RAY DIFFRACTION99
3.3869-3.87650.16561500.13842798X-RAY DIFFRACTION100
3.8765-4.88210.15571560.13782780X-RAY DIFFRACTION100
4.8821-35.88460.16221580.15272965X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1331-1.08710.12162.86680.49732.3071-0.0036-0.43680.15710.49350.01210.02990.03180.0631-0.00590.2488-0.08590.03060.2226-0.04580.1579-3.98322.794339.3982
23.64220.30060.92315.06340.87872.4533-0.0523-0.15830.2320.1460.1445-0.4817-0.32330.3118-0.08070.1936-0.08240.00970.251-0.02140.199213.03846.852533.7525
33.4681-1.18090.94154.6762-1.69161.77730.12020.06360.1372-0.53260.21190.7107-0.3892-0.5727-0.29770.43450.09050.01210.31470.08710.3937-22.948557.92921.5107
42.12631.01620.03722.70870.44661.84180.0250.14060.3081-0.0581-0.01680.3368-0.0695-0.1887-0.00030.1255-0.0259-0.00330.1750.03870.1948-11.764121.124424.766
52.6480.6862-0.19393.4548-0.4352.68720.0314-0.0930.00950.145-0.0294-0.3017-0.42910.1089-0.03420.3286-0.02880.00760.19320.06080.2595-6.382553.8226.7539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resid 1:40
5X-RAY DIFFRACTION5chain E and resid 1:40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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